昌吉市是昌吉回族自治州首府所在地，位于新疆維吾爾自治區中北部，東經86°24′-87°37′、北緯43°06′-45°20′。東鄰烏魯木齊市、五家渠市，西連呼圖壁縣，南與巴音郭楞蒙古自治州和靜縣相接，北和塔城地區和布克賽爾縣、阿勒泰地區福海縣接壤。南北長約260千米，東西寬約30千米，總面積7981.13平方千米。總人口37萬人（2012年），有漢、回、哈薩克和維吾爾等民族。全市轄6個街道、8個鎮、2個鄉（其中1個民族鄉）：寧邊路街道、延安北路街道、北京南路街道、建國路街道、中山路街道、綠洲路街道、硫磺溝鎮、三工鎮、榆樹溝鎮、二六工鎮、大西渠鎮、六工鎮、濱湖鎮、佃壩鎮、阿什里哈薩克族鄉、廟爾溝鄉。境內有昌吉國家農業科技園區、昌吉市北部荒漠生態保護管理站、兵團共青團農場、兵團軍戶農場。市政府駐延安北路街道。
地處天山北麓、準噶爾盆地南緣。地勢南高北低，地貌類型可分為南部山地、中部平原、北部沙漠三大部分。境內有大小冰川158條，發源于天格爾冰峰區的三屯河、頭屯河兩條河流自南向北貫穿全市。屬中溫帶大陸性干旱氣候，冬季長而嚴寒，夏季短而炎熱，春秋季節不明顯，氣候干燥，蒸發量大，降水少。礦產資源主要有煤、鐵、石灰石、天然氣、芒硝、白礬、硫磺、砂金、菱鐵礦等。蘭新鐵路、312國道、第二座亞歐大陸橋和烏奎高速公路穿境而過，設有昌吉火車站。古跡有寧邊城、昌吉古城、蘆草溝古堡、河州工清真寺、六工拱拜(回族公墓)、陜西大寺、喀什寺等。景點有硫磺溝、索爾巴斯陶、廟爾溝、金澇壩、努爾加大草原、民族風情園、青格達湖旅游區、北沙窩旅游渡假村等。