巍山命名，來自巍寶山。巍山原名“蒙化”，1954年，因當時有人提出“蒙化”帶有歧視少數民族的意味，故而改縣名。事實上“蒙化”這個名稱應是出自蒙舍詔。巍山彝族自蒙舍詔后，大部分即以“摩察”、“密岔”、“密撒”（現通稱密沙把）等作為自己的族稱；如譯為漢義，系指“蒙舍川的人”。故“蒙化”應是巍山彝族的族稱。“蒙化”是蒙舍川的派生地名。蒙化的涵義及由來，當以主地名蒙舍為依據，即以當地彝族的族稱命名。

巍山建置歷史悠久，是南詔國的發祥地。春秋戰國時，屬滇國地。西漢元封二年（公元前109年）設邪龍縣。唐初，由彝族先民建立的南詔（蒙舍詔）統一洱海地區的五詔后建立地方民族政權——南詔國。明、清王朝在巍山設置蒙化府，由彝族左氏土官為世襲土知府。民國初年，先為府，后改設一等縣。1956年11月成立巍山彝族自治縣，1958年10月成立巍山彝族回族自治縣。

1996年，巍山彝族回族自治縣面積2200平方千米，人口約28.5萬人。轄2個鎮、9個鄉：文華鎮、大倉鎮、巍寶鄉、廟街鄉、永建鄉、鼠街鄉、牛街鄉、龍街鄉、馬鞍山鄉、紫金鄉、青華鄉。縣政府駐文華鎮。

2000年，永建鄉撤鄉設鎮；同年6月，廟街鄉撤鄉設鎮。調整后，巍山彝族回族自治縣轄4個鎮、7個鄉：文華鎮、廟街鎮、大倉鎮、永建鎮、巍寶山鄉、馬鞍山鄉、紫金鄉、鼠街鄉、牛街鄉、龍街鄉、青華鄉。

2000年第五次人口普查，巍山彝族回族自治縣常住總人口296124人，其中：文華鎮18338人，廟街鎮65151人，大倉鎮49671人，永建鎮49796人，巍寶鄉35065人，馬鞍山鄉13249人，紫金鄉12533人，鼠街鄉13846人，牛街鄉11025人，龍街鄉10761人，青華鄉16689人。

2002年12月24日，省政府下發云政復[2002]137號文件批準：文華鎮更名為南詔鎮、巍寶鄉更名為巍寶山鄉；調整巍山縣文華鎮、巍寶鄉、廟街鎮行政區劃：巍寶鄉雞碧、開南、南山、河西、文筆、新村、和平、自由8個村委會和廟街鎮系馬莊村委會雞潤澤村委會的小租、段家莊、謝家3個自然村劃歸文華鎮管轄。2003年，巍山彝族回族自治縣正式對文華鎮、巍寶鄉、廟街鎮部分行政區劃進行調整，同時將把文華鎮更名為南詔鎮、巍寶鄉更名為巍寶山鄉，并搬遷巍寶鄉機關駐地。

2005年，撤銷龍街鄉和鼠街鄉，設立五印鄉，鄉政府駐原鼠街鄉政府駐地；將廟街鎮五里巷村委會劃歸馬鞍山鄉管轄（省政府2005年10月24日批準）。

2006年，巍山彝族回族自治縣面積2266平方千米，人口30.96萬人。轄4個鎮、6個鄉：南詔鎮、廟街鎮、大倉鎮、永建鎮、巍寶山鄉、馬鞍山鄉、紫金鄉、牛街鄉、青華鄉、五印鄉。共有4個居委會、79個行政村。

2010年第六次人口普查，巍山彝族回族自治縣常住總人口304368人，其中：南詔鎮46468人，廟街鎮62540人，大倉鎮49667人，永建鎮53970人，巍寶山鄉11981人，馬鞍山鄉15797人，紫金鄉13202人，五印鄉24401人，牛街鄉11639人，青華鄉14703人。

2010年末，全縣面積2200平方千米，總人口31萬人，其中：彝族10.6萬人，占總人口的34.1%；回族2.2萬人, 占總人口的7.1%。轄4個鎮、6個鄉，4個社區、79個行政村，1091個自然村，1328個村民小組。

2014年，南詔鎮、廟街鎮、大倉鎮被列為全國重點鎮。