紅旗區(qū)人民政府前身為新鄉(xiāng)市第三區(qū)公所，此后先后更名為二區(qū)、和平區(qū)人民委員會、和平人民公社、紅旗區(qū)革命委員會。1980年9月，恢復(fù)紅旗區(qū)人民政府，撤銷紅旗區(qū)革命委員會。
1996年，紅旗區(qū)面積15平方千米，人口19.5萬人。轄10個街道：西街街道、東街街道、北干道街道、渠東街道、東干道街道、南干道街道、榮校路街道、向陽小區(qū)街道、衛(wèi)河街道、花園街道。區(qū)政府駐平原路新生巷。
2000年第五次人口普查，紅旗區(qū)總?cè)丝?30170人，其中：西街街道16791人、東街街道28676人、渠東街道73554人、花園街道30007人、北干道街道37415人、東干道街道48071人、南干道街道33579人、榮校路街道27500人、向陽小區(qū)街道8930人、開發(fā)區(qū)街道23950人、衛(wèi)河街道1697人。
2003年12月25日，國務(wù)院批準(zhǔn)（國函[2003]134號）：將新鄉(xiāng)縣的關(guān)堤鄉(xiāng)、洪門鎮(zhèn)（不含王灣、李村、趙村、賈屯、梁任旺、定國、呂村、堡上、孫村、東聶莊、秦莊11個村）劃歸紅旗區(qū)管轄；將原郊區(qū)平原鄉(xiāng)的孟營一村、孟營二村、孟營三村、城關(guān)、東關(guān)、駱駝灣、馬小營、張莊、段村、留莊營、飲馬口、西馬小營、臧營13個村劃歸紅旗區(qū)管轄。將紅旗區(qū)的東干道、北干道、榮校路、花園4個街道劃歸牧野區(qū)管轄。調(diào)整后，紅旗區(qū)轄東街、西街、渠東、南干渠、向陽5個街道和關(guān)堤鄉(xiāng)、洪門鎮(zhèn)。區(qū)人民政府駐新生巷。
2004年1月，新鄉(xiāng)市區(qū)劃調(diào)整后，紅旗區(qū)北部以衛(wèi)河—興隆街—東二環(huán)—平原路為界，與牧野區(qū)隔河相望，西部以勝利路—化工路—和平路為界，與衛(wèi)濱區(qū)毗鄰，東南與新鄉(xiāng)縣交界，轄關(guān)堤鄉(xiāng)、洪門鎮(zhèn)2個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），以及東街、西街、渠東、南干道、向陽5個街道，共33個行政村、23個社區(qū)，3個實(shí)業(yè)公司。總面積92平方千米，總?cè)丝?26327人。
2005年末，紅旗區(qū)轄5個街道、1個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)：渠東街道、南干道街道、東街街道、向陽小區(qū)街道、西街街道、洪門鎮(zhèn)、關(guān)堤鄉(xiāng)。
2006年7月26日，新鄉(xiāng)市人民政府《關(guān)于調(diào)整市高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)和小店工業(yè)園區(qū)管理范圍的通知》（新政文[2006]109號）：將紅旗區(qū)關(guān)堤鄉(xiāng)整建制劃歸市高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)管理，將紅旗區(qū)小店鎮(zhèn)的邢莊、賈李莊、李胡寨、北張興莊、張興莊、夏莊、賈堤、馮堤、魏堤、第五疃、樊莊等11個建制村劃歸小店工業(yè)園區(qū)管理；紅旗區(qū)的行政區(qū)劃不變。
2006年8月13日，新鄉(xiāng)市人民政府《關(guān)于調(diào)整紅旗區(qū)延津縣新鄉(xiāng)縣原陽縣部分行政區(qū)劃的通知》（新政文[2006]104號）：根據(jù)《河南省民政廳關(guān)于調(diào)整新鄉(xiāng)縣原陽縣部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（豫民行批[2006]13號）和《河南省民政廳關(guān)于調(diào)整新鄉(xiāng)市紅旗區(qū)延津縣新鄉(xiāng)縣部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（豫民行批[2006]14號），紅旗區(qū)、延津縣、新鄉(xiāng)縣、原陽縣部分行政區(qū)劃進(jìn)行調(diào)整。其中：將延津縣的小店鎮(zhèn)整建制劃歸紅旗區(qū)管轄；將新鄉(xiāng)縣朗公廟鎮(zhèn)的油坊堤建制村和紅旗區(qū)洪門鎮(zhèn)的南馬莊、東臺頭、西臺頭、東楊、西楊5建制村，共6建制村劃歸紅旗區(qū)關(guān)堤鄉(xiāng)管轄；將關(guān)堤鄉(xiāng)的關(guān)堤、申店、東陳莊3建制村劃歸洪門鎮(zhèn)管轄。調(diào)整后紅旗區(qū)轄洪門鎮(zhèn)、關(guān)堤鄉(xiāng)、小店鎮(zhèn)3個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），5個街道辦事處；洪門鎮(zhèn)轄原堤、張堤、保安堤、趙樓、洪門、喬謝、公村、留莊營、段村、張莊、駱駝灣、東關(guān)、孟營一村、孟營二村、孟營三村、馬小營、城關(guān)、關(guān)堤、申店、東陳莊，共計(jì)20個建制村，鎮(zhèn)政府駐地不變；關(guān)堤鄉(xiāng)轄張八寨、莊巖、任莊、大介山、小介山、郭小莊、劉莊、司馬、柿園、白馬、塔小莊、劉堤、馬堤、油坊堤、南馬莊、東臺頭、西臺頭、東楊村、西楊村，共計(jì)19個建制村，鄉(xiāng)政府駐地暫不變。紅旗區(qū)與延津縣、新鄉(xiāng)縣的邊界線：紅旗區(qū)北部邊界以衛(wèi)河—興隆街—東二環(huán)—平原路—小店鎮(zhèn)的北部邊界為界，西部邊界以勝利路—化工路—和平路為界，南部邊界以關(guān)堤鄉(xiāng)的南邊界、小店鎮(zhèn)的南邊界為界，東部邊界以小店鎮(zhèn)的東邊界為界；延津縣西邊界以調(diào)整后的紅旗區(qū)東邊界為界；新鄉(xiāng)縣北邊界以市區(qū)的南邊界為界。