西晉太康元年（280年）分建業(yè)置臨江縣，二年更名江寧縣，寓“江外無事，寧靜于此”之意。2000年12月21日，國務(wù)院批準(zhǔn)同意撤銷江寧縣， 設(shè)立南京市江寧區(qū)，區(qū)人民政府駐東山鎮(zhèn)。
1995年，將江寧縣東山鎮(zhèn)的農(nóng)花村，江寧鎮(zhèn)的永安、孫家、邵莊、新建、三山5個行政村和谷里鄉(xiāng)的梅村及梅山冶金公司用地范圍，劃歸雨花臺區(qū)管轄。1996年2月9日，市政府批準(zhǔn)撤銷上峰鄉(xiāng)、銅山鄉(xiāng)，設(shè)立上峰鎮(zhèn)、銅山鎮(zhèn)。調(diào)整后，江寧縣面積約1567平方千米，人口約71.4萬人，轄17鎮(zhèn)6鄉(xiāng)：東山鎮(zhèn)、湖熟鎮(zhèn)、湯山鎮(zhèn)、丹陽鎮(zhèn)、秣陵鎮(zhèn)、祿口鎮(zhèn)、淳化鎮(zhèn)、陶吳鎮(zhèn)、江寧鎮(zhèn)、麒麟鎮(zhèn)、龍都鎮(zhèn)、周崗鎮(zhèn)、土橋鎮(zhèn)、銅井鎮(zhèn)、陸郎鎮(zhèn)、銅山鎮(zhèn)、上峰鎮(zhèn)、殷巷鄉(xiāng)、方山鄉(xiāng)、上坊鄉(xiāng)、東善橋鄉(xiāng)、橫溪鄉(xiāng)、谷里鄉(xiāng)。縣政府駐東山鎮(zhèn)。
1999年4月15日，市政府批準(zhǔn)撤銷上坊鄉(xiāng)，設(shè)立上坊鎮(zhèn)；12月19日，市政府批準(zhǔn)撤銷東善鄉(xiāng)，設(shè)立東善橋鎮(zhèn)。2000年2月2日，市政府批準(zhǔn)撤銷橫溪鄉(xiāng)、谷里鄉(xiāng)，設(shè)立橫溪鎮(zhèn)、谷里鎮(zhèn)；2月21日，市政府批準(zhǔn)撤銷方山鄉(xiāng)，設(shè)立方山鎮(zhèn)；3月，經(jīng)省、市政府批準(zhǔn)，撤銷殷巷鄉(xiāng)、方山鎮(zhèn)，并入東山鎮(zhèn)；撤銷銅山鎮(zhèn)，并入祿口鎮(zhèn)；撤銷龍都鎮(zhèn)，并入湖熟鎮(zhèn)；撤銷陸郎鎮(zhèn)，并入江寧鎮(zhèn)。調(diào)整后，各鎮(zhèn)平均面積87.4平方千米，平均人口41151人。
2000年第五次人口普查，江寧縣常住總?cè)丝?81344人，其中：東山鎮(zhèn)137771人、秣陵鎮(zhèn)33606人、祿口鎮(zhèn)58888人、上坊鎮(zhèn)26508人、淳化鎮(zhèn)41134人、潮熟鎮(zhèn)62721人、周崗鎮(zhèn)21309人、土橋鎮(zhèn)30681人、東善橋鎮(zhèn)23539人、陶吳鎮(zhèn)26704人、橫溪鎮(zhèn)27250人、丹陽鎮(zhèn)21616人、江寧鎮(zhèn)53765人、谷里鎮(zhèn)33938人、銅井鎮(zhèn)30182人、麒麟鎮(zhèn)33958人、湯山鎮(zhèn)42699人、上峰鎮(zhèn)25221人、江寧經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)49854人。
2002年3月29日，經(jīng)南京市政府批準(zhǔn)，撤銷東山鎮(zhèn)，設(shè)立東山街道、百家湖街道；10月22日，南京市政府批準(zhǔn)設(shè)立方山街道。調(diào)整后，江寧區(qū)轄3個街道、17個鎮(zhèn)：東山街道、百家湖街道、方山街道、秣陵鎮(zhèn)、祿口鎮(zhèn)、上坊鎮(zhèn)、淳化鎮(zhèn)、湖熟鎮(zhèn)、周崗鎮(zhèn)、土橋鎮(zhèn)、東善橋鎮(zhèn)、陶吳鎮(zhèn)、橫溪鎮(zhèn)、丹陽鎮(zhèn)、江寧鎮(zhèn)、谷里鎮(zhèn)、銅井鎮(zhèn)、麒麟鎮(zhèn)、湯山鎮(zhèn)、上峰鎮(zhèn)。
2003年，江寧區(qū)轄3個街道、17個鎮(zhèn)：東山街道、方山街道、百家湖街道、橫溪鎮(zhèn)、祿口鎮(zhèn)、江寧鎮(zhèn)、土橋鎮(zhèn)、丹陽鎮(zhèn)、麒鱗鎮(zhèn)、東善橋鎮(zhèn)、湯山鎮(zhèn)、周崗鎮(zhèn)、銅井鎮(zhèn)、陶吳鎮(zhèn)、上坊鎮(zhèn)、淳化鎮(zhèn)、谷里鎮(zhèn)、秣陵鎮(zhèn)、湖熟鎮(zhèn)、上峰鎮(zhèn)。2004年，東善橋鎮(zhèn)、上坊鎮(zhèn)、淳化鎮(zhèn)、秣陵鎮(zhèn)撤鎮(zhèn)設(shè)立街道。2005年，湯山鎮(zhèn)、江寧鎮(zhèn)撤鎮(zhèn)設(shè)立街道辦事處。調(diào)整后，江寧區(qū)轄9個街道、11個鎮(zhèn)。
2006年，江蘇省政府批復(fù)同意南京市江寧區(qū)行政區(qū)劃調(diào)整：（1）撤銷東山街道辦事處、上坊街道辦事處和麒麒鎮(zhèn)，將原東山街道辦事處管理區(qū)域與原上坊街道辦事處管理的上坊、中下、泥塘、天云、潘村、城北、永安、高橋、大里、佘村10個居委會區(qū)域，以及原麒麒鎮(zhèn)管轄的泉水、定林、建南、竇村4個村合并設(shè)立新的東山街道辦事處。行政區(qū)劃調(diào)整后，東山街道辦事處轄區(qū)面積95平方千米，人口13.55萬，管理19個居委會、4個村委會。（2）撤銷百家湖街道辦事處、秣陵街道辦事處、方山街道辦事處、淳化街道辦事處和湖熟鎮(zhèn)，將原百家湖街道辦事處、秣陵街道辦事處、方山街道辦事處管理區(qū)域與原淳化街道辦事處管理的王墅、宋墅、永寧、解溪、新華5個居委會區(qū)域，以及原上坊街道辦事處管理的陵里居委會區(qū)域、湖熟鎮(zhèn)管轄的新林村合并設(shè)立新的秣陵街道辦事處。行政區(qū)劃調(diào)整后，秣陵街道辦事處轄區(qū)面積182平方千米，人口13.94萬，管理39個居委會、6個村委會。（3）撤銷湯山街道辦事處和上峰鎮(zhèn)，將原湯山街道辦事處管理區(qū)域與原上峰鎮(zhèn)管轄區(qū)域，以及原麒麟鎮(zhèn)管轄的悅民、麒麟門、麒麟鋪、晨光、鎖石5個居委會區(qū)域和東流、青西、袁家邊3個村合并設(shè)立新的湯山街道辦事處。行政區(qū)劃調(diào)整后，湯山街道辦事處轄區(qū)面積223平方千米，人口8.62萬，管理16個居委會、18個村委會。（4）撤銷土橋鎮(zhèn)，將原土橋鎮(zhèn)管轄區(qū)域與原淳化街道辦事處管理的淳化、青山、青龍、吳墅、田園、索墅、雙崗7個居委會區(qū)域合并設(shè)立新的淳化街道辦事處。行政區(qū)劃調(diào)整后，淳化街道辦事處轄區(qū)面積132平方千米，人口5.71萬，管理9個居委會、12個村委會。（5）撤銷祿口鎮(zhèn)和陶吳鎮(zhèn)，將原祿口鎮(zhèn)管轄區(qū)域與原陶吳鎮(zhèn)管轄的陶東、鐘村、上穆3個居委會區(qū)域合并設(shè)立祿口街道辦事處。行政區(qū)劃調(diào)整后，祿口街道辦事處轄區(qū)面積165平方千米，人口7.58萬，管理19個居委會、24個村委會。（6）撤銷江寧街道辦事處和銅井鎮(zhèn)，將原江寧街道辦事處管理區(qū)域與原銅井鎮(zhèn)管轄區(qū)域合并設(shè)立新的江寧街道辦事處。行政區(qū)劃調(diào)整后，江寧街道辦事處轄區(qū)面積258平方千米，人口8.33萬，管理17個居委會、14個村委會。（7）撤銷東善橋街道辦事處和谷里鎮(zhèn)，將原東善橋街道辦事處管理區(qū)域與原谷里鎮(zhèn)管轄區(qū)域合并設(shè)立谷里街道辦事處。行政區(qū)劃調(diào)整后，谷里街道辦事處轄區(qū)面積158平方千米，人口5.4萬，管理17個居委會、5個村委會。（8）撤銷周崗鎮(zhèn)，將原周崗鎮(zhèn)管轄區(qū)域與原湖熟鎮(zhèn)管轄的靈順、湖熟、河南、泉都、龍都5個居委會區(qū)域和三界、丹桂、友誼、顏莊、新墩、河北、趙家邊、金橋、范土區(qū)、耀華、和進、新耀、淮源、雙新、晶明、解放、樂安、新農(nóng)、雙龍、東陽、光明、萬安22個村合并設(shè)立新的湖熟鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原湖熟鎮(zhèn)政府駐地。行政區(qū)劃調(diào)整后，湖熟鎮(zhèn)行政區(qū)域面積145平方千米，人口8.02萬，轄6個居委會、32個村委會。（9）撤銷橫溪鎮(zhèn)和丹陽鎮(zhèn)，將原橫溪鎮(zhèn)、丹陽鎮(zhèn)管轄區(qū)域與原陶吳鎮(zhèn)管轄的桃盛居委會區(qū)域和甘村、新杭、桃紅、龍山、西泉、西陽、紅星、甘西8個村合并設(shè)立新的橫溪鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原橫溪鎮(zhèn)政府駐地。行政區(qū)劃調(diào)整后，橫溪鎮(zhèn)行政區(qū)域面積215平方千米，人口7.16萬，轄3個居委會、24個村委會。
2006年末，江寧區(qū)轄7個街道、2個鎮(zhèn)：東山街道、秣陵街道、湯山街道、淳化街道、祿口街道、江寧街道、谷里街道、湖熟鎮(zhèn)、橫溪鎮(zhèn)。共有141個社區(qū)、78個行政村。鎮(zhèn)（街）平均面積174.8平方千米，人口8.7萬人。
2007年4月19日，江寧區(qū)將全區(qū)77個“村民委員會”改為“社區(qū)村民委員會”；12月12日，經(jīng)省、市政府批準(zhǔn)，湖熟鎮(zhèn)、橫溪鎮(zhèn)撤鎮(zhèn)設(shè)立街道。2007年末，全區(qū)轄9個街道，125個社區(qū)、77個行政村。2008年末，全區(qū)轄9個街道，127個社區(qū)、77個行政村。2010年5月11日，南京市政府批準(zhǔn)設(shè)立麒麟街道。2010年末，江寧區(qū)轄10個街道：東山街道、秣陵街道、湯山街道、淳化街道、祿口街道、江寧街道、谷里街道、湖熟街道、橫溪街道、麒麟街道，共有124個社區(qū)、77個行政村。
2010年第六次人口普查，江寧區(qū)常住總?cè)丝?145628人，其中：東山街道180690人，秣陵街道386552人，湯山街道70131人，淳化街道56827人，祿口街道85670人，江寧街道90830人，谷里街道60770人，湖熟街道78247人，橫溪街道73465人，麒麟街道62446人。
2011年4月30日，省政府（蘇政復(fù)[2011]28號）批準(zhǔn)同意將江寧區(qū)湯山街道的樺墅村、孟北村劃歸棲霞區(qū)西崗街道管理。調(diào)整后，江寧區(qū)面積1558.44平方千米，人口93.1萬人，轄10個街道，其中湯山街道面積170.57平方千米，人口6.22萬人，管理8個社區(qū)、8個行政村。
2012年，將秣陵街道的方山、新林、新華、王墅、成山、陵里、橋頭、楊村、永寧、科苑、解溪、橫嶺12個社區(qū)移交淳化街道管理，谷里街道的童前、東善橋、祖堂、吉山、霞輝廟、元山、勝家橋7個社區(qū)（即原東善橋片區(qū)）移交秣陵街道管理【7月江寧區(qū)委、區(qū)政府作出“一園一街，街村托管”決策】。