據《今縣釋名》：“漢武帝時，彩云見于白厓，縣在其南，因名云南。”后改今名，取“吉祥的云南”之意。漢武帝元封二年（前109）置云南縣，屬益州郡。東漢永平十二年（69）為云南縣，屬永昌郡。三國蜀漢建興三年（225）置云南郡，郡治設今云南驛，與縣同治。云南郡轄云南（今祥云、彌渡）、蜻蛉（今永仁及大姚北部）、弄棟（今大姚南部及姚安）、姑復（今華坪）、遂久（今永勝、麗江）、邪龍（今巍山、漾濞、南澗）、葉榆（今大理、劍川、洱源、鶴慶）7縣，隸屬益州庲降都督府地。

晉初改庲降都地置寧州，云南郡屬寧州。西晉泰始六年270），云南郡領縣增加云平、永寧兩縣，一共9縣。永嘉五年（310）分云南郡之葉榆縣設東河陽郡。建始年間又分云南郡之蜻蛉，弄棟2縣歸興寧郡，至此云南郡領云南、東姑復、西姑復（遂久縣）、云平、邪龍5縣。咸和八年（333）蜀李雄占據寧州，立建寧國，云南郡屬建寧國。建元元年（343），李氏置漢州，云南郡屬漢州，東晉后期長期紛亂，西南爨氏乘機霸占南中（西南地區），自襲寧州刺史，歷晉末，南、北朝至隋初，襲西晉舊制，云南郡屬爨西地。隋開皇初爨氏降，三年（583）廢郡，設南寧州總管府，云南縣隸之。十七年（597）爨氏叛，太平史萬歲征剿，兵達并平定爨氏地，縣境未設治，時張樂進求居其地，稱“云南國詔西二河侯”。

唐初置5州領15縣，唐武德四年（621）置西宗州，州治設云南驛，領宗居（云南驛）、河西（今普淜）、石塔（縣址不詳）3縣，隸屬南寧總管府。貞觀六年（632）置南寧總管府，更置戎州都督府，西宗州隸之。十一年（637）西宗州去“西”字，稱“宗州”。麟德元年（664）分戎州地置姚州都督府，西宗州屬姚州。武德四年（621）置髳州，領濮水（米甸）、歧星（楚場）、銅山（喬甸）、蜻蛉（大姚）4縣，先后屬南寧總管府，戎州、姚州都督府。武德七年（624）置云南州，州治設今舊站村西。貞觀三年（629）改匡州，領勃弄（彌渡）、匡川、永平3縣。先后屬南寧州、戎州、姚州。永徽年間置鏡州，州治設今高官鋪，領夷郎、賓唐、溪琳、琮連、池臨、野并6縣，屬戎州。麟德元年（664）置波州，州治設今縣城南外，領縣不清，屬姚州都督府。天寶九年（750），南詔盡占姚州都督府地，廢唐設置，筑云南城于云南驛。貞元年間南詔國設云南節度于云南城。轄今楚雄州西北部與大理東部地區。元和元年（806）廢云南節度，以其東北部置弄棟節度，西部（今縣境）置云南（今下川壩）、品甸（今城川壩）兩賧。兩賧建置經南詔、大長和、大天興、大義寧、大理五國，歷唐、南北兩朝至宋亡共449年時間。

宋大理國為云南睒、品賧屬大理。元憲宗六年（1256），縣境內立品甸千戶所，屬大理下萬戶府。至元十三年（1276）品甸千戶所改為云南州，隸屬大理路；同時設十二關防送千戶所于米甸楚場地，屬大理路。明洪武十五年（1382）降云南州為云南縣，隸大理府之趙州（今大理市鳳儀）；改元置十二關防送千戶所為十二長官司，隸大理府。同年，改品甸賧為洱海衛，云南縣城從現云南驛遷至到現祥云城，縣衛合一并建洱海衛城（今祥云城）。弘治二年（1489）設你甸（今米甸）、楚場、安南坡（今下莊安南關）3巡檢司，直屬大理府，同時于云南驛設土驛丞。崇禎八年（1635）析縣轄楚場里于米甸設德昌縣。清初沿明制，為云南縣屬大理府。順治十六年（1659）裁德昌縣�？滴跷迥辏�1666）裁你甸、楚場、安南坡3巡檢司和云南驛土丞。康熙九年（1670）9月，置永昌守備道，大理府為其駐地。雍正八年（1730）7月改永昌守備道為迤西道，仍治大理府。

民國2年（1913），迤西道改為滇西道，云南縣屬滇西道。民國三年（1914），滇西道改為騰越道，云南縣隸屬之。民國7年（1918），因縣名與省同，改稱祥云縣。民國18年（1929）廢道，祥云縣直屬省。民國21年（1932），全省設12個政務視察區，祥云屬第四區。民國23年（1934），省政務視察區增加為16個，祥云改屬第十二區。民國24年（1935）視察區減為7個，祥云又改屬第四區。民國27年（1938）視察區又恢復為16個，祥云改屬第十一區。民國37年（1948），祥云縣屬云南省第八行政督察區（駐姚安縣）。