泉港區原隸屬惠安縣（惠北片4鄉、1鹽場）。1985年4月11日，省政府批復同意設立肖厝鎮，以南埔、后龍、山腰3個鄉及涂嶺鄉部分行政區域為肖厝鎮的行政區域，下轄86個行政村。1991年7月14日，泉州市政府根據省政府閩政[1985]綜183號文精神，同意設立肖厝鎮，并于1992年9月29日（另一為28日）正式成立鎮政府。1996年3月1日，省民政廳批復同意撤銷肖厝鎮，設立后龍、山腰、南埔、涂嶺、埭港5個鎮。

1996年4月21日，省政府批準成立泉州市肖厝經濟開發管理委員會（簡稱肖厝管委會），為泉州市政府派出的正縣級行政機構，統一管理協調區域內經濟建設和社會發展事務，下轄南埔、后龍、山腰、涂嶺、埭港5個鎮和國有山腰鹽場；7月11日，肖厝管委會正式掛牌辦公。1999年8月經福建省民政廳批準，鎮級行政區劃調整為南埔、界山、后龍、峰尾、山腰、前黃、涂嶺等7個鎮和國有山腰鹽場。

2000年4月12日，國務院批準同意設立泉州市泉港區。泉港區轄惠安縣的山腰鎮、后龍鎮、南埔鎮、涂嶺鎮、埭港鎮5個鎮。區政府駐山腰鎮。12月28日，泉港區正式掛牌成立。【注：1999年已獲批將5個鎮調整為7個鎮，實際情況是惠安縣劃出山腰鎮、后龍鎮、南埔鎮、涂嶺鎮、前黃鎮、峰尾鎮、界山鎮設立泉州市泉港區】

2000年第五次人口普查，泉港區常住總人口342211人，其中：南埔鎮69677人，界山鎮44882人，后龍鎮38202人，峰尾鎮46039人，山腰鎮57094人，前黃鎮35735人，涂嶺鎮45668人，福建煉油化工4914人。

2001年末，全區總人口36.45萬，主要以漢族為主；回族12154人，主要分布在峰尾鎮的郭厝村（9830人）和山腰鎮的龍山村（2324人）；畬族5943人，主要分布在山腰的鐘厝村（4802人）和鳶峰村（1141人）；蒙古族2200人，主要分布在涂嶺鎮的小壩村。

2003年7月16日，省政府（閩政文[2003]216號）批復同意撤銷山腰鎮，設立山腰街道。山腰街道所轄行政區域為原山腰鎮的行政區域，街道辦事處駐原山腰鎮政府駐地錦塔。

2003年末，泉港區總戶數91349戶，總人口364779人，其中非農業人口103104人。轄1個街道（山腰）、6個鎮（后龍、南埔、涂嶺、前黃、界山、峰尾），4個社區、96個行政村。各街鎮人口：山腰街道58930人，南埔鎮74630人，界山鎮50299人，后龍鎮41089人，峰尾鎮51960人，前黃鎮40228人，涂嶺鎮49911人。

2005年，泉港區轄山腰1個街道，南埔、后龍、涂嶺、前黃、界山、峰尾6個鎮，共有4個社區、96個行政村。

2010年第六次人口普查，泉港區常住總人口313539人，其中：山腰街道61591人，南埔鎮54209人，界山鎮40403人，后龍鎮44112人，峰尾鎮41774人，前黃鎮31955人，涂嶺鎮39495人。