曾用陽都、寧都、虔化、博生等縣名。秦統一后，寧都屬九江郡。西漢屬豫章郡。高祖六年（公元前201年）始置雩都縣。寧都為雩都縣地，屬廬陵郡。三國吳嘉禾五年（236年）分廬陵郡立南部都尉于雩都，析雩都縣東北陂陽鄉白鹿營（今黃石鎮營底村）置陽都縣。西晉太康元年（280年），改陽都為寧都。遷縣治于陽田營（今石上鎮王田營村）。太康三年（282年）改南部都尉為南康郡（治雩都）。東晉永和五年（349年），南康郡移治贛縣（今贛州），寧都隸之。
宋永初元年（420年）改南康郡為南康國，寧都隸之。大明五年（461年），析寧都虔化屯（今東山壩鎮大布村）置虔化縣（舊志載：縣西五里有石狀如虎，傳由虎化為石�；閮次�，改為虔，故名虔化，縣以此得村名），并屬南康國。齊永明元年（483年）南康國復為南康郡，寧都、虔化均屬南康郡。隋開皇九年（589年）滅陳，改南康郡為虔州；虔化并入寧都，隸虔州。開皇十三年，陂陽縣（今石城縣西）并入寧都縣。開皇十八年（598年），改寧都為虔化縣，遷縣治于雪竹坪（今梅江鎮）。
唐武德五年（公元622年），虔化屬洪州總管府虔州。貞觀元年（627年），虔化屬江南道虔州。開元二十一年（733年），虔化屬江南西道虔州。元和六年（811年），升虔州為上州，虔化為上縣。咸通七年（公元866年），升虔州為節鎮，號百勝軍，虔化隸之。南唐保大十一年（953年），析虔化之石城場置石城縣。宋至道三年（997年），虔化屬江南路虔州。天禧四年（1020年），虔化屬江南西路虔州。大觀元年（1107年），升虔州為望郡，虔化為上縣。紹興二十三年（1153年），改虔州為贛州，虔化為寧都。
元至元十四年（1277年），寧都屬江西行中書省贛州路。元貞元年（1295年）十一月，升寧都縣為州，轄石城縣，屬贛州路。明洪武二年（1369年），改贛州路為府，改寧都州為寧都縣。洪武九年（1376年），寧都縣屬江西布政使司贛州府。清初沿明制。乾隆十九年（1754年），升寧都縣為直隸州，轄瑞金、石城二縣。民國二年（1913年），寧都復改為縣。民國三年，寧都縣屬贛南道。民國十五年，廢道，寧都縣直屬江西省政府。民國二十三年十月，寧都縣屬第十二行政區，并為專署駐地。民國二十四年四月，屬第八行政區，為專署駐地。
第二次國內革命戰爭時期：1929年，寧都為中央蘇區屬縣。1931年9月，寧都縣分為寧都、彭湃兩縣。1932年2月，寧都、彭湃兩縣復并為寧都縣。1933年1月13日，為紀念趙博生烈士，寧都縣改為博生縣。1933年7月，根據中華蘇維埃共和國中央人民委員會《關于重新劃分行政區劃的決定》，寧都分為博生、洛口、長勝三縣。
1949年8月27日，寧都解放，29日成立寧都縣人民政府。同年9月，省人民政府決定設瑞金分區，后未成立，改為寧都分區（1951年6月改稱寧都專區）。寧都縣隸之，并為專署駐地。1952年8月29日，屬贛州專區。1954年6月，屬贛南行政區。1964年5月，屬贛州專區，1971年2月，屬贛州地區。1999年7月1日，屬贛州市。
1984年，設立員布鄉（贛府廳字[1984]251號）。1987年4月5日，青塘鄉、長勝鄉、黃陂鄉改設青塘鎮、長勝鎮、黃陂鎮（贛府廳字[1987]165號批復）。
1988年12月10日，撤銷劉坑鄉，其行政區域劃歸梅江鎮管轄（贛民函[1988]138號批復）。1995年9月29日，撤銷固村鄉、賴村鄉，設立固村鎮、賴村鎮（贛民字[1995]185號批復）。1997年1月14日，撤銷石上鄉、東山壩鄉，設立石上鎮、東山壩鎮（贛民字[1997]12號批復）。
1997年，全縣面積4053平方千米，人口65.9萬，轄8個鎮、17個鄉：梅江鎮、固村鎮、長勝鎮、賴村鎮、青塘鎮、東山壩鎮、石上鎮、黃陂鎮、肖田鄉、東韶鄉、員布鄉、洛口鄉、小布鄉、大沽鄉、釣峰鄉、安福鄉、蔡江鄉、湛田鄉、會同鄉、田埠鄉、竹笮鄉、固厚鄉、田頭鄉、黃石鄉、對坊鄉。
1998年4月7日，梅江鎮析置劉坑鄉，鄉政府駐劉坑村（贛民字[1998]50號批復）。1998年8月5日，撤銷洛口鄉，設立洛口鎮（贛民字[1998]126號批復）。2000年6月27日，撤銷小布鄉，設立小布鎮（贛民字[2000]145號批復）。至此，全縣轄10個鎮、16個鄉。
2000年第五次人口普查，全縣總人口657241人，其中：梅江鎮81633人、青塘鎮31452人、長勝鎮48323人、黃陂鎮30370人、固村鎮34199人、賴村鎮39986人、石上鎮28843人、東山壩鎮21545人、洛口鎮21657人、小布鎮14116人、竹笮鄉25290人、田頭鄉30716人、黃石鄉28848人、對坊鄉21723人、固厚鄉20047人、田埠鄉20564人、會同鄉28367人、湛田鄉15383人、安福鄉10416人、東韶鄉18617人、肖田鄉9102人、釣峰鄉9524人、大沽鄉13036人、蔡江鄉11271人、員布鄉3970人、劉坑鄉38243人。
2001年10月20日，撤銷員布鄉，劃歸洛口鎮；撤銷劉坑鄉，劃歸梅江鎮；撤銷黃石鄉、田頭鄉，設立黃石鎮、田頭鎮（贛民字[2001]483號批復）。2002年底，寧都縣轄12個鎮、12個鄉，17個居委會、348個行政村。2003年底，全縣轄12鎮12鄉，總人口71.4萬人。2006年末，全縣總人口741156人，其中非農業人口131409人。