西漢設鹽瀆縣。東晉改鹽城縣。1983年設立鹽城市郊區(qū)。1996年改為鹽都縣。2004年改為鹽城市鹽都區(qū)（國務院2003年12月批準）。
1983年1月18日，國務院批準：撤銷鹽城縣，設立鹽城市（地級）；2月12日，江蘇省政府批準設立鹽城市城區(qū)、郊區(qū)。1996年7月19月，國務院批準（國函[1996]56號）：（1）撤銷鹽城市郊區(qū)，設立鹽都縣。鹽都縣轄原郊區(qū)的樓王、尚莊、秦南、龍岡、潘黃、大岡、步鳳、北龍港、義豐、鞍湖、伍佑11個鎮(zhèn)和中興、學富、岡中、大縱湖、北蔣、葛武、便倉、郭猛、馬溝9個鄉(xiāng)，其中伍佑鎮(zhèn)的行政區(qū)域為三墩村以南部分（不含三墩村）。鹽都縣人民政府駐潘黃鎮(zhèn)。（2）將原郊區(qū)的南洋、青墩、新興、永豐、張莊5個鄉(xiāng)鎮(zhèn)和伍佑鎮(zhèn)的三墩村及其以北部分劃歸鹽城市城區(qū)管轄。
1997年，鹽都縣轄14個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)：樓王鎮(zhèn)、尚莊鎮(zhèn)、秦南鎮(zhèn)、龍岡鎮(zhèn)、潘黃鎮(zhèn)、大岡鎮(zhèn)、伍估鎮(zhèn)、步鳳鎮(zhèn)、北龍港鎮(zhèn)、義豐鎮(zhèn)、中興鎮(zhèn)、鞍湖鎮(zhèn)、葛武鎮(zhèn)、郭猛鎮(zhèn)、學富鄉(xiāng)、岡中鄉(xiāng)、大縱湖鄉(xiāng)、北蔣鄉(xiāng)、便倉鄉(xiāng)、馬溝鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，鹽都縣（轄19個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)）總人口850519人，其中：大縱湖鎮(zhèn)30084人，北龍港鎮(zhèn)36142人，樓王鎮(zhèn)42884人，學富鎮(zhèn)31567人，義豐鎮(zhèn)38004人，尚莊鎮(zhèn)38910葛武鎮(zhèn)28804人，北蔣鎮(zhèn)31951人，秦南鎮(zhèn)61162人，中興鎮(zhèn)29115人，鞍湖鎮(zhèn)31181人，龍岡鎮(zhèn)49879人，潘黃鎮(zhèn)51281人，馬溝鎮(zhèn)35307人，郭猛鎮(zhèn)57942人，大岡鎮(zhèn)53110人，便倉鎮(zhèn)38201人，伍佑鎮(zhèn)44585人，步鳳鎮(zhèn)72362人，岡中鄉(xiāng)33493人，鹽都新區(qū)10139人，果樹良種場4416人。
2003年，將伍佑鎮(zhèn)伍康、益豐、伍岡3個村劃歸潘黃鎮(zhèn)管轄。12月18日，國務院批準（國函[2003]130號）：撤銷鹽都縣，設立鹽城市鹽都區(qū)，以原鹽都縣潘黃、大縱湖、北龍港、樓王、學富、義豐、尚莊、葛武、北蔣、秦南、龍岡、郭猛、大岡13個鎮(zhèn)的行政區(qū)域為鹽都區(qū)的行政區(qū)域。區(qū)人民政府駐潘黃鎮(zhèn)。原鹽都縣的便倉、伍佑、步鳳3個鎮(zhèn)劃歸鹽城市亭湖區(qū)管轄。調(diào)整前，原鹽都縣（Yandu Xian）面積1294平方千米，人口86萬（2001年），代碼320928，轄14個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)。
2004年末，大縱湖鎮(zhèn)面積74.70平方千米，人口30256人。北龍港鎮(zhèn)面積81.00平方千米，人口35649人。樓王鎮(zhèn)面積69.30平方千米，人口41691人。學富鎮(zhèn)面積42.24平方千米，人口29562人。義豐鎮(zhèn)面積63.20平方千米，人口39625人。尚莊鎮(zhèn)面積58.36平方千米，人口39377人。葛武鎮(zhèn)面積45.00平方千米，人口29556人。北蔣鎮(zhèn)面積50.00平方千米，人口32920人。秦南鎮(zhèn)面積116.17平方千米，人口87870人。龍岡鎮(zhèn)面積93.39平方千米，人口83226人。潘黃鎮(zhèn)面積59.65平方千米，人口64688人。郭猛鎮(zhèn)面積77.35平方千米，人口57368人。大岡鎮(zhèn)面積130.81平方千米，人口87580人。（數(shù)據(jù)來源于《江蘇省統(tǒng)計年鑒》）
2006年，鹽都區(qū)轄13個鎮(zhèn)：大縱湖鎮(zhèn)、北龍港鎮(zhèn)、樓王鎮(zhèn)、學富鎮(zhèn)、義豐鎮(zhèn)、尚莊鎮(zhèn)、葛武鎮(zhèn)、北蔣鎮(zhèn)、秦南鎮(zhèn)、龍岡鎮(zhèn)、潘黃鎮(zhèn)、郭猛鎮(zhèn)、大岡鎮(zhèn)；新區(qū)管委會。
2007年，將亭湖區(qū)張莊街道劃歸鹽都區(qū)管轄。調(diào)整后，鹽都區(qū)面積1038.7平方千米，人口73.01萬人，轄2個街道、13個鎮(zhèn)：新都街道、張莊街道、大縱湖鎮(zhèn)、北龍港鎮(zhèn)、樓王鎮(zhèn)、學富鎮(zhèn)、義豐鎮(zhèn)、尚莊鎮(zhèn)、葛武鎮(zhèn)、北蔣鎮(zhèn)、秦南鎮(zhèn)、龍岡鎮(zhèn)、潘黃鎮(zhèn)、郭猛鎮(zhèn)、大岡鎮(zhèn)；新區(qū)管委會。區(qū)政府駐潘黃鎮(zhèn)。
2009年末，鹽都區(qū)總面積1047平方千米、總人口75.23萬人。其中：張莊鎮(zhèn)面積78.82平方千米、人口30141人，大縱湖鎮(zhèn)面積74.7平方千米、人口30002人，北龍港鎮(zhèn)面積81平方千米、人口34756人，樓王鎮(zhèn)面積69.3平方千米、人口39236人，學富鎮(zhèn)面積42.24平方千米、人口29638人，義豐鎮(zhèn)面積63.2平方千米、人口40555人，尚莊鎮(zhèn)面積58.36平方千米、人口38037人，葛武鎮(zhèn)面積45平方千米、人口29753人，北蔣鎮(zhèn)面積50平方千米、人口32517人，秦南鎮(zhèn)面積118平方千米、人口84629人，龍岡鎮(zhèn)面積93.39平方千米、人口76764人，潘黃鎮(zhèn)面積30平方千米、人口40813人，郭猛鎮(zhèn)面積62.42平方千米、人口47658人，大岡鎮(zhèn)面積130.81平方千米、人口84888人。（數(shù)據(jù)來源于《江蘇省統(tǒng)計年鑒》）
2010年，撤銷義豐鎮(zhèn)、大縱湖鎮(zhèn)，合并設立大縱湖鎮(zhèn)；撤銷北龍港鎮(zhèn)、樓王鎮(zhèn)，合并設立樓王鎮(zhèn)；撤銷葛武鎮(zhèn)、尚莊鎮(zhèn)，合并設立尚莊鎮(zhèn)；撤銷秦南鎮(zhèn)、北蔣鎮(zhèn)，合并設立秦南鎮(zhèn)，將原秦南鎮(zhèn)部分行政區(qū)域劃歸學富鎮(zhèn)管轄；撤銷潘黃鎮(zhèn)，設立潘黃街道、鹽龍街道；將龍岡鎮(zhèn)的丁晏居委會，郭猛鎮(zhèn)的喬莊、黃劉2個居委會和吳徐、大李2個村委會劃歸鹽龍街道。行政區(qū)劃調(diào)整后，全區(qū)轄4個街道、8個鎮(zhèn)：新都街道、張莊街道、潘黃街道、鹽龍街道、大縱湖鎮(zhèn)、樓王鎮(zhèn)、學富鎮(zhèn)、尚莊鎮(zhèn)、秦南鎮(zhèn)、龍岡鎮(zhèn)、郭猛鎮(zhèn)、大岡鎮(zhèn)；新區(qū)管委會。