元江，古屬西南夷地，稱“西南荒裔”；夏商周時名惠籠甸，屬梁州地；兩漢時期，屬益州郡勝休縣地。蜀漢、西晉時名羅槃甸，屬興古郡地；隋、唐時名步頭，屬黎州地；唐南詔時期稱惠籠甸，屬銀生節(jié)度。宋大理時名因遠部、羅必甸，屬威遠瞼治地，屬威楚府；元至元元年（1264）名羅槃部，屬元江路治地，至元二年（1265）改為元江府，元至元十三年（1276），立元江萬戶府，至元二十五年（1288）改設(shè)元江路。明洪武十五年（1382）改設(shè)元江府，永樂四年（1406）升為元江軍民府。下轄奉化州、恭順州（今墨江）、步日部、普日思么甸長官司（今普洱）等地。
清初襲明制，稱元江軍民府，轄恭順、奉化2州。順治十八年（1661）元江軍民府改為元江府。裁恭順、奉化二州，并析省屬之車里宣慰司劃入元江府。雍正七年（1729）7月，析車里宣慰司劃歸普洱府。雍正八年（1730）7月，元江府屬迤東道。雍正十年（1732）3月于他郎寨（舊恭順州地）置他郎廳，析臨安府屬之新平縣劃入元江府。雍正十三年（1735）10月，析元江府屬善政里、豬山者、鬼布林臘猛三鄉(xiāng)及上下猛面、猛松、左戛、磨鋪薩等寨往屬于普洱府。乾隆三十一年（1766）10月，元江府改屬迤南道。乾隆三十五年（1770）2月，改為元江直隸州，并析他郎廳劃歸普洱府，元江州仍屬迤南道。至清末，元江直隸州下轄新平縣。
民國2年（1913）4月，元江州改設(shè)元江縣，同年迤南道改為滇南道，元江縣屬之。民國三年（1914），滇南道改為普洱道，元江縣屬之。民國18年（1929），廢道直屬省。民國28年（1939）2月8日，云南省民政廳批準：將墨江縣插入元江的哈角、岔洞兩村劃歸元江縣，將元江縣插入墨江的哥蘭大田劃歸墨江縣。民國31年（1942），元江縣屬云南省第三行政督察區(qū)（駐建水縣）。民國37年（1948），元江縣屬云南省第六行政督察區(qū)（駐新平縣）。
1949年8月成立元江縣臨時人民政府，屬蒙自專區(qū)。1954年7月20日，云南省人民政府報告?zhèn)浒福好勺詫^(qū)的元江縣劃歸玉溪專區(qū)。1970年，玉溪專區(qū)改為玉溪地區(qū)，元江縣屬之。1979年12月26日，國務(wù)院批準：撤銷元江縣，設(shè)立元江哈尼族彝族傣族自治縣。1980年11月22日，元江哈尼族彝族傣族自治縣正式掛牌成立。1984年12月5日，國務(wù)院【國函字169號】批復(fù)：將紅河縣哈阿鄉(xiāng)梅普村劃歸元江哈尼族彝族傣族自治縣管轄。1997年12月13日，玉溪撤地設(shè)市，元江縣屬地級玉溪市。
1997年，全縣面積2858平方千米，人口約18.5萬人，哈尼、彝、傣等少數(shù)民族占74%。轄3鎮(zhèn)8鄉(xiāng)：澧江鎮(zhèn)、青龍廠鎮(zhèn)、因遠鎮(zhèn)、東峨鄉(xiāng)、龍?zhí)多l(xiāng)、羊岔街鄉(xiāng)、大水平鄉(xiāng)、洼垤鄉(xiāng)、咪哩鄉(xiāng)、羊街鄉(xiāng)、那諾鄉(xiāng)。縣政府駐澧江鎮(zhèn)。
？年，東峨撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。2000年2月25日，云政復(fù)[2000]37號撤銷同意元江縣澧江鎮(zhèn)、大水平鄉(xiāng)，合并設(shè)立澧江鎮(zhèn)。至此，全縣轄4個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)：澧江鎮(zhèn)、因遠鎮(zhèn)、青龍廠鎮(zhèn)、東峨鎮(zhèn)、羊岔街鄉(xiāng)、羊街鄉(xiāng)、那諾鄉(xiāng)、洼垤鄉(xiāng)、咪哩鄉(xiāng)、龍?zhí)多l(xiāng)。
2000年第五次人口普查，元江哈尼族彝族傣族自治縣常住總?cè)丝?99931人，其中：澧江鎮(zhèn)54790人，因遠鎮(zhèn)26666人，青龍廠鎮(zhèn)22975人，東峨鎮(zhèn)20000人，羊岔街鄉(xiāng)10799人，羊街鄉(xiāng)16601人，那諾鄉(xiāng)15689人，洼垤鄉(xiāng)10831人，咪哩鄉(xiāng)13607人，龍?zhí)多l(xiāng)7973人。
2000年末，全縣共轄澧江、因遠、東峨、青龍廠4個鎮(zhèn)，洼垤、龍?zhí)丁⒀蚪帧⒛侵Z、咪哩、羊岔街6個鄉(xiāng)和甘莊、紅河、紅光、元江4個農(nóng)場；72個村委會、1個居委會。全縣總?cè)丝?92809人，其中少數(shù)民族人口151793人，占總?cè)丝诘?8.7%。主體民族哈尼族、彝族、傣族人口分別為78119人、42721人、23689人，分別占總?cè)丝诘?0.52%、22.16%、12.29%。人口密度為每平方千米67人。
2002年10月24日，元江縣人民政府關(guān)于撤銷縣城社區(qū)村（居）委會的批復(fù)：一、同意撤銷澧江鎮(zhèn)澧江村委會。二、同意撤銷澧江鎮(zhèn)居委會。三、同意撤銷澧江鎮(zhèn)漫林村委會。四、同意調(diào)整澧江鎮(zhèn)大水平村委會的大路新寨、高坎、雙高、新村、西門村等五個村民小組。五、上述各村（居）民小組的村（居）民，按照劃定的社區(qū)地域界限由社區(qū)管理。
2006年，元江哈尼族彝族傣族自治縣總面積2858平方千米。總?cè)丝?1.09萬人。轄4個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)：澧江鎮(zhèn)、因遠鎮(zhèn)、青龍廠鎮(zhèn)、東峨鎮(zhèn)、羊岔街鄉(xiāng)、羊街鄉(xiāng)、那諾鄉(xiāng)、洼垤鄉(xiāng)、咪哩鄉(xiāng)、龍?zhí)多l(xiāng)。元江農(nóng)場、紅光農(nóng)場、紅僑農(nóng)場、甘莊農(nóng)場在縣境內(nèi)。縣政府駐澧江鎮(zhèn)。
2010年第六次人口普查，元江哈尼族彝族傣族自治縣常住總?cè)丝?17399人，其中：澧江鎮(zhèn)72853人，因遠鎮(zhèn)27853人，青龍廠鎮(zhèn)24966人，東峨鎮(zhèn)16921人，羊岔街鄉(xiāng)11718人，羊街鄉(xiāng)16888人，那諾鄉(xiāng)15095人，洼垤鄉(xiāng)10045人，咪哩鄉(xiāng)14047人，龍?zhí)多l(xiāng)7013人。
2011年，撤銷澧江鎮(zhèn)，設(shè)立澧江街道和紅河街道，原澧江鎮(zhèn)所轄澧江、江東、玉河、紅僑等4個社區(qū)和那整、龍?zhí)丁⒛蠟ⅰ⒛匣琛⒛傻?個行政村行政區(qū)域劃入新設(shè)立的澧江街道；原澧江鎮(zhèn)所轄紅河社區(qū)、鳳凰社區(qū)、大水平行政村、橋頭行政村行政區(qū)域劃入新設(shè)立的紅河街道；撤銷青龍廠鎮(zhèn)，設(shè)立甘莊街道，原青龍廠鎮(zhèn)的行政區(qū)域為甘莊街道的行政區(qū)域；撤銷東峨鎮(zhèn)、羊岔街鄉(xiāng)，設(shè)立曼來鎮(zhèn)，管轄原東峨鎮(zhèn)、羊岔街鄉(xiāng)和紅光農(nóng)場行政區(qū)域，鎮(zhèn)政府駐紅光社區(qū)。調(diào)整后，元江縣轄3個街道、2個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)：澧江街道、紅河街道、甘莊街道、因遠鎮(zhèn)、曼來鎮(zhèn)、羊街鄉(xiāng)、那諾鄉(xiāng)、洼垤鄉(xiāng)、咪哩鄉(xiāng)、龍?zhí)多l(xiāng)。縣政府駐澧江街道。