1993年7月，全縣共轄9個區、1個區級鎮（太平鎮），2個鄉級鎮（大竹、羅文）、47個鄉。1993年末全市總人口518198人，其中非農業人口70849人。1994年5月6日，將全市10個區公所改為工作委員會（簡稱工委）。1994年7月19日，青花、沙灘、舊院、官渡等鄉撤鄉設鎮（鄉級）；1995年8月7日，竹峪、黃鐘、河口、草壩等鄉撤鄉設鎮（鄉級）。

1996年，萬源市面積4065.3平方千米，人口約53.2萬人，轄12鎮29鄉：官渡鎮、太平鎮、大竹鎮、羅文鎮、白沙鎮、青花鎮、舊院鎮、草壩鎮、竹峪鎮、沙灘鎮、黃鐘鎮、河口鎮、長石鄉、井溪鄉、白羊鄉、固軍鄉、鐵礦鄉、蜂桶鄉、花樓鄉、長壩鄉、曾家鄉、大沙鄉、廟埡鄉、鷹背鄉、魏家鄉、石窩鄉、玉帶鄉、永寧鄉、虹橋鄉、溪口鄉、廟子鄉、廟坡鄉、白果鄉、鐘停鄉、石塘鄉、曹家鄉、八臺鄉、梨樹鄉、中坪鄉、石人鄉、絲羅鄉。市政府駐太平鎮。代管東林山、黑寶山、尖峰山、花萼山4個國營林場，青花、草壩2個國營茶場。

2000年第五次人口普查，萬源市總人口150354戶、536685人，其中農業人口442204人，非農業人口84454人。12鎮45鄉人口：太平鎮44161人，青花鎮13796人，舊院鎮14208人，羅文鎮17577人，河口鎮9329人，草壩鎮11866人，竹峪鎮11541人，大竹鎮13818人，官渡鎮13791人，黃鐘鎮10252人，白沙鎮19488人，沙灘鎮15655人，紅旗鄉14331人，茶埡鄉12593人，石崗鄉6375人，長石鄉7355人，白羊鄉10694人，鐵礦鄉7836人，固軍鄉9014人，井溪鄉11823人，蜂桶鄉4392人，堰塘鄉4006人，花樓鄉14573人，長壩鄉12805人，曾家鄉10831人，大沙鄉11967人，秦河鄉7225人，廟埡鄉8482人，鷹背鄉8509人，石窩鄉13873人，玉帶鄉10834人，魏家鄉11256人，柳黃鄉5767人，新店鄉5002人，溪口鄉6239人，永寧鄉6211人，虹橋鄉5459人，康樂鄉3146人，廟坡鄉6790人，紫溪鄉2227人，臨河鄉4967人，廟子鄉7179人，鐘亭鄉5746人，白果鄉6307人，黎樹鄉3875人，皮窩鄉3806人，蒿壩鄉1444人，中坪鄉7277人，絲羅鄉5573人，罐壩鄉3799人，石人鄉4483人，趙塘鄉4070人，水田鄉6931人，石塘鄉14788人，八臺鄉14319人，曹家鄉4808人，花萼鄉2216人。

2003年12月23日，四川省政府（川府民政[2003]37號）批復同意萬源市撤銷城守、白沙、舊院、羅文、草壩、河口、竹峪、黃鐘、官渡、大竹10個區工委和蒿壩、紅旗、石崗、水田4個鄉，擴大5個鄉鎮的行政區域：（1）將原蒿壩鄉所屬行政區域并入梨樹鄉。梨樹鄉政府駐梨樹溪。（2）將原紅旗鄉及石崗鄉的石崗、孔家山、牛卯坪、四合、坪長5個村所屬的行政區域并入太平鎮。太平鎮政府駐太平建設路2號。（3）將原石崗鄉的八字頭村所屬行政區域并入青花鎮。青花鎮政府駐青花溪。（4）將原水田鄉的小茶園、黨家坡、百花園3個村及原石塘鄉的朱家溝村所屬行政區域并入沙灘鎮。沙灘鎮政府駐沙灘壩。（5）將原水田鄉的往川壩、牟家壩2個村所屬行政區域并入白沙鎮。白沙鎮政府駐白沙河。2004年2月10日，萬源市政府下發6號文件批復上述調整；此外：將茶埡鄉的仙龍潭村并入太平鎮。

2004年，萬源市轄12個鎮（太平、大竹、羅文、白沙、青花、舊院、草壩、竹峪、沙灘、官渡、黃鐘、河口）、41個鄉（石塘、八臺、曹家、長石、白羊、井溪、鐵礦、固軍、蜂桶、花樓、長壩、曾家、大沙、廟埡、鷹背、石窩、玉帶、魏家、溪口、永寧、虹橋、廟坡、白果、鐘停、廟子、梨樹、石人、絲羅、中坪、茶埡、堰塘、秦河、新店、柳黃、康樂、臨河、紫溪、花萼、皮窩、罐壩、趙塘）。

2005年末，萬源市總人口160155戶、569167人，其中農業人口480188人，非農業人口88979人。轄12個鎮、41個鄉：太平鎮、青花鎮、舊院鎮、羅文鎮、河口鎮、草壩鎮、竹峪鎮、大竹鎮、黃鐘鎮、官渡鎮、白沙鎮、沙灘鎮、茶埡鄉、長石鄉、白羊鄉、鐵礦鄉、固軍鄉、井溪鄉、堰塘鄉、蜂桶鄉、花樓鄉、長壩鄉、曾家鄉、大沙鄉、秦河鄉、廟埡鄉、鷹背鄉、石窩鄉、玉帶鄉、新店鄉、魏家鄉、柳黃鄉、溪口鄉、永寧鄉、虹橋鄉、康樂鄉、白果鄉、鐘停鄉、廟子鄉、臨河鄉、紫溪鄉、廟坡鄉、梨樹鄉、皮窩鄉、絲羅鄉、罐壩鄉、石人鄉、趙塘鄉、中坪鄉、八臺鄉、花萼鄉、曹家鄉、石塘鄉。共有25個社區、372個行政村，73個居民小組、2232個村民小組。

2006年9月30日，四川省政府（川府民政[2006]51號）批準同意萬源市撤銷臨河鄉，將原臨河鄉所屬行政區域并入大竹鎮。大竹鎮政府駐染房村。調整后，萬源市轄52個鄉鎮（其中12個鎮、40個鄉）。2006年末，全市面積4065平方千米，總人口57.36萬人。

2008年末，萬源市面積4065平方千米，人口56.38萬人，轄12個鎮、40個鄉，24個社區、371個行政村。

2010年第六次人口普查，萬源市常住總人口407594人，其中：太平鎮88968人，青花鎮9088人，舊院鎮12301人，羅文鎮10848人，河口鎮6082人，草壩鎮8671人，竹峪鎮8207人，大竹鎮13126人，黃鐘鎮6304人，官渡鎮11725人，白沙鎮22175人，沙灘鎮12791人，茶埡鄉7331人，長石鄉4809人，白羊鄉6158人，鐵礦鄉5000人，固軍鄉6221人，井溪鄉7417人，堰塘鄉2349人，蜂桶鄉3180人，花樓鄉8838人，長壩鄉7839人，曾家鄉6644人，大沙鄉7059人，秦河鄉4173人，廟埡鄉5104人，鷹背鄉6585人，石窩鄉8974人，玉帶鄉7073人，新店鄉3281人，魏家鄉7822人，柳黃鄉3796人，溪口鄉3344人，永寧鄉3620人，虹橋鄉2827人，康樂鄉1824人，白果鄉5387人，鐘亭鄉4877人，廟子鄉5270人，紫溪鄉1741人，廟坡鄉5424人，梨樹鄉4787人，皮窩鄉3148人，絲羅鄉3252人，罐壩鄉1854人，石人鄉2594人，趙塘鄉2618人，中坪鄉4275人，八臺鄉8073人，花萼鄉1339人，曹家鄉2649人，石塘鄉8752人。