泉港區(qū)原隸屬惠安縣（惠北片4鄉(xiāng)、1鹽場）。1985年4月11日，省人民政府批準(zhǔn)設(shè)立肖厝鎮(zhèn)，以南埔、后龍、山腰3個鄉(xiāng)及涂嶺鄉(xiāng)部分行政區(qū)域為肖厝鎮(zhèn)的行政區(qū)域，下轄86個行政村。1991年7月14日，泉州市人民政府根據(jù)福建省人民政府閩政[1985]綜183號文精神，設(shè)立肖厝鎮(zhèn)，并于1992年9月29日（另一為28日）成立鎮(zhèn)人民政府。1996年3月1日，省民政廳批準(zhǔn)撤銷肖厝鎮(zhèn)，設(shè)立后龍、山腰、南埔、涂嶺、埭港5個鎮(zhèn)。
　　1996年4月21日，福建省人民政府批準(zhǔn)成立泉州市肖厝經(jīng)濟開發(fā)管理委員會（簡稱肖厝管委會），為泉州市人民政府派出的正縣級行政機構(gòu)，統(tǒng)一管理協(xié)調(diào)區(qū)域內(nèi)經(jīng)濟建設(shè)和社會發(fā)展事務(wù)，下轄南埔、后龍、山腰、涂嶺、埭港5個鎮(zhèn)和國有山腰鹽場。1996年7月11日，肖厝管委會正式掛牌辦公。1999年8月經(jīng)福建省民政廳批準(zhǔn)，鎮(zhèn)級行政區(qū)劃調(diào)整為南埔、界山、后龍、峰尾、山腰、前黃、涂嶺等7個鎮(zhèn)和國有山腰鹽場。
　　2000年4月12日，國務(wù)院批準(zhǔn)：同意設(shè)立泉州市泉港區(qū)。泉港區(qū)轄惠安縣的山腰鎮(zhèn)、后龍鎮(zhèn)、南埔鎮(zhèn)、涂嶺鎮(zhèn)、埭港鎮(zhèn)5個鎮(zhèn)（注：實際情況是：惠安縣劃出山腰鎮(zhèn)、后龍鎮(zhèn)、南埔鎮(zhèn)、涂嶺鎮(zhèn)、前黃鎮(zhèn)、峰尾鎮(zhèn)、界山鎮(zhèn)，設(shè)立泉州市泉港區(qū)）。區(qū)政府駐山腰鎮(zhèn)。12月28日，泉港區(qū)正式掛牌成立。

　　2000年，泉港區(qū)轄7鎮(zhèn)：山腰鎮(zhèn)、后龍鎮(zhèn)、南埔鎮(zhèn)、涂嶺鎮(zhèn)、前黃鎮(zhèn)、峰尾鎮(zhèn)、界山鎮(zhèn)。　根據(jù)第五次人口普查數(shù)據(jù)，總?cè)丝?42211人，其中：南埔鎮(zhèn)69677人、界山鎮(zhèn)44882人、后龍鎮(zhèn)38202人、峰尾鎮(zhèn)46039人、山腰鎮(zhèn)57094人、前黃鎮(zhèn)35735人、涂嶺鎮(zhèn)45668人、福建煉油化工4914人。

　　2001年（？），泉港區(qū)轄7個鎮(zhèn)，99個行政村。區(qū)政府駐山腰鎮(zhèn)。
　　山腰鎮(zhèn)　鎮(zhèn)政府駐新宅。轄15個行政村：新宅、荷池、龍山、錦塔、錦川、錦山、普安、鳶峰、葉厝、埭港、陳莊、菜堂、海濱、鐘厝。
　　前黃鎮(zhèn)　轄13個行政村：前黃、鳳南、鳳北、鳳陽、鳳山、鳳林、鳳安、坑內(nèi)、古縣、后張、三朱、香芹、前燒。
　　南埔鎮(zhèn)　鎮(zhèn)政府駐柳厝街。轄17個行政村：柳厝、南埔、塘頭、天湖、天竺、風(fēng)翔、仙境、西楓、外厝、施厝、侖頭、邱厝、柯厝、先鋒、沙格、肖厝、惠嶼。
　　界山鎮(zhèn)　轄13個行政村：界山、鳩林、鵝頭、河陽、獅東、東張、玉湖、玉山、槐山、大前、東涼、下朱、嶺頭。
　　后龍鎮(zhèn)　鎮(zhèn)政府駐礁頭。轄12個行政村：后龍、上西、峰前、許厝、涂坑、東山、田里、坑仔底、后田、后乾、割山、柳亭。
　　峰尾鎮(zhèn)　鎮(zhèn)政府駐誠峰。轄8個行政村：誠峰、郭厝、誠平、前亭、上樓、崢嶸、聯(lián)巖、奎壁。
　　涂嶺鎮(zhèn)　鎮(zhèn)政府駐涂嶺街。轄21個行政村：涂嶺、松園、前甌、清美、涂型、蘆樸、汶陽、世上、白潼、驛坂、五社、路口、溪西、丘后、樟腳、寨后、黃田、小垻、秀溪、溪頭、下爐。

　　截止2001年末，全區(qū)總?cè)丝?6.45萬，主要以漢族為主；回族12154人，主要分布在峰尾鎮(zhèn)的郭厝村（9830人）和山腰鎮(zhèn)的龍山村（2324人）；畬族5943人，主要分布在山腰的鐘厝村（4802人）和鳶峰村（1141人）；蒙古族2200人，主要分布在涂嶺鎮(zhèn)的小壩村。
　　2003年7月16日，福建省人民政府《關(guān)于泉州市泉港區(qū)撤銷山腰鎮(zhèn)設(shè)立山腰街道辦事處的批復(fù)》（閩政文[2003]216號）：同意泉港區(qū)撤銷山腰鎮(zhèn)，設(shè)立山腰街道辦事處。山腰街道辦事處所轄行政區(qū)域為原山腰鎮(zhèn)的行政區(qū)域，街道辦事處駐原山腰鎮(zhèn)政府駐地錦塔。
　　2003年末，泉港區(qū)轄1個街道（山腰）、6個鎮(zhèn)（后龍、南埔、涂嶺、前黃、界山、峰尾），4個社區(qū)、96個行政村。2003年末，總戶數(shù)91349戶，總?cè)丝?64779人，其中非農(nóng)業(yè)人口103104人。各街鎮(zhèn)人口：山腰街道58930人、南埔鎮(zhèn)74630人、界山鎮(zhèn)50299人、后龍鎮(zhèn)41089人、峰尾鎮(zhèn)51960人、前黃鎮(zhèn)40228人、涂嶺鎮(zhèn)49911人。
　　2005年，泉港區(qū)轄山腰1個街道，南埔、后龍、涂嶺、前黃、界山、峰尾6個鎮(zhèn)，共有4個社區(qū)、96個行政村。