祥云縣原名云南縣。公元前109年（元封二年），漢武帝降服滇王，因夢(mèng)見彩云南現(xiàn)，故取名為云南縣，縣治設(shè)在云南驛，屬益州郡。明洪武十四年（1381）平定云南，改品甸賧為洱海衛(wèi)，云南縣城從現(xiàn)云南驛遷至到現(xiàn)祥云城，縣衛(wèi)合一，并建洱海衛(wèi)城（今祥云縣城）。1918年，因縣名與省同，改稱祥云縣。

1950年祥云縣屬滇西專員公署。同年3月，改屬大理專區(qū)。1956年11月16日國務(wù)院全體會(huì)議第40次會(huì)議決定：撤銷大理專區(qū)，設(shè)置大理白族自治州，祥云縣屬大理州。 1960年9月13日，國務(wù)院全體會(huì)議第103次會(huì)議通過：撤銷賓川、彌渡2縣，將原賓川、彌渡2縣的行政區(qū)域并歸祥云縣（1958年11月撤并）。1962年3月27日，國務(wù)院全體會(huì)議第115次會(huì)議決定：恢復(fù)彌渡縣，以合并于祥云縣的原彌渡縣行政區(qū)域?yàn)閺浂煽h的行政區(qū)域。恢復(fù)賓川縣，以合并于祥云縣的原賓川縣行政區(qū)域?yàn)橘e川縣的行政區(qū)域（1961年3月分置）。

1950年4月，賓川、祥云兩縣將插花地相互歸并，原屬祥云縣的柳家灣、大新村、小新村、黑樹林、西河頭基、白莊帽、前所、埃東、馬家莊劃歸賓川（一說為大黑樹、謝官營、東四村等村歸賓川）；原屬賓川的蛟起營、謝家營劃歸祥云。1952年11月，祥云縣拉烏、新田、新興、來鳳溪4個(gè)鄉(xiāng)，面積5.56平方千米，劃歸賓川縣拉烏鄉(xiāng)管理。

1958年1月，祥云縣的海稍14個(gè)村，面積4.76平方千米，劃歸賓川縣；9月，祥云縣的喬甸鄉(xiāng)，面積14.85平方千米，劃歸賓川縣。1964年，祥云縣雄魯么公社（鄉(xiāng)），面積0.89平方千米，劃歸賓川縣。

1996年，祥云縣面積2425平方千米，人口約41萬人。轄1鎮(zhèn)12鄉(xiāng)：祥城鎮(zhèn)、米甸彝族鄉(xiāng)、禾甸鎮(zhèn)、東山彝族鄉(xiāng)、象鼻鄉(xiāng)、周家鄉(xiāng)、沙龍鄉(xiāng)、前所鄉(xiāng)、劉廠鄉(xiāng)、下莊鄉(xiāng)、普淜彝族鄉(xiāng)、馬街鄉(xiāng)、鹿鳴鄉(xiāng)。縣政府駐祥城鎮(zhèn)。

1999年，下莊鄉(xiāng)改建下莊鎮(zhèn)，劉廠鄉(xiāng)改建劉廠鎮(zhèn)。2000年，祥云縣禾甸、前所鄉(xiāng)改建為禾甸、云南驛鎮(zhèn)。至此，祥云縣轄5個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)、3個(gè)民族鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，祥云縣常住總?cè)丝?37371人，其中：祥城鎮(zhèn)45268人，云南驛鎮(zhèn)59338人，下莊鎮(zhèn)52284人，劉廠鎮(zhèn)36010人，禾甸鎮(zhèn)45411人，象鼻鄉(xiāng)7028人，周家鄉(xiāng)32248人，沙龍鄉(xiāng)51699人，馬街鄉(xiāng)33883人，鹿鳴鄉(xiāng)12799人，普淜彝族鄉(xiāng)25602人，東山彝族鄉(xiāng)9736人，米甸彝族鄉(xiāng)26065人。

2001年，普淜彝族鄉(xiāng)、米甸彝族鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)；2001年12月，沙龍鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。2001年12月3日，云政復(fù)[2001]205號(hào)：祥云縣撤銷周家鄉(xiāng)并入祥城鎮(zhèn)，將沙龍鎮(zhèn)管轄的芮家營、下村、七白莊、七合、馬軍、禾大6個(gè)村民委員會(huì)劃歸祥城鎮(zhèn)管轄。至此，全縣轄8個(gè)鎮(zhèn)、3個(gè)鄉(xiāng)、1個(gè)民族鄉(xiāng)：祥城鎮(zhèn)、下莊鎮(zhèn)、劉廠鎮(zhèn)、云南驛鎮(zhèn)、沙龍鎮(zhèn)、禾甸鎮(zhèn)、米甸鎮(zhèn)、普淜鎮(zhèn)、象鼻鄉(xiāng)、馬街鄉(xiāng)、鹿鳴鄉(xiāng)、東山彝族鄉(xiāng)。

2005年，祥云縣撤銷象鼻鄉(xiāng)并入祥城鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原祥城鎮(zhèn)政府駐地；撤銷馬街鄉(xiāng)并入云南驛鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原云南驛鎮(zhèn)政府駐地（省政府2005年10月24日批準(zhǔn)）。

2006年，全縣面積2498平方千米，人口46.56萬人。轄8個(gè)鎮(zhèn)、2個(gè)鄉(xiāng)（其中1個(gè)民族鄉(xiāng)）：祥城鎮(zhèn)、沙龍鎮(zhèn)、云南驛鎮(zhèn)、下莊鎮(zhèn)、普淜鎮(zhèn)、劉廠鎮(zhèn)、禾甸鎮(zhèn)、米甸鎮(zhèn)、鹿鳴鄉(xiāng)、東山彝族鄉(xiāng)。共有4個(gè)居委會(huì)、131個(gè)行政村。縣政府駐祥城鎮(zhèn)。

2010年第六次人口普查，祥云縣常住總?cè)丝?55605人，其中：祥城鎮(zhèn)121959人，沙龍鎮(zhèn)30843人，云南驛鎮(zhèn)93671人，下莊鎮(zhèn)53954人，普淜鎮(zhèn)25480人，劉廠鎮(zhèn)35013人，禾甸鎮(zhèn)44661人，米甸鎮(zhèn)28011人，鹿鳴鄉(xiāng)12689人，東山彝族鄉(xiāng)9324人。

2013年末，全縣面積2425平方千米，總?cè)丝?7.61萬人。2014年，云南驛鎮(zhèn)、下莊鎮(zhèn)、劉廠鎮(zhèn)被列為全國重點(diǎn)鎮(zhèn)。