先秦屬滇國。西漢初為西南夷葉榆部，元封二年（前109年），蒙化更名邪龍，隸屬益州郡。東漢永平十二年（69），沿襲邪龍縣，隸屬永昌郡。三國蜀漢建興三年（225），為益州云南郡邪龍縣。西晉武帝泰始七年（271），為寧州云南郡邪龍縣，東晉至南朝梁沿之。北朝周屬南寧州。隋文帝開皇十七年（597），邪龍屬隋南寧州總管府。
唐初，巍山為六詔之一蒙舍詔之地，因地處六詔之南，故又名南詔。貞觀二十三年（649），建立大蒙國，筑山龍山與圖城為都。永徽四年（653），筑蒙舍城為巍州治所，屬劍南道姚州。開元十八年（730），六詔統(tǒng)一。開元二十六年（738），筑太和城，再筑大厘城駐守。開元二十九年（741），南詔都城從蒙舍城遷至太和城。后晉開運(yùn)二年（945），大理國建立，前期沿襲南詔舊制，后將巍山改設(shè)為蒙舍鎮(zhèn)，統(tǒng)領(lǐng)原南詔開南節(jié)度地（今臨滄和普洱市的部份地區(qū)）。
元憲宗七年（1257）置蒙舍千戶，屬大理上萬戶；至元十一年（1274）改置蒙化府，十四年（1277）升蒙化路，二十年（1283）降蒙化州，復(fù)屬大理路。明初，蒙化的南詔烏蠻后裔天摩牙九部火頭（天摩牙是地域名，九部火頭是官名）左禾率部歸附明朝，并協(xié)助平復(fù)蒙化的其它地域。洪武十六年（1383）沿襲蒙化州。正統(tǒng)十三年（1448），升蒙化州為府。清初襲明制，為蒙化府。康熙六年（1667）省蒙化衛(wèi)入府。雍正七年（1729）7月，裁楚雄府屬定邊縣，其地并入蒙化府為南澗巡司。雍正八年（1730）7月，蒙化府屬迤西道。乾隆三十五年（1770）2月，降為蒙化直隸廳，仍屬迤西道。
民國元年（1912）6月，劃出蒙化直隸廳所屬的漾濞巡檢司成立漾濞縣；劃出白川（今紅巖）、馬街和趙州部分地區(qū)成立彌渡縣。改蒙化直隸廳為蒙化府，轄漾濞、彌渡兩縣。民國2年（1913），改置蒙化縣，迤西道改為滇西道。民國三年（1914），滇西道改為騰越道，蒙化縣隸屬之。民國18年（1929），廢騰越道直屬省。民國31年（1942），蒙化縣屬云南省第五行政督察區(qū)（駐順寧縣）。民國33年（1944）第五區(qū)駐地遷至蒙化縣。民國37年（1948），蒙化縣屬云南省第十一行政督察區(qū)（駐大理縣）。民國38年（1949），蒙化縣屬云南省第八行政督察區(qū)（駐姚安縣）。
1950年1月至4月，云南省人民政府在巍山設(shè)立滇西人民行政專員公署蒙化區(qū)辦事處，轄蒙化、順寧、昌寧、云縣、緬寧、景東等縣。同年4月，蒙化縣改屬大理專區(qū)。1954年6月，經(jīng)蒙化縣第一次人民代表大會(huì)提議，報(bào)中央人民政務(wù)院批準(zhǔn)，改蒙化縣為巍山縣。
1956年11月16日，國務(wù)院全體會(huì)議第40次會(huì)議決定：撤銷巍山縣，設(shè)置巍山彝族自治縣和永建回族自治縣。巍山彝族自治縣的行政區(qū)域?yàn)樵∩娇h的第一、二、四、五、六、七等6個(gè)區(qū)和原屬鳳慶縣的愛國鄉(xiāng)。自治縣人民委員會(huì)駐原巍山縣城。永建回族自治縣的行政區(qū)域?yàn)樵∩娇h的第三、八等2個(gè)區(qū)。自治縣人民委員會(huì)駐原巍山縣大倉。11月9日，巍山彝族自治縣正式成立；11月13日，永建回族自治縣正式成立。巍山彝族自治縣、永建回族自治縣屬楚雄州。
1960年9月13日，國務(wù)院全體會(huì)議第103次會(huì)議通過：設(shè)立巍山彝族回族自治縣，撤銷巍山彝族自治縣和永建回族自治縣，以原巍山彝族自治縣和永建回族自治縣的行政區(qū)域合并為巍山彝族回族自治縣的行政區(qū)域。1963年9月14日，國務(wù)院全體會(huì)議第135次會(huì)議決定：設(shè)立南澗彝族自治縣。以巍山彝族回族自治縣的南澗地區(qū)為南澗彝族自治縣的行政區(qū)域。