北宋大觀三年（1109年）置仁懷縣，屬滋州。宣和三年，降縣為堡，屬瀘州郡。元置仁懷長官司、古滋長官司，均屬播州安撫司。明萬歷二十九年（1601）復置仁懷縣（治今赤水），屬遵義府。

清雍正五年（1727年）隨府改屬貴州布政司。雍正八年，移縣治于生界亭子壩，“十一年知縣杜詮領帑項一萬五千零八十兩建城，至十三年新城就”。1995年11月30日經國務院批準撤縣設市。

1996年，仁懷市轄12個鎮、6個鄉：城關鎮、壇廠鎮、長崗鎮、魯班鎮、五馬鎮、茅壩鎮、九倉鎮、喜頭鎮、大壩鎮、三合鎮、二合鎮、合馬鎮、后山苗族布依族鄉、火石崗鄉、學孔鄉、高大坪鄉、龍井鄉、沙灘鄉。市政府駐城關鎮。

2000年第五次人口普查，仁懷市總人口520759人，其中：中樞鎮73917人，茅臺鎮43825人，壇廠鎮23594人，長崗鎮22342人，魯班鎮34164人，五馬鎮26511人，茅壩鎮34457人，九倉鎮23836人，喜頭鎮22201人，大壩鎮33259人，三合鎮32142人，合馬鎮18556人，二合鎮24964人，龍井鄉15685人，后山鄉9228人，學孔鄉18569人，高大坪鄉32671人，火石崗鄉19709人，沙灘鄉11129人。

2003年末，仁懷市總人口60.32萬人，其中少數民族1.73萬人；非農業人口5.59萬人。轄13個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉），22個社區、149個行政村。

2004年5月21日，經省政府批準，仁懷市撤銷城關鎮，設立茅臺鎮和中樞街道；仁懷市政府駐地改為中樞街道。

2007年末，全市總面積1788平方千米，總人口62.97萬人，其中非農業人口7.85萬人。轄1個街道、12個鎮、6個鄉，171個行政村（社區）。

2008年，撤銷中樞街道，設立中樞、鹽津、蒼龍三個街道（省政府2007年12月27日批準）。

2010年第六次人口普查，仁懷市常住總人口546477人，其中：鹽津街道38233人，中樞街道77874人，蒼龍街道24875人，茅臺鎮46714人，壇廠鎮22402人，長崗鎮17584人，魯班鎮35407人，五馬鎮25624人，茅壩鎮30027人，九倉鎮19264人，喜頭鎮20888人，大頊鎮30197人，三合鎮26583人，合馬鎮15485人，二合鎮21434人，龍井鄉13701人，后山苗族布依族鄉7811人，學孔鄉16869人，高大坪鄉30059人，火石崗鄉16814人，沙灘鄉8632人。2010年末，全市常住人口54.66萬人。

2011年末，仁懷市面積1788平方千米，常住人口54.77萬人，戶籍人口67.00萬人，轄3個街道、12個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉），27個居委會、146個行政村。