全區總面積117989.21平方千米，總人口64萬人（2008年）。轄1市6縣，即：阿勒泰市、布爾津縣、哈巴河縣、吉木乃縣、福海縣、富蘊縣、青河縣。地區行政公署駐阿勒泰市。
　　阿勒泰市總面積10852.43平方千米，總人口23萬人。轄3街道、3個鎮、7個鄉、1個民族鄉：金山路街道、解放路街道、團結路街道、北屯鎮、阿葦灘鎮、紅墩鎮、切木爾切克鄉、阿拉哈克鄉、汗德尕特蒙古族鄉、拉斯特鄉、喀拉希力克鄉、薩爾胡松鄉、巴里巴蓋鄉、切爾克齊鄉。境內有：喀拉尕什牧場、阿克吐木斯克牧場、兵團一八一團。市政府駐解放南路。
　　布爾津縣總面積10369.45平方千米，總人口7萬人。轄1個鎮、5個鄉、1個民族鄉：布爾津鎮、窩依莫克鄉、杜來提鄉、闊斯特克鄉、沖乎爾鄉、也格孜托別鄉、禾木哈納斯蒙古族鄉。縣政府駐布爾津鎮。
　　富蘊縣總面積32327平方千米，總人口9萬人。轄3個鎮、6個鄉：庫額爾齊斯鎮、可可托海鎮、恰庫爾圖鎮、吐爾洪鄉、杜熱鄉、庫爾特鄉、喀拉通克鄉、鐵買克鄉、喀拉布勒根鄉。縣政府駐庫額爾齊斯鎮。
　　福海縣總面積33319.38平方千米，總人口7萬人。轄1個鎮、5個鄉：福海鎮、解特阿熱勒鄉、科克阿尕什鄉、齊干吉迭鄉、喀拉瑪蓋鄉、阿爾達鄉。境內有：地區一農場、福海監獄、兵團一八二團、兵團一八三團、兵團一八七團、兵團一八八團。縣政府駐福海鎮。
　　哈巴河縣總面積8185.55平方千米，總人口8萬人。轄1個鎮、6個鄉：阿克齊鎮、薩爾塔木鄉、加依勒瑪鄉、庫勒拜鄉、薩爾布拉克鄉、鐵熱克提鄉、齊巴爾鄉。境內有：兵團一八五團。縣政府駐阿克齊鎮。
　　青河縣總面積15790.36平方千米，總人口6萬人。轄2個鎮、5個鄉：青河鎮、塔克什肯鎮、阿熱勒鄉、阿熱勒托別鄉、薩爾托海鄉、查干郭勒鄉、阿尕什敖包鄉。縣政府駐青河鎮。
　　吉木乃縣總面積7145.04平方千米，總人口4萬人。轄2個鎮、5個鄉：托普鐵熱克鎮、吉木乃鎮、托普鐵熱克鄉、托斯特鄉、恰勒什海鄉、喀爾交鄉、別斯鐵熱克鄉。境內有：兵團一八六團、吉木乃口岸。縣政府駐托普鐵熱克鎮。