春秋時屬越，并吳后置句章城，為句章地。戰(zhàn)國時楚滅越，又屬楚。秦置句章縣，屬會稽郡，縣治在城山渡（今余姚市河姆渡東5里），歷兩漢、三國不變。東漢并曾為會稽東部都尉治。東晉隆安四年（公元400年），遷治小溪（今鄞縣鄞江橋）。唐武德四年（621年），廢句章縣，析置鄞州、姚州。七年，廢姚州仍為余姚縣。八年，廢鄞州，復鄮縣，屬越州。自秦始皇二十六年置句章縣至唐武德四年廢，凡842年，慈溪地域歸其屬。此后百余年，先后屬鄞州和鄮縣�，F境姚北部分，自秦漢至唐初，先后屬余姚縣、姚州、余姚縣。
唐開元26年（738年），分鄮縣為慈溪、奉化、翁山（今定海）、鄮縣4縣，并分越州別立明州以轄之始。慈溪縣，縣治慈城鎮(zhèn)（今寧波市江北區(qū)）。治南有溪，因東漢董黯“母慈子孝”的故事而名慈溪，縣以溪名（“東漢董黯，句章人，以孝聞。母病思飲大隱溪水，黯不避寒暑，日跋涉以致。后遷家溪畔，侍母更勤，母病竟愈。人仰其德，咸稱該溪為慈溪。唐開元邑始建縣時，遂名曰慈溪。”）。天寶元年（742年），改明州為余姚郡。乾元元年（758），復為明州，慈溪縣歷為所屬。同年，江南東道下分置浙江東道、浙江西道，慈溪縣隸浙江東道。
五代梁開平三年（909），置節(jié)度使，設明州望海軍，慈溪屬明州望海軍，隸吳越國。北宋建隆元年（960），改明州望海軍為明州奉國軍。太平興國三年（978），吳越歸宋，慈溪縣隸屬江南東道明州奉國軍。淳化五年（994）罷道。慈溪縣歷屬明州，隸兩浙東路。紹熙五年（1194），寧宗即位。明年，改元慶元，以明州為寧宗潛邸，遂以年號為名，升明州為慶元府，慈溪縣屬之，仍隸兩浙東路。元世祖至元十三年（1276），于慶元府置宣慰司。十四年改慶元路總管府。大德六年（1302），浙東道宣慰司都元帥府自婺州（今金華）移慶元，慈溪縣屬江浙行省浙東道宣慰司。
元末，慶元路為方國珍所據。至正二十七年（1367），朱元璋降方國珍，改慶元路為明州府，隸浙江行中書省。明洪武十四年改明州府為寧波府。永樂十六年（1418），慈溪失縣印，改慈溪為慈谿，仍屬寧波府，隸浙江承宣布政使司。清慈谿縣屬寧波府，隸浙江省寧紹臺道。1912年（民國元年），慈谿直屬浙江省軍政府。1914年，于清寧紹臺道范圍置會稽道，慈谿縣隸屬會稽道。1927年廢道制，慈谿直屬浙江省政府。1932年屬第五行政督察區(qū)，1935年屬第六行政督察區(qū)，1947年屬第三行政督察區(qū)，1948年4月屬第二行政督察區(qū)。
1949年5月24日，慈谿縣治孝中鎮(zhèn)（今寧波慈城鎮(zhèn)）解放。6月5日，浙江省第二區(qū)專員公署在寧波成立。10月改稱寧波專員公署，慈谿屬寧波專員公署。1954年10月，慈谿縣境進行大的調整，新縣境由原慈谿、余姚、鎮(zhèn)海3縣北部（俗稱三北）的棉區(qū)境域組成，縣人民政府由慈城鎮(zhèn)遷至滸山鎮(zhèn)。1956年，國務院公布《漢字簡化方案》，復慈谿為慈溪。1956年庵東鹽區(qū)并入。1970年改專區(qū)為地區(qū)，慈溪縣屬寧波地區(qū)。1979年泗門區(qū)又與余姚龍南區(qū)（今橫河區(qū)）互換，遂成現境（詳見方輿論壇“余姚慈溪邊界變遷”等帖子）。1983年，寧波地區(qū)撤銷，并入寧波市，實行市管縣體制，慈溪縣屬寧波市。1988年10月13日，經國務院批準，撤銷慈溪縣，設立慈溪市，市人民政府駐滸山鎮(zhèn)。
1994年，慈溪市轄22個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)。1995年5月前全市有800個行政村；同年，龍山鎮(zhèn)把伏龍、龍西兩村合并為龍聯村，開始了慈溪村級行政區(qū)劃調整。1997年11月16日，浙江省民政廳（浙民行字[1997]13號）批復同意慈溪市小安鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，并更名為杭州灣鎮(zhèn)。調整后，慈溪市轄23個鎮(zhèn)。1999年底前全市有768個行政村，2000年底全市有580個行政村。
2000年第五次人口普查，慈溪市總人口1214537人，其中：滸山鎮(zhèn)183620人、龍山鎮(zhèn)22445人、三北鎮(zhèn)23637人、范市鎮(zhèn)25183人、掌起鎮(zhèn)65178人、師橋鎮(zhèn)54232人、鳴鶴鎮(zhèn)26033人、觀城鎮(zhèn)70485人、附海鎮(zhèn)33586人、橋頭鎮(zhèn)40011人、匡堰鎮(zhèn)26675人、逍林鎮(zhèn)50887人、新浦鎮(zhèn)62164人、勝山鎮(zhèn)44486人、橫河鎮(zhèn)83665人、坎墩鎮(zhèn)56143人、崇壽鎮(zhèn)33507人、宗漢鎮(zhèn)79067人、庵東鎮(zhèn)44945人、天元鎮(zhèn)32249人、長河鎮(zhèn)49894人、周巷鎮(zhèn)67633人、杭州灣鎮(zhèn)39012人。
2001年2月底，全市鄉(xiāng)鎮(zhèn)完成村級行政區(qū)劃調整，行政村從原來的800個減少至327個，其中分布在中心城市規(guī)劃控制區(qū)范圍內的有69個，城鎮(zhèn)規(guī)劃區(qū)范圍內的有92個。村級行政區(qū)劃調整后，各村平均面積約為3平方千米，平均人口為2685人，其中3000人至5000人的有102個村，5000人以上的有12個村，人口最多的周巷鎮(zhèn)周西村達6727人。（另一數據：2001年4月2日，全市行政村個數調整為328個）
2001年9月24日，浙江省人民政府（浙政函[2001]197號）批復同意慈溪市部分行政區(qū)劃調整：一、撤銷觀城鎮(zhèn)、師橋鎮(zhèn)、鳴鶴鎮(zhèn)建制，合并設立觀海衛(wèi)鎮(zhèn)。觀海衛(wèi)鎮(zhèn)轄43村、13居，駐振觀路6號（原觀城鎮(zhèn)址）。二、撤銷杭州灣鎮(zhèn)建制，與周巷鎮(zhèn)合并。周巷鎮(zhèn)轄32村、10居，駐大通中路178號（原址）。三、撤銷滸山鎮(zhèn)、宗漢鎮(zhèn)、坎墩鎮(zhèn)建制，改由慈溪市政府直轄并設立滸山、宗漢、坎墩3個街道辦事處作為慈溪市政府派出機構。（1）滸山街道辦事處：管理原滸山鎮(zhèn)的43村、37居，駐三北大街518號（原滸山鎮(zhèn)址）。（2）宗漢街道辦事處：管理原宗漢鎮(zhèn)的18村、1居，駐市西二環(huán)北路1號（原宗漢鎮(zhèn)址）。（3）坎墩街道辦事處：管理原坎墩鎮(zhèn)的12村、2居，駐長白路7號（原坎墩鎮(zhèn)址）。調整后，慈溪市轄3個街道、17個鎮(zhèn)，92個居委會、328個行政村。中心城區(qū)面積由43平方千米擴大至106.5平方千米，總人口由13.82萬人增至26.29萬人。
2001年末，慈溪市面積1154平方千米，總人口100.84萬人，其中非農人口14.59萬人，轄3個街道、17個鎮(zhèn)，91個居委會、327個行政村，市政府駐滸山街道。2002年9月，慈溪市轄3個街道、17個鎮(zhèn)，32個社區(qū)、55個居民區(qū)、316個行政村，市政府駐水門路15號。2002年末，慈溪市面積1154平方千米，總人口100.58萬人，其中非農業(yè)人口14.82萬人，轄3個街道、17個鎮(zhèn)，87個居委會、310個行政村。
2003年末，慈溪市總面積1154平方千米，總人口100.71萬人，其中非農業(yè)人口15.13萬人，轄3個街道、17個鎮(zhèn)，66個居委會、308個行政村。2004年末，慈溪市面積1154平方千米，人口101.03萬人，轄3個街道、17個鎮(zhèn)，46個社區(qū)、28個居民區(qū)、297個行政村。市政府駐滸山街道三北大街655號。
2005年末，慈溪市戶籍人口101.54萬人。轄3個街道、17個鎮(zhèn)，75個居委會、297個村委會：滸山街道、宗漢街道、坎墩街道、范市鎮(zhèn)、掌起鎮(zhèn)、逍林鎮(zhèn)、新浦鎮(zhèn)、橫河鎮(zhèn)、附海鎮(zhèn)、庵東鎮(zhèn)、天元鎮(zhèn)、長河鎮(zhèn)、周巷鎮(zhèn)、橋頭鎮(zhèn)、匡堰鎮(zhèn)、勝山鎮(zhèn)、龍山鎮(zhèn)、崇壽鎮(zhèn)、三北鎮(zhèn)、觀海衛(wèi)鎮(zhèn)。
2006年3月16日，浙江省人民政府（浙政函[2006]36號）批復同意慈溪市部分行政區(qū)劃調整：觀海衛(wèi)鎮(zhèn)古窯浦村劃歸掌起鎮(zhèn)。調整后的觀海衛(wèi)鎮(zhèn)轄40個行政村、2個社區(qū)、8個居民區(qū)，鎮(zhèn)政府駐地不變（振觀路6號）；掌起鎮(zhèn)轄15個行政村、1個居民區(qū)，鎮(zhèn)政府駐地不變（掌起橫路509號）。5月，正式將觀海衛(wèi)鎮(zhèn)古窯浦村整體劃歸掌起鎮(zhèn)管轄。
2006年末，全市共有47個社區(qū)、28個居民區(qū)、297個行政村。2009年末全市戶籍人口103.52萬人。2010年末，全市總面積1361平方千米，戶籍人口103.88萬人，轄5個街道、15個鎮(zhèn)，50個社區(qū)、27個居民區(qū)、297個行政村。
2012年末，全市總面積1361平方千米。戶籍人口104.19萬人。轄5個街道、15個鎮(zhèn)：宗漢街道、坎墩街道、滸山街道、白沙路街道、古塘街道、掌起鎮(zhèn)、觀海衛(wèi)鎮(zhèn)、附海鎮(zhèn)、橋頭鎮(zhèn)、匡堰鎮(zhèn)、逍林鎮(zhèn)、新浦鎮(zhèn)、勝山鎮(zhèn)、橫河鎮(zhèn)、崇壽鎮(zhèn)、庵東鎮(zhèn)、天元鎮(zhèn)、長河鎮(zhèn)、周巷鎮(zhèn)、龍山鎮(zhèn)。市政府駐白沙路街道三北大街655號。
2013年4月27日，《浙江省人民政府關于慈溪市部分行政區(qū)劃調整的批復》（浙政函[2013]72號）：同意撤銷天元鎮(zhèn)建制，其行政區(qū)域與周巷鎮(zhèn)合并。調整后，周巷鎮(zhèn)轄6個社區(qū)、1個居民區(qū)、35個行政村，鎮(zhèn)政府駐地不變（環(huán)城北路428號）。調整后，慈溪市轄5個街道、14個鎮(zhèn)。