秦置閬中縣。閬山四合，閬水迂曲，繞縣三面，縣居其中，故名閬中。高門曰閬，故閬中城又名高城。一說閬中為古壯語地名，意為圩市。隋改閬內縣，唐初復閬中縣。1991年1月12日，民政部批復（民行批[1991]2號）撤銷閬中縣，設立閬中市。

　　1997年，閬中市面積1887.8平方千米，人口85.5萬，轄23鎮36鄉：保寧鎮、江南鎮、河溪鎮、老觀鎮、柏埡鎮、飛鳳鎮、雙龍鎮、妙高鎮、金埡鎮、千佛鎮、水觀鎮、思依鎮、洪山鎮、石龍鎮、文成鎮、二龍鎮、石灘鎮、龍泉鎮、望埡鎮、七里鎮、彭城鎮、寶馬鎮、玉臺鎮、金子鄉、方山鄉、西山鄉、峰占鄉、朱鎮鄉、福星鄉、寶臺鄉、大埡鄉、五馬鄉、天宮鄉、天林鄉、埡口鄉、裕華鄉、博樹回族鄉、井溪鄉、清泉鄉、石子鄉、東興鄉、鶴峰鄉、棗碧鄉、治平鄉、涼水鄉、雙廟鄉、河樓鄉、橋樓鄉、木蘭鄉、北門鄉、金城鄉、紅土鄉、護埡鄉、裕農鄉、金魚鄉、土埡鄉、三廟鄉、高觀鄉、共和鄉。市政府駐保寧鎮，距南充市88千米。
　　2000年，閬中市轄23個鎮、47個鄉、1個民族鄉。根據第五次人口普查數據，全市總人口787809人，其中：保寧鎮96542人、江南鎮21644人、七里鎮29841人、彭城鎮15748人、雙龍鎮12557人、柏埡鎮19920人、飛鳳鎮11327人、思依鎮12303人、文成鎮8328人、二龍鎮14565人、石灘鎮13405人、老觀鎮10582人、龍泉鎮7931人、千佛鎮13921人、望埡鎮9613人、河溪鎮14431人、妙高鎮6877人、洪山鎮12988人、石龍鎮14758人、寶馬鎮12846人、水觀鎮16394人、金埡鎮11215人、玉臺鎮7836人、石子鄉8012人、埡口鄉9208人、治平鄉8307人、裕華鄉8409人、田公鄉6690人、高觀鄉5893人、裕農鄉6474人、金魚鄉6823人、天宮鄉9440人、天林鄉11209人、棗碧鄉7813人、北門鄉6723人、橋樓鄉7281人、河樓鄉7019人、小埡鄉4971人、木蘭鄉6872人、東興鄉7533人、清泉鄉7312人、井溪鄉7507人、博樹回族鄉7917人、云臺鄉5520人、涼水鄉8996人、護山鄉8460人、紅土鄉6610人、解元鄉8750人、西山鄉10249人、方山鄉9798人、構溪鄉6847人、土埡鄉6744人、龍坪鄉8195人、護埡鄉6635人、獅子鄉8208人、金子鄉13348人、三廟鄉6145人、峰占鄉10850人、鶴豐鄉8737人、扶農鄉9829人、大慶鄉5994人、共和鄉4817人、金城鄉7364人、雙廟鄉7772人、五馬鄉10912人、元山鄉8133人、朱鎮鄉11699人、大埡鄉9112人、寶臺鄉11017人、盤馬鄉9092人、福星鄉10991人。

　　2003年8月5日，四川省人民政府（川府函[2003]186號）批復同意閬中市人民政府機關辦公駐地由閬中市區內東街7號遷至市區長公大道66號。
　　2004年，閬中市轄3個街道（保寧、東苑、沙溪）、22個鎮（江南、河溪、老觀、柏埡、飛鳳、雙龍、妙高、金埡、千佛、水觀、思依、洪山、石龍、文成、二龍、石灘、龍泉、望埡、七里、彭城、寶馬、玉臺）、47個鄉（石子、埡口、裕華、高觀、北門、河樓、五馬、朱鎮、福星、寶臺、大埡、共和、治平、東興、清泉、紅土、金城、土埡、西山、護埡、金魚、天林、雙廟、裕農、井溪、天宮、涼水、金子、峰占、方山、三廟、鶴豐、木蘭、橋樓、棗碧、小埡、田公、扶農、元山、盤馬、云臺、解元、護山、龍坪、獅子、大慶、構溪）、1個民族鄉（博樹回族）。
　　2005年8月2日，四川省人民政府（川府民政[2005]28號）批準，同意閬中市鄉鎮行政區劃建制由原來的22個鎮、48個鄉、3個街道辦事處調整為21個鎮、25個鄉、3個街道辦事處。具體批復如下：
　　一、撤銷護埡、構溪、獅子、土埡、龍坪、護山、紅土、大慶、共和、扶農、雙廟、大埡、盤馬、元山、井溪、云臺、裕華、小埡、田公、金魚、裕農、高觀、石子23個鄉和七里鎮、東苑街道辦事處。
　　二、新設七里街道辦事處，轄原七里鎮所屬行政區域，辦事處駐張公橋。
　　三、擴大17個鄉鎮和2個街道辦事處的行政區域�！�將原土埡、龍坪2個鄉所屬行政區域并入老觀鎮，老觀鎮政府駐老觀場�！�將原護埡鄉所屬行政區域并入望埡鎮，政府駐望埡口�！�將原構溪鄉所屬行政區域并入龍泉鎮，龍泉鎮政府駐雙合場�！�將原獅子鄉所屬行政區域并入千佛鎮，千佛鎮政府駐千佛場�！�將原紅土鄉所屬行政區域并入二龍鎮，二龍鎮政府駐二龍場�！�將原大慶、共和2個鄉所屬行政區域并入妙高鎮，妙高鎮政府駐妙高樓�！�將原元山鄉所屬行政區域并入洪山鎮，洪山鎮政府駐洪山場。　將原扶農鄉所屬行政區域并入河溪鎮，河溪鎮政府駐河溪關。　將原盤馬鄉所屬行政區域并入水觀鎮，水觀鎮政府駐水觀音�！�將原大埡鄉所屬行政區域并入金埡鎮，金埡鎮政府駐金埡場�！�將原云臺鄉所屬行政區域并入文成鎮，文成鎮政府駐濫泥溝�！�將原井溪鄉所屬行政區域并入東興鄉，東興鄉政府駐魚鑒子�！�將原裕華、田公2個鄉所屬行政區域并入江南鎮，江南鎮政府駐南津關�！�將原小埡鄉所屬行政區域并入思依鎮，思依鎮政府駐思依場。　將原高觀、金魚、裕農3個鄉所屬行政區域并入柏埡鎮，柏埡鎮政府駐柏埡子�！�將原護山鄉所屬行政區域并入涼水鄉，涼水鄉政府駐涼水井�！�將原雙廟鄉所屬行政區域并入五馬鄉，五馬鄉政府駐陳家溝。　將原石子鄉所屬行政區域并入沙溪街道辦事處，沙溪街道辦事處駐張飛北路�！�將原東苑街道辦事處所屬行政區域并入保寧街道辦事處，保寧街道辦事處駐西園街。
　　四、保留彭城、石龍、雙龍、飛鳳、玉臺、石灘、寶馬7個鎮和三廟、峰占、方山、西山、解元、鶴峰、金子、治平、天宮、天林、河樓、橋樓、棗碧、北門、木蘭、朱鎮、金城、寶臺、福星、博樹回族、清泉、埡口22個鄉的建制，其所屬行政區域、政府駐地不變。
　　五、原有的水觀、文成、老觀、河溪、思依、柏埡、洪山、二龍、江南、千佛10個區工委和督導辦公室予以撤銷。
　　2005年，將全市的73個鄉鎮、街道辦事處調整精簡為49個，撤銷24個鄉鎮和11個區工委，精簡幅度為33%。區劃調整實施后，全市鄉鎮平均管轄面積由原來的25.73平方千米增加到38.33平方千米，管轄人口由1.03萬人增加到1.75萬人。
　　2005年底，閬中市轄3個街道（保寧、沙溪、七里）、21個鎮（江南、河溪、老觀、柏埡、飛鳳、雙龍、妙高、金埡、千佛、水觀、思依、洪山、石龍、文成、二龍、石灘、龍泉、望埡、彭城、寶馬、玉臺）、24個鄉（埡口、北門、河樓、五馬、朱鎮、福星、寶臺、治平、東興、清泉、金城、西山、天林、天宮、涼水、金子、峰占、方山、三廟、鶴豐、木蘭、橋樓、棗碧、解元）、1個民族鄉（博樹回族）。