春秋時相繼成陸。境域先后屬吳、越、楚。西漢時屬古射陽、鹽瀆縣，晉屬山陽、左鄉、鹽城縣。此后，歷朝屬山陽、鹽城縣。明初設廟灣場。清雍正九年（1731）析山陽縣東境馬邏、羊寨等圖，鹽城北境仁義、長樂諸里，合場灶及海灘新漲之地，置阜寧縣，屬淮安府。彼時阜寧地域廣闊，東臨黃海，西以蘇嘴與山陽相連，南至草堰河與鹽城接壤，北以云梯關與安東毗鄰，總面積5766.75平方千米。
民國初年，隸江蘇省淮揚道，民國21年（1932）隸江蘇省第十督察北部分地區。民國29年（1940）建立抗日民主政權，隸淮海區，民國30年（1941）隸鹽阜區。是年析縣境東北部分地區，建立阜東縣。民國31年（1942）析東南部分地區建射陽縣。民國34年（1945）隸鹽阜分區，是年12月，隸蘇皖邊區第五行政區。1949年屬鹽城專區，1970年屬鹽城地區，1983年屬鹽城市。
1996年，阜寧縣面積1438.3平方千米，人口約107.9萬人。轄12鎮13鄉：阜城鎮、永興鎮、東溝鎮、溝墩鎮、羊寨鎮、益林鎮、施莊鎮、新溝鎮、板湖鎮、古河鎮、吳灘鎮、碩集鎮、楊集鄉、陳集鄉、城北鄉、鳳谷鄉、郭墅鄉、北沙鄉、合利鄉、公興鄉、陳良鄉、三灶鄉、馬蕩水產鄉、蘆蒲鄉、羅橋鄉。縣政府駐阜城鎮。
2000月6月，經省政府批準，撤銷公興鄉，設立公興鎮；9月，經省政府批準，撤銷郭墅鄉，設立郭墅鎮。
2000年第五次人口普查，全縣（轄19個鎮、6個鄉）總人口1035035人，其中：阜城鎮66746人，城北鎮56342人，溝墩鎮65130人，吳灘鎮35365人，陳良鎮45370人，施莊鎮50541人，三灶鎮56562人，郭墅鎮40006人，新溝鎮52367人，陳集鎮54673人，羊寨鎮32240人，硬集鎮33267人，永興鎮16468人，板湖鎮48833人，東溝鎮34111人，益林鎮53142人，公興鎮32875人，揚集鎮38212人，古河鎮56120人，合利鄉24524人，北沙鄉23515人，蘆蒲鄉33237人，蒲南鄉18266人，風谷鄉28182人，羅橋鄉30821人，經濟開發區8120人。
2001年7月，永興鎮并入東溝鎮，風谷鄉并入羅橋鎮，……。2004年，全縣轄20個鎮：阜城鎮、溝墩鎮、吳灘鎮、合利鎮、陳良鎮、施莊鎮、三灶鎮、郭墅鎮、新溝鎮、陳集鎮、羊寨鎮、蘆蒲鎮、碩集鎮、板湖鎮、東溝鎮、益林鎮、公興鎮、楊集鎮、古河鎮、羅橋鎮。
2004年末，全縣總人口106.67萬人。轄20個鎮。阜城鎮面積59.76平方千米，人口181369人。溝墩鎮面積110.60平方千米，人口61761人。吳灘鎮面積59.01平方千米，人口35173人。合利鎮面積38.00平方千米，人口24536人。陳良鎮面積67.73平方千米，人口42515人。施莊鎮面積63.19平方千米，人口44712人。三灶鎮面積90.07平方千米，人口52893人。郭墅鎮面積60.70平方千米，人口39498人。新溝鎮面積74.75平方千米，人口47886人。陳集鎮面積85.53平方千米，人口53866人。羊寨鎮面積91.38平方千米，人口57243人。蘆蒲鎮面積71.41平方千米，人口51235人。碩集鎮面積47.23平方千米，人口32357人。板湖鎮面積68.81平方千米，人口48362人。東溝鎮面積65.01平方千米，人口51861人。益林鎮面積42.50平方千米，人口55439人。公興鎮面積57.32平方千米，人口32580人。楊集鎮面積67.75平方千米，人口38210人。古河鎮面積86.12平方千米，人口55746人。羅橋鎮面積88.49平方千米，人口59408人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）
2007年末，阜城鎮59.76k㎡200934人，溝墩鎮111.66k㎡61444人，吳灘鎮60.46k㎡35520人，合利鎮37.84k㎡24574人，陳良鎮67.52k㎡41836人，施莊鎮50.77k㎡39141人，三灶鎮91.20k㎡53340人，郭墅鎮56.82k㎡31169人，新溝鎮77.42k㎡48459人，陳集鎮88.77k㎡52600人，羊寨鎮94.20k㎡58151人，蘆蒲鎮86.53k㎡50319人，碩集鎮47.13k㎡31810人，板湖鎮69.06k㎡47532人，東溝鎮65.48k㎡51690人，益林鎮42.56k㎡55877人，公興鎮57.77k㎡32452人，楊集鎮66.62k㎡38326人，古河鎮89.79k㎡56147人，羅橋鎮88.10k㎡59299人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）
2009年末，阜寧縣總面積1439平方千米、總人口35.46萬戶109.40萬人。其中：阜城鎮面積59.76平方千米、人口212769人，溝墩鎮面積111.66平方千米、人口62124人，吳灘鎮面積52.46平方千米、人口30543人，合利鎮面積37.84平方千米、人口25059人，陳良鎮面積67.52平方千米、人口41892人，施莊鎮面積50.77平方千米、人口40438人，三灶鎮面積91.2平方千米、人口53963人，郭墅鎮面積56.82平方千米、人口31882人，新溝鎮面積77.42平方千米、人口49446人，陳集鎮面積88.77平方千米、人口53438人，羊寨鎮面積94.20平方千米、人口57206人，蘆蒲鎮面積86.73平方千米、人口50242人，碩集鎮面積47.13平方千米、人口31519人，板湖鎮面積69.06平方千米、人口47497人，東溝鎮面積65.48平方千米、人口51839人，益林鎮面積42.56平方千米、人口56274人，公興鎮面積57.07平方千米、人口32389人，楊集鎮面積66.62平方千米、人口38390人，古河鎮面積89.79平方千米、人口56772人，羅橋鎮面積88.10平方千米、人口59393人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）
2009年11月，阜寧縣進行鎮區行政區劃調整：撤銷施莊鎮、吳灘鎮、合利鎮，將其原轄區域并入阜城鎮；轍銷碩集鎮、公興鎮，將其原轄區域并入東溝鎮；撤銷楊集鎮，將其原轄區域并入益林鎮；郭墅鎮與澳洋工業園合并，實行鎮園合一。調整后，全縣轄14個鎮：阜城鎮、溝墩鎮、陳良鎮、三灶鎮、郭墅鎮、新溝鎮、陳集鎮、羊寨鎮、蘆蒲鎮、板湖鎮、東溝鎮、益林鎮、古河鎮、羅橋鎮。