1938年置設(shè)置局，1944年改縣。阿合奇，系柯?tīng)柨俗握Z(yǔ)，意為白芨芨草，過(guò)去有大面積的芨芨灘，故名。漢代先后屬西域都護(hù)府和西域長(zhǎng)史府，隋唐并入疏勒地，唐置尉頭州，宋仍稱疏勒，元、明兩代屬別失八里的西境，后曾一度并于準(zhǔn)噶爾，地名圖爾滿。

清乾隆二十四年（1759）為烏葉辦事大臣所轄。光緒九年（1883年）置烏什直隸廳，隸屬阿克蘇道。民國(guó)二年（1913年）烏什直隸廳改稱烏什縣，阿合奇（當(dāng)時(shí)稱闊克夏勒，柯語(yǔ)含義為荒涼邊遠(yuǎn)之地）仍歸烏什縣管轄。

1940年從烏什縣析置阿合奇設(shè)治局，因治所在阿合奇（今哈拉奇鄉(xiāng)阿合奇村），故名。1941年治所由阿合奇東遷到吾曲（舊刊新疆輿圖烏什廳圖作巫區(qū)），即今阿合奇縣城。1944年升為縣，屬阿克蘇專(zhuān)區(qū)。1954年劃入新成立的克孜勒蘇柯?tīng)柨俗巫灾沃荨?/p>

1997年，阿合奇縣轄1個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)：阿合奇鎮(zhèn)、色帕巴依鄉(xiāng)、庫(kù)蘭薩日克鄉(xiāng)、蘇木塔什鄉(xiāng)、哈拉奇鄉(xiāng)、哈拉布拉克鄉(xiāng)。縣政府駐阿合奇鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，阿合奇縣常住總?cè)丝?4317人，其中：阿合奇鎮(zhèn)9833人、庫(kù)蘭薩日克鄉(xiāng)2850人、色帕巴依鄉(xiāng)3678人、蘇木塔什鄉(xiāng)3918人、哈拉奇鄉(xiāng)7203人、哈拉布拉克鄉(xiāng)6835人。

< p>2003年，全縣總面積11545.38平方千米，總?cè)丝?5410人。轄1鎮(zhèn)5鄉(xiāng)：阿合奇鎮(zhèn)、庫(kù)蘭薩日克鄉(xiāng)、色帕巴依鄉(xiāng)、蘇木塔什鄉(xiāng)、哈拉奇鄉(xiāng)、哈拉布拉克鄉(xiāng)。

2010年第六次人口普查，阿合奇縣常住總?cè)丝?8876人，其中：阿合奇鎮(zhèn)11910人，庫(kù)蘭薩日克鄉(xiāng)4498人，色帕巴依鄉(xiāng)3004人，蘇木塔什鄉(xiāng)4093人，哈拉奇鄉(xiāng)8010人，哈拉布拉克鄉(xiāng)7361人。