巫山在縣東，也稱巫峽，縣因以為名。巫山以上古唐堯時代巫咸（堯帝的御醫）而得名。戰國為楚國巫郡。秦昭襄王三十年（前277）改置巫縣。東漢建安十五年（210），析巫縣置北井縣。蜀漢章武二年（222），縣境屬吳國宜都郡。吳孫休永安三年（260）分宜都郡置建平郡，治巫縣。西晉秦始四年（268）隸屬巴東郡。

隋開皇三年（583）改巫山縣，屬建平郡。清康熙九年（1670年）大昌縣并入巫山縣。1949年10月2日巫山解放，12月17日成立縣人民政府。1997年6月28日，巫山縣劃歸重慶直轄市。

1951年3月，湖北省建始縣銅鼓鄉劃歸巫山縣官渡區境域。1961年3月，將龍溪公社所屬上安、下安、雙河三個大隊的山地1784.5畝，水田342.3畝析出，劃歸巫溪縣境，形成至今的巫山縣境。

1996年，巫山縣面積2958.2平方千米，人口約57.3萬人。轄巫峽、福田、龍溪、大昌、廟宇、雙龍、官陽、騾坪、抱龍、官渡、銅鼓11個鎮；五龍、白云、白果、紅椿、大山、龍井、兩坪、望霞、建平、南陵、曲尺、大溪、金坪、龍霧、錢家、何土尚、起陽、平河、廟堂、當陽、鴛鴦、三溪、田家、月池、楚陽、竹賢、石碑、青峰、洛陽、鄧家、雪花、篤坪、培石、新花、雙廟、新營、平南37個鄉。縣政府駐巫峽鎮。

2000年第五次人口普查，巫山縣常住總人口571959人，其中：巫峽鎮68620人、廟宇鎮41658人、大昌鎮31992人、福田鎮33143人、龍溪鎮22758人、雙龍鎮10315人、官陽鎮8863人、騾坪鎮13433人、抱龍鎮8857人、官渡鎮23377人、銅鼓鎮15152人、紅椿鄉6132人、五龍鄉6748人、白云鄉4826人、白果鄉13149人、大山鄉3783人、龍井鄉10781人、望霞鄉4077人、兩坪鄉15127人、曲尺鄉17659人、南陵鄉6743人、建平鄉7201人、大溪鄉12109人、錢家鄉9880人、龍霧鄉11632人、金坪鄉4414人、何淌鄉6798人、平河鄉7402人、起陽鄉7112人、廟堂鄉2502人、當陽鄉6756人、鴛鴦鄉5015人、楚陽鄉9050人、竹賢鄉5060人、月池鄉5999人、田家鄉6624人、三溪鄉9987人、洛陽鄉4646人、培石鄉7955人、石碑鄉9805人、篤坪鄉11288人、雪花鄉3878人、鄧家鄉4161人、青峰鄉3674人、雙廟鄉12735人、平南鄉10808人、新花鄉9248人、新營鄉9027人。

2002年12月31日，重慶市政府（渝府[2002]230號）批復同意撤銷鄧家鄉、紅椿鄉，設立鄧家土家族鄉和紅椿土家族鄉。2002年末，巫山縣戶籍總人口58.87萬人，其中非農業人口5.34萬人。轄11個鎮、37個鄉，22個居委會、567個村委會。

2003年12月12日，重慶市政府（渝府[2003]267號）批復同意巫山縣將11個鎮、37個鄉調整為11個鎮、30個鄉，其中，撤銷7個鄉，擴大5個鎮、2個鄉的行政區域，保留6個鎮、28個鄉的行政區域和政府駐地不變。具體為：撤銷洛陽鄉，并入抱龍鎮；撤銷雪花鄉，并入篤坪鄉；撤銷大山鄉，并入廟宇鎮；撤銷鴛鴦鄉，并入騾坪鎮；撤銷望霞鄉，并入兩坪鄉；撤銷五龍鄉，并入福田鎮；撤銷何淌鄉，并入官陽鎮。

2005年3月25日，重慶市政府（渝府[2005]52號）批復同意巫山縣將41個鄉鎮調整為26個鄉鎮。其中，撤銷15個鄉，調整8個鎮、4個鄉行政轄區范圍，保留3個鎮、11個鄉行政轄區和政府駐地不變。具體為：撤銷青峰鄉、石碑鄉，并入抱龍鎮；撤銷平南鄉、新營鄉，并入官渡鎮；撤銷新花鄉，水庫、楊壩2村并入官渡鎮，瓜瓢、云臺村并入建平鄉；撤銷雙廟鄉，雙廟、柳池、觀閣、鮑田村并入銅鼓鎮，廟坪村并入官渡鎮；撤銷南陵鄉，南陵居委會、平安村、東崗村、跳石村并入巫峽鎮，春曉村并入建平鄉；撤銷田家鄉、月池鄉，并入三溪鄉；撤銷楚陽鄉，并入騾坪鎮；撤銷龍霧鄉、錢家鄉，并入雙龍鎮；撤銷白果鄉、白云鄉，并入大昌鎮；撤銷起陽鄉，起陽、龍潭、大峽村并入平河鄉，金龍村并入官陽鎮；將巫峽鎮的文峰、龍水、七星、黎早、桂花、新路、陳家村劃歸龍井鄉。

2008年，全縣轄11個鎮、15個鄉（其中2個民族鄉）：巫峽鎮、廟宇鎮、大昌鎮、福田鎮、龍溪鎮、雙龍鎮、官陽鎮、騾坪鎮、抱龍鎮、官渡鎮、銅鼓鎮、紅椿土家族鄉、龍井鄉、兩坪鄉、曲尺鄉、建平鄉、大溪鄉、金坪鄉、平河鄉、廟堂鄉、當陽鄉、竹賢鄉、三溪鄉、培石鄉、篤坪鄉、鄧家土家族鄉。共有315個行政村、30個居委會。縣政府駐巫峽鎮。

2009年8月31日，重慶市政府（渝府[2009]135號）批復同意撤銷廟堂鄉（因整體搬遷基本完成而撤銷鄉建置），將廟堂鄉所轄區域整體劃歸平河鄉管轄。調整后，全縣轄11個鎮、14個鄉（其中2個民族鄉）。

2010年第六次人口普查，巫山縣常住總人口495072人，其中：巫峽鎮98743人，廟宇鎮34913人，大昌鎮36217人，福田鎮32340人，龍溪鎮16304人，雙龍鎮18646人，官陽鎮14762人，騾坪鎮24859人，抱龍鎮19472人，官渡鎮42766人，銅鼓鎮18590人，紅椿土家族鄉4980人，龍井鄉19130人，兩坪鄉16794人，曲尺鄉12728人，建平鄉10464人，大溪鄉7321人，金坪鄉2954人，平河鄉9990人，當陽鄉5160人，竹賢鄉3928人，三溪鄉18961人，培石鄉6460人，篤坪鄉14965人，鄧家土家族鄉3625人。

2011年8月5日，重慶市政府（渝府[2011]80號）批復同意：撤銷龍井鄉，調整巫峽鎮行政區域范圍，設立高唐、龍門2個街道。調整后，全縣轄2個街道、11個鎮、13個鄉（其中2個民族鄉）：高唐街道、龍門街道、巫峽鎮、廟宇鎮、大昌鎮、福田鎮、龍溪鎮、雙龍鎮、官陽鎮、騾坪鎮、抱龍鎮、官渡鎮、銅鼓鎮、紅椿土家族鄉、兩坪鄉、曲尺鄉、建平鄉、大溪鄉、金坪鄉、平河鄉、當陽鄉、竹賢鄉、三溪鄉、培石鄉、篤坪鄉、鄧家土家族鄉。