漢屬閬中縣地（一說，西漢置充國縣，東漢改南充國縣）。粱改南部縣。因地居東漢巴西郡之南而得名。

1996年，南部縣面積3211.4平方千米，人口127萬人，轄32鎮41鄉：南隆鎮、建興鎮、盤龍鎮、定水鎮、王家鎮、謝河鎮、鐵佛塘鎮、石河鎮、東壩鎮、楠木鎮、伏虎鎮、大坪鎮、升鐘鎮、河壩鎮、長坪鎮、黃金鎮、大橋鎮、流馬鎮、大河鎮、萬年鎮、花罐鎮、雙佛鎮、升水鎮、神壩鎮、河東鎮、度門鎮、大王鎮、三官鎮、永定鎮、碑院鎮、老鴉鎮、富利鎮、群龍鄉、西河鄉、碾盤鄉、中心鄉、三清鄉、五靈鄉、柴井鄉、碧龍鄉、大富鄉、光華鄉、平橋鄉、窯場鄉、大堰鄉、馬王鄉、龍廟鄉、梅家鄉、興盛鄉、太華鄉、寒坡鄉、肖家鄉、四龍鄉、碾埡鄉、龍鳳鄉、千秋鄉、玉鎮鄉、小元鄉、柳驛鄉、石泉鄉、宏觀鄉、雄獅鄉、永紅鄉、柳樹鄉、保城鄉、雙峰鄉、皂角鄉、丘埡鄉、光中鄉、鐵鞭鄉、太霞鄉、店埡鄉、桐坪鄉。縣政府駐南隆鎮。

2000年第五次人口普查，全縣常住總人口1186897人，其中（32個鎮、48個鄉）：南隆鎮142722人，河東鎮10941人，老鴉鎮20022人，永定鎮17588人，碑院鎮17102人，謝河鎮11609人，盤龍鎮23261人，鐵佛塘鎮12467人，石河鎮16930人，度門鎮20474人，王家鎮18716人，富利鎮11644人，楠木鎮25102人，長坪鎮10915人，東壩鎮21736人，河壩鎮17941人，定水鎮25978人，大王鎮10986人，黃金鎮14005人，流馬鎮14161人，建興鎮23420人，三官鎮16286人，伏虎鎮21440人，雙佛鎮13235人，花罐鎮11371人，大橋鎮15185人，大河鎮15919人，萬年鎮10672人，升鐘鎮16442人，升水鎮8583人，大坪鎮12062人，神壩鎮10524人，碾盤鄉11111人，火峰鄉14645人，群龍鄉15344人，高云鄉11265人，大富鄉17957人，光華鄉8258人，碧龍鄉13825人，董家鄉7122人，柴井鄉20072人，三清鄉13127人，中心鄉13891人，五靈鄉16489人，平橋鄉12041人，梅家鄉13532人，龍廟鄉10175人，馬王鄉11901人，大埝鄉8606人，窯場鄉12018人，太華鄉8431人，興盛鄉12858人，鳳臺鄉6303人，寒坡鄉15547人，水音鄉5831人，肖家鄉10554人，義豐鄉10870人，龍風鄉10526人，四龍鄉12539人，碾埡鄉11926人，千秋鄉8116人，玉鎮鄉8465人，小元鄉13944人，柳驛鄉12869人，石泉鄉15748人，雄獅鄉10183人，宏觀鄉15778人，永慶鄉8756人，永紅鄉16787人，柳樹鄉11612人，保城鄉10862人，雙峰鄉10567人，皂角鄉7977人，丘埡鄉10968人，光中鄉9755人，鐵鞭鄉7424人，太霞鄉6505人，店埡鄉9043人，桐坪鄉10729人，西河鄉4606人。

2004年9月3日，四川省人民政府（川府民政[2004]30號）同意將南部縣柴井鄉和度門鎮劃歸儀隴縣管轄。2004年9月30日，四川省人民政府（川府函[2004]228號）同意南部縣人民政府機關辦公駐地由南隆鎮文廟街8號遷至該鎮金葫路8號。

2005年，南部縣轄31個鎮、47個鄉：南隆鎮、河東鎮、老鴉鎮、永定鎮、碑院鎮、謝河鎮、盤龍鎮、鐵佛塘鎮、石河鎮、王家鎮、富利鎮、楠木鎮、長坪鎮、東壩鎮、河壩鎮、定水鎮、大王鎮、黃金鎮、流馬鎮、建興鎮、三官鎮、伏虎鎮、雙佛鎮、花罐鎮、大橋鎮、大河鎮、萬年鎮、升鐘鎮、升水鎮、大坪鎮、神壩鎮、碾盤鄉、火峰鄉、群龍鄉、高云鄉、大富鄉、光華鄉、碧龍鄉、董家鄉、三清鄉、中心鄉、五靈鄉、平橋鄉、梅家鄉、龍廟鄉、馬王鄉、大埝鄉、窯場鄉、太華鄉、興盛鄉、鳳臺鄉、寒坡鄉、水音鄉、肖家鄉、義豐鄉、龍鳳鄉、四龍鄉、碾埡鄉、千秋鄉、玉鎮鄉、小元鄉、柳驛鄉、石泉鄉、雄獅鄉、宏觀鄉、永慶鄉、永紅鄉、柳樹鄉、保城鄉、雙峰鄉、皂角鄉、丘埡鄉、光中鄉、鐵鞭鄉、太霞鄉、店埡鄉、桐坪鄉、西河鄉。

2006年，高云鄉并入盤龍鎮，董家鄉并入富利鎮，鳳臺鄉并入定水鎮，水音鄉并入黃金鎮，義豐、龍鳳2鄉并入建興鎮。2006年末，全縣面積2235.56平方千米，總人口126萬人。轄31個鎮、41個鄉，47個社區、1053個行政村。縣城所在地南隆鎮，建城區面積17平方千米，常住人口17萬人（統計數據來源《四川年鑒》2007卷）。

2010年第六次人口普查，南部縣常住總人口929923人，其中：南隆鎮193069人，河東鎮10145人，老鴉鎮15782人，永定鎮12549人，碑院鎮13964人，謝河鎮8469人，盤龍鎮27138人，鐵佛塘鎮10029人，石河鎮13088人，王家鎮15651人，富利鎮15343人，楠木鎮16489人，長坪鎮8716人，東壩鎮14673人，河壩鎮11998人，定水鎮22161人，大王鎮8886人，黃金鎮13941人，流馬鎮8641人，建興鎮31794人，三官鎮11006人，伏虎鎮20996人，雙佛鎮10539人，花罐鎮8912人，大橋鎮13278人，大河鎮11793人，萬年鎮8344人，升鐘鎮12700人，升水鎮5495人，大坪鎮9502人，神壩鎮8429人，碾盤鄉7449人，火峰鄉9317人，群龍鄉10199人，大富鄉12671人，光華鄉6502人，碧龍鄉10548人，三清鄉10658人，中心鄉8514人，五靈鄉13759人，平橋鄉9384人，梅家鄉8094人，龍廟鄉4584人，馬王鄉5710人，大堰鄉6486人，窯場鄉9501人，太華鄉7192人，興盛鄉9189人，寒坡鄉10626人，肖家鄉8303人，四龍鄉8770人，碾埡鄉8167人，千秋鄉6096人，玉鎮鄉4449人，小元鄉11373人，柳驛鄉9461人，石泉鄉10314人，雄獅鄉6629人，宏觀鄉13696人，永慶鄉6116人，永紅鄉11676人，柳樹鄉8742人，保城鄉7319人，雙峰鄉8093人，皂角鄉5027人，丘埡鄉7523人，光中鄉7573人，鐵鞭鄉5502人，太霞鄉4206人，店埡鄉6125人，桐坪鄉7448人，西河鄉3412人。

2010年4月12日，省政府（川府民政[2010]？號）批復同意南部縣南隆鎮析出部分行政區域設置濱江和蜀北2個街道辦事處。具體批復如下：設置濱江街道辦事處。轄原南隆鎮的后街、東街、前街、正街、東風路、三元街、南街、曉霞路、瑞安路、振興街南段等10個社區居委會所屬行政區域，濱江街道辦事處駐半邊街50號。設置蜀北街道辦事處。轄原南隆鎮的草市街、振興街、金魚嶺、金華街、新安路、蜀北、新華路、翻身街、北街、凌云路、文廟街、新華路西段、金洞路等13個社區居委會所屬行政區域，蜀北街道辦事處駐蜀興街110號。調整后，南隆鎮轄長溝、烈女墳、青獅、涌泉、望南、席家、曉霞、金魚橋、五里店、幸福、大埡、向陽、新華、石子嶺、黑水塘、濠口、松云、改清、羅家溝、陡口子、三清、巴巖店、清坪、天生橋、古井、龍王、老君、中心、響壇子、雙橋子、紅廟、太洪、望月、清泉、海會、宏農、清水、五面山、袁家橋等39個村所屬行政區域。南隆鎮人民政府駐金星場。調整后，全縣轄2個街道、31個鎮、41個鄉：濱江街道、蜀北街道、南隆鎮、河東鎮、老鴉鎮、永定鎮、碑院鎮、謝河鎮、盤龍鎮、鐵佛塘鎮、石河鎮、王家鎮、富利鎮、楠木鎮、長坪鎮、東壩鎮、河壩鎮、定水鎮、大王鎮、黃金鎮、流馬鎮、建興鎮、三官鎮、伏虎鎮、雙佛鎮、花罐鎮、大橋鎮、大河鎮、萬年鎮、升鐘鎮、升水鎮、大坪鎮、神壩鎮、碾盤鄉、火峰鄉、群龍鄉、大富鄉、光華鄉、碧龍鄉、三清鄉、中心鄉、五靈鄉、平橋鄉、梅家鄉、龍廟鄉、馬王鄉、大堰鄉、窯場鄉、太華鄉、興盛鄉、寒坡鄉、肖家鄉、四龍鄉、碾埡鄉、千秋鄉、玉鎮鄉、小元鄉、柳驛鄉、石泉鄉、雄獅鄉、宏觀鄉、永慶鄉、永紅鄉、柳樹鄉、保城鄉、雙峰鄉、皂角鄉、丘埡鄉、光中鄉、鐵鞭鄉、太霞鄉、店埡鄉、桐坪鄉、西河鄉。縣政府駐蜀北街道。

2011年，省政府批復同意將南部縣光華鄉劃歸儀隴縣管轄。8月18日，南部縣光華鄉整建制正式劃歸儀隴縣管轄。調整后，南部縣轄2個街道、31個鎮、40個鄉。