2006年，文昌市轄16個鎮：文城鎮、重興鎮、蓬萊鎮、會文鎮、東路鎮、潭牛鎮、東閣鎮、文教鎮、東郊鎮、龍樓鎮、昌灑鎮、翁田鎮、抱羅鎮、馮坡鎮、錦山鎮、鋪前鎮。
　　文城鎮　轄14個社區、41個行政村：文嶺社區、和平社區、文建東社區、文建西社區、東風社區、南新社區、沿江社區、城東社區、新風社區、英城社區、清瀾墟社區、邁號墟社區、新合墟社區、新苑社區、德田村、坑美村、民星村、堂福村、霞洞村、后坑村、大潭村、城南村、湖園村、北架村、南海村、新井村、清群村、星火村、凌村村、紅莊村、新園村、燎原村、坡口村、龍山村、陶坡村、邁眾村、下山村、邁南村、邁號村、排城村、名門村、南聯村、南新村、南群村、高農村、高星村、高隆村、新合村、橫山村、青山村、頭苑村、玉山村、造福村、藍田村、后港。
　　重興鎮　轄1個社區、13個行政村：重興墟社區、加昌村、群先村、重建村、重興村、東風村、新風村、新寨村、聯星村、光大村、甘村村、養成村、躍進村、育英村。
　　蓬萊鎮　轄1個社區、11個行政村：蓬萊墟社區、蓬萊村、桃仁村、石橋村、群合村、大楊村、高金村、大山村、干塘村、羅寶村、石壁村、典昌。
　　會文鎮　轄1個社區、16個行政村：會文社區、冠南村、龍家村、朝奎村、李桃村、會文村、文林村、官公鋪村、官新村、白延村、湖豐村、南坡村、鳳會村、煙堆村、陽光村、邊海村、沙港村。
　　東路鎮　轄2個社區、10個行政村：約亭社區、東路墟社區、東路村、永豐村、美德村、紅光村、大寶村、長征村、蛟塘村、葫蘆村、大坡村、下洋村。
　　潭牛鎮　轄2個社區、15個行政村：潭牛墟社區、新橋墟社區、二公堆村、大廟村、潭北村、潭牛村、企堆村、中心村、昌美村、昌頭村、大昌村、大頂村、古城村、孔雀村、新民村、新溪村、新橋村。
　　東閣鎮　轄2個社區、18個行政村：東閣社區、寶芳墟社區、東閣村、俠夫村、地綠洋村、群建村、良豐村、紅旗村、大寶園村、東海村、大架村、李山村、鳳頭村、天倫村、寶新村、寶芳村、美柳村、新群村、紅星村、文林村。
　　文教鎮　轄1個社區、16個行政村：文教社區、寶典村、光輝村、紅峰村、后田村、加美村、建聯村、建新村、立新村、培龍村、坡柳村、熔爐村、水吼村、宋六村、同源村、文南村、五四村。
　　東郊鎮　轄1個社區、15個行政村：東郊墟社區、寶玉村、豹山村、東郊村、良梅村、碼頭村、前進村、清港村、上坡村、泰山村、中南村、中山村、良田村、椰海村、建華山村、椰林村。
　　龍樓鎮　轄1個社區、9個行政村：龍樓墟社區、吉水村、龍新村、星光村、寶陵村、金星村、山海村、紅海村、龍樓村、全美村。
　　昌灑鎮　轄1個社區、12個行政村：昌灑墟社區、昌發村、昌華村、昌茂村、昌灑村、昌新村、昌興村、東群村、更新村、慶齡村、鳳元村、寶堆村、聯成村。
　　翁田鎮　轄2個社區、14個行政村：翁田墟社區、龍馬墟社區、博文村、大福村、堆頭村、茂山村、明月村、排山良村、汪洋村、翁田村、玉竹村、龍馬村、龍南村、新村村、龍北村、西村村。
　　抱羅鎮　轄2個社區、17個行政村：抱羅墟社區、公坡墟社區、紅旗村、抱功村、抱農村、先鋒村、山梅村、振聯村、抱羅村、抱民村、東宛村、抱英村、抱錦村、公坡村、力群村、五一村、新華村、錦東村、水北村。
　　馮坡鎮　轄1個社區、10個行政村：馮坡墟社區、馮坡村、合坡村、白茅村、下宅村、里美村、貝山村、蛟龍村、昌里村、白沙村、鳳尾村。
　　錦山鎮　轄2個社區、27個行政村：錦山墟社區、湖山墟社區、枋春村、錦山村、坑口村、錄家村、羅民村、南拔村、南坑村、南山村、排港村、橋坡村、山雅村、上洪村、下園村、新室村、園堆村、下溪坡村、良家莊村、樂安村、鑒山村、福坡村、茶園村、湖山村、湖清村、湖大村、湖心村、溪尾村、花園村。
　　鋪前鎮　轄1個社區、11個行政村：鋪前墟社區、地太村、東坡村、林梧村、隆豐村、美港村、鋪港村、鋪龍村、鋪前村、鋪漁村、七嶺村、仕后村。
　　國營東路農場、國營南陽農場、國營羅豆農場、國營文昌橡膠研究所
　　（根據《海南省行政區劃代碼（2006年4月）》整理）