因額敏河得名。“額敏”為“葉密里”、“也木勒”同音譯寫，蒙古語意為馬鞍。據(jù)《西域同文志》，額敏釋為回語“清凈平安”之意。據(jù)元史記載：成吉思汗征服西域和中亞后，分封三子窩闊臺以也迷里河濱之地建都稱“也迷里城”，又稱“都魯布津”蒙語“方城”之意。
漢代屬烏孫，唐代設(shè)甸延都督府。元代為成吉思汗之子窩闊臺的封地，曾在額敏河南岸建城，稱葉密里城，明末清初準(zhǔn)噶爾部在額敏筑城，為四方形，蒙古語稱都魯布津（意為方城）。清乾隆二十九年（1764年）設(shè)塔爾巴哈臺政區(qū)。1918年設(shè)縣時(shí)將也迷里改稱額敏縣。先后隸屬塔城道、塔城行政區(qū)、塔城專區(qū)，1968年隸屬塔城地區(qū)。
1996年，額敏縣轄1個(gè)鎮(zhèn)、10個(gè)鄉(xiāng)：額敏鎮(zhèn)、上戶鄉(xiāng)、玉什喀拉蘇鄉(xiāng)、二道橋鄉(xiāng)、霍吉爾特蒙古族鄉(xiāng)、郊區(qū)鄉(xiāng)、杰勒阿尕什鄉(xiāng)、瑪熱勒蘇鄉(xiāng)、喀拉也木勒鄉(xiāng)、額瑪勒郭楞蒙古族鄉(xiāng)、喇嘛昭鄉(xiāng)。駐有農(nóng)九師機(jī)關(guān)及所轄165、166、167、168、169團(tuán)和團(tuán)結(jié)農(nóng)場等。
2000年第五次人口普查，額敏縣常住總?cè)丝?78309人，其中：額敏鎮(zhèn)24958人、郊區(qū)鄉(xiāng)23045人、上戶鄉(xiāng)10750人、額瑪勒郭楞蒙古族鄉(xiāng)4355人、玉什喀拉蘇鄉(xiāng)7444人、杰勒阿尕什鄉(xiāng) 9476人、瑪熱勒蘇鄉(xiāng)10400人、拉也木勒鄉(xiāng)6363人、喇嘛昭鄉(xiāng)2280人、霍吉爾特蒙古族鄉(xiāng)3574人、二道橋鄉(xiāng)2103人、兵團(tuán)朝陽區(qū)虛擬鎮(zhèn)16864人、二支河牧場4641人、加爾布拉克農(nóng)場2577人、闊什比克良種場2655人、薩爾也木勒牧場3676人、也木勒牧場6494人、地區(qū)種羊場4724人、吾宗布拉克牧場1100人、水豐兵團(tuán)團(tuán)結(jié)農(nóng)場2968人、紅星崗兵團(tuán)169團(tuán)3968人、錫伯提兵團(tuán)166團(tuán)6980人、麥海因兵團(tuán)167團(tuán)5977人、烏什水兵團(tuán)168團(tuán)5887人、達(dá)因蘇兵團(tuán)165團(tuán)5050人。
2003年，額敏縣總面積9146.89平方千米，總?cè)丝?97369人，轄1鎮(zhèn)10鄉(xiāng)：額敏鎮(zhèn)、郊區(qū)鄉(xiāng)、上戶鄉(xiāng)、玉什喀拉蘇鄉(xiāng)、喀拉也木勒鄉(xiāng)、杰勒阿尕什鄉(xiāng)、瑪熱勒蘇鄉(xiāng)、二道橋鄉(xiāng)、喇嘛昭鄉(xiāng)、額瑪勒郭楞蒙古族鄉(xiāng)、霍吉爾特蒙古族鄉(xiāng)。縣政府駐額敏鎮(zhèn)。
2010年第六次人口普查，額敏縣常住總?cè)丝?87112人，其中：額敏鎮(zhèn)57782人，郊區(qū)鄉(xiāng)16790人，上戶鄉(xiāng)10093人，額瑪勒郭楞蒙古民族鄉(xiāng)3854人，玉什喀拉蘇鄉(xiāng)8061人，杰勒阿尕什鄉(xiāng)8757人，瑪熱勒蘇鄉(xiāng)10424人，喀拉也木勒鄉(xiāng)7417人，喇嘛昭鄉(xiāng)1745人，霍吉爾特蒙古民族鄉(xiāng)3527人，二道橋鄉(xiāng)2299人，二支河牧場5148人，加爾布拉克農(nóng)場2789人，闊什比克良種場2377人，薩爾也木勒牧場4354人，也木勒牧場6368人，塔城地區(qū)種羊場4847人，吾宗布拉克牧場1400人，兵團(tuán)農(nóng)九師一六五團(tuán)5510人，兵團(tuán)農(nóng)九師一六六團(tuán)7284人，兵團(tuán)農(nóng)九師一六七團(tuán)5173人，兵團(tuán)農(nóng)九師一六八團(tuán)8319人，兵團(tuán)農(nóng)九師團(tuán)結(jié)農(nóng)場2794人。
2012年，撤銷玉什喀拉蘇鄉(xiāng)，設(shè)立玉什喀拉蘇鎮(zhèn)（新政函[2012]156號）；撤銷杰勒阿尕什鄉(xiāng)，設(shè)立杰勒阿尕什鎮(zhèn)（新政函[2012]166號）；撤銷上戶鄉(xiāng)，設(shè)立上戶鎮(zhèn)（新政函[2012]362號）。2013年，自治區(qū)政府（新政函[2013]205號）批準(zhǔn)同意撤銷瑪熱勒蘇鄉(xiāng)，設(shè)立瑪熱勒蘇鎮(zhèn)。2014年10月20日，自治區(qū)政府（新政函[2014]182號）同意撤銷喀拉也木勒鄉(xiāng)，設(shè)立喀拉也木勒鎮(zhèn)。
至此，全縣轄6個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)（其中2個(gè)民族鄉(xiāng)）：額敏鎮(zhèn)、玉什喀拉蘇鎮(zhèn)、杰勒阿尕什鎮(zhèn)、上戶鎮(zhèn)、瑪熱勒蘇鎮(zhèn)、喀拉也木勒鎮(zhèn)、郊區(qū)鄉(xiāng)、額瑪勒郭楞蒙古族鄉(xiāng)、喇嘛昭鄉(xiāng)、霍吉爾特蒙古族鄉(xiāng)、二道橋鄉(xiāng)。