1999年底，內蒙古自治區轄7盟、5省轄市，17縣、15市、49旗、3自治旗、17市轄區。
縣級以上行政區劃一覽
呼和浩特市　4區、4縣、1旗
　玉泉區　　　　　　　　　　　　回民區　　　　　　　　　　　　新城區
　郊　區
　托克托縣（城關鎮）　　　　　　清水河縣（城關鎮）　　　　　　和林格爾縣（城關鎮）
　武川縣（可可以力更鎮）　　　　土默特左旗（察索齊鎮）
包頭市　6區、1縣、2旗
　東河區　　　　　　　　　　　　青山區　　　　　　　　　　　　昆都倫區
　九原區　　　　　　　　　　　　石拐區　　　　　　　　　　　　白云礦區
　固陽縣（金山鎮）　　　　　　　土默特右旗（薩拉齊鎮）　　　　達爾罕茂明安聯合旗（百靈廟鎮）
烏海市　3區
　海勃灣區　　　　　　　　　　　烏達區　　　　　　　　　　　　海南區
赤峰市　3區、2縣、7旗
　紅山區　　　　　　　　　　　　元寶山區　　　　　　　　　　　松山區
　林西縣（林西鎮）　　　　　　　寧城縣（天義鎮）　　　　　　　喀喇沁旗（錦山鎮）
　敖漢旗（新惠鎮）　　　　　　　翁牛特旗（烏丹鎮）　　　　　　巴林右旗（大板鎮）
　巴林左旗（林東鎮）　　　　　　阿魯科爾沁旗（天山鎮）　　　　克什克騰旗（經棚鎮）
通遼市　1區、1市、1縣、5旗
　科爾沁區
　霍林浩特市
　開魯縣（開魯鎮）　　　　　　　科爾沁左翼中旗（保康鎮）　　　科爾沁左翼后旗（甘旗卡鎮）
　庫倫旗（庫倫鎮）　　　　　　　奈曼旗（大沁他拉鎮）　　　　　扎魯特旗（魯北鎮）
烏蘭察布盟　駐集寧市　2市、5縣、4旗
　集寧市　　　　　　　　　　　　豐鎮市
　興和縣（城關鎮）　　　　　　　卓資縣（卓資山鎮）　　　　　　商都縣（城關鎮）
　涼城縣（城關鎮）　　　　　　　化德縣（城關鎮）　　　　　　　察哈爾右翼前旗（土貴烏拉鎮）
　察哈爾右翼中旗（科布爾鎮）　　察哈爾右翼后旗（白音察干鎮）　四子王旗（烏蘭花鎮）
錫林郭勒盟　駐錫林浩特市　2市、1縣、9旗
　錫林浩特市　　　　　　　　　　二連浩特市
　多倫縣（城關鎮）　　　　　　　阿巴嘎旗（新浩特鎮）　　　　　西烏珠穆沁旗（巴彥烏拉浩特鎮）
　東烏珠穆沁旗（烏里雅斯太鎮）　蘇尼特左旗（滿都拉圖鎮）　　　太仆寺旗（寶昌鎮）
　正藍旗（敦達浩特鎮）　　　　　蘇尼特右旗（賽漢塔拉鎮）　　　正鑲白旗（察汗塔拉鎮）
　鑲黃旗（新寶拉格鎮）
呼倫貝爾盟　駐海拉爾市　6市、4旗、3自治旗
　海拉爾市　　　　　　　　　　　滿洲里市　　　　　　　　　　　扎蘭屯市
　牙克石市　　　　　　　　　　　根河市　　　　　　　　　　　　額爾古納市
　陳阿爾虎旗（巴彥庫仁鎮）　　　新巴爾虎左旗（阿木古郎鎮）　　新巴爾虎右旗（阿拉坦額莫勃鎮）
　阿榮旗（那吉鎮）　　　　　　　鄂倫春自治旗（阿里河鎮）　　　鄂溫克族自治旗（巴彥托海鎮）
　莫力達瓦達斡爾族自治旗（尼爾基鎮）
伊克昭盟　駐東勝市　1市、7旗
　東勝市
　準格爾旗（薛家灣鎮）　　　　　烏審旗（達布察克鎮）　　　　　伊金霍洛旗（阿勒騰席連鎮）
　鄂托克旗（烏蘭鎮）　　　　　　鄂托克前旗（敖勒召其鎮）　　　杭錦旗（錫尼鎮）
　達拉特旗（樹林召鎮）
巴彥淖爾盟　駐臨河市　1市、2縣、4旗
　臨河市
　五原縣（城關鎮）　　　　　　　磴口縣（巴彥高勒鎮）　　　　　杭錦后旗（陜壩鎮）
　烏拉特前旗（西山咀鎮）　　　　烏拉特中旗（海流圖鎮）　　　　烏拉特后旗（賽烏素鎮）
阿拉善盟　駐阿拉善左旗　3旗
　阿拉善左旗（巴彥浩特鎮）　　　阿拉善右旗（額肯呼都格鎮）　　額濟納旗（達蘭庫布鎮）
興安盟　駐烏蘭浩特市　2市、1縣、3旗
　烏蘭浩特市　　　　　　　　　　阿爾山市
　突泉縣（突泉鎮）
　扎賚特旗（音德爾鎮）　　　　　科爾沁右翼前旗（烏蘭浩特市）　科爾沁右翼中旗（白音胡碩鎮）

縣級以上行政區劃變更情況
★1999年1月13日國務院【國函5號】批復
　1．同意撤銷哲里木盟和縣級通遼市，設立地級通遼市，市人民政府駐新設立的科爾沁區。
　2．通遼市設立科爾沁區，以原縣級通遼市的行政區域為科爾沁區的行政區域。區人民政府駐科爾沁大街102號。
　3．通遼市轄原哲里木盟的科爾沁左翼中旗、科爾沁左翼后旗、庫侖旗、奈曼旗、扎魯特旗、開魯縣和新設立的科爾沁區。原哲里木盟的霍林郭勒市（縣級）由自治區直轄。
★同意包頭市郊區更名為九原區，石拐礦區更名為石拐區。（1999年8月10日民政部【民發22號】批復）