1949年2月以原合肥縣東部地區置肥東縣。因在合肥之東，故名。曾屬滁縣、蚌埠、巢湖等專區（地區），1983年7月屬合肥市。

1996年，肥東縣面積2222平方千米，人口約106.2萬人。轄11鎮24鄉（其中1個少數民族鄉）：店埠鎮、撮鎮鎮、古城鎮、梁園鎮、石塘鎮、八斗鎮、白龍鎮、元疃鎮、橋頭集鎮、西山驛鎮、長臨河鎮、王鐵鄉、眾興鄉、解集鄉、高亮鄉、路口鄉、草廟鄉、張集鄉、護城鄉、費集鄉、青龍鄉、楊店鄉、響導鄉、陳集鄉、馬湖鄉、廣興鄉、三十埠鄉、湖濱鄉、楊塘鄉、王城鄉、龍塘鄉、復興鄉、長樂鄉、富旺鄉、牌坊回族滿族鄉。縣府駐店埠鎮。

1997年，將肥東縣青龍鄉官塘村的長郢、團郢、小柿園和方塘村的蘇莊4個自然村劃歸長豐縣造甲鄉管轄。

1998年，肥東縣面積2222平方千米，人口密度489人/平方千米。轄12個鎮、24個鄉：店埠鎮、撮鎮鎮、梁園鎮、橋頭集鎮、長臨河鎮、西山驛鎮、石塘鎮、古城鎮、八斗鎮、元疃鎮、白龍鎮、龍崗鎮、復興鄉、湖濱鄉、長樂鄉、龍塘鄉、磨店鄉、眾興鄉、王鐵鄉、解集鄉、高亮鄉、護城鄉、路口鄉、張集鄉、草廟鄉、楊塘鄉、馬湖鄉、陳集鄉、廣興鄉、響導鄉、楊店鄉、富旺鄉、王城鄉、青龍鄉、費集鄉、民族鄉，共有26個居委會、717個村委會。

2000年第五次人口普查，肥東縣常住總人口1006886人，其中（13個鎮、24個鄉）：店埠鎮105569人，撮鎮鎮38120人，梁園鎮35562人，橋頭集鎮32010人，長臨河鎮26382人，西山驛鎮34217人，石塘鎮34907人，古城鎮13879人，八斗鎮30232人，元疃鎮27457人，白龍鎮35308人，龍崗鎮23550人，六家畈鎮16981人，復興鄉23020人，長樂鄉22406人，龍塘鄉18735人，磨店鄉23265人，眾興鄉29565人，王鐵鄉25352人，解集鄉30529人，高亮鄉22478人，護城鄉17838人，路口鄉18511人，張集鄉27961人，草廟鄉21651人，楊塘鄉27176人，馬湖鄉24904人，陳集鄉25591人，廣興鄉9876人，響導鄉32819人，楊店鄉30977人，富旺鄉18679人，王城鄉17501人，青龍鄉20992人，費集鄉12744人，牌坊回族滿族鄉14581人，龍山鄉14271人，龍崗開發區21290人。

2002年，肥東縣轄13個鎮、23個鄉、1個民族鄉：店埠鎮、撮鎮鎮、梁園鎮、橋頭集鎮、長臨河鎮、西山驛鎮、石塘鎮、古城鎮、八斗鎮、元疃鎮、白龍鎮、龍崗鎮、六家畈鎮；復興鄉、長樂鄉、龍塘鄉、磨店鄉、眾興鄉、王鐵鄉、解集鄉、高亮鄉、護城鄉、路口鄉、張集鄉、草廟鄉、楊塘鄉、馬湖鄉、陳集鄉、廣興鄉、響導鄉、楊店鄉、富旺鄉、王城鄉、青龍鄉、費集鄉、龍山鄉、牌坊回族滿族鄉。同年，將肥東縣的磨店鄉劃歸合肥市瑤海區管轄；將肥東縣龍崗鎮所轄的三合、劉大郢、油坊、大彭、羅崗、馬崗、王崗、史城8個村和新站、大店2個居委會劃歸瑤海區大興鎮管轄。【注：實施交接的過程中，鑒于位于移交區域的龍崗開發區對肥東縣經濟的重要影響，根據肥東縣委、縣政府的請求，經市委、市政府協調，將羅崗、馬崗、王崗、史城4個村及新站居委會暫緩移交瑤海區管轄，4村1居仍由肥東縣管轄；2009年11月，龍崗開發區正式劃歸瑤海區管轄】

2003年，肥東縣轄13個鎮、22個鄉、1個民族鄉：店埠鎮、撮鎮鎮、梁園鎮、橋頭集鎮、長臨河鎮、西山驛鎮、石塘鎮、古城鎮、八斗鎮、元疃鎮、白龍鎮、龍崗鎮、六家畈鎮；復興鄉、長樂鄉、龍塘鄉、眾興鄉、王鐵鄉、解集鄉、高亮鄉、護城鄉、路口鄉、張集鄉、草廟鄉、楊塘鄉、馬湖鄉、陳集鄉、廣興鄉、響導鄉、楊店鄉、富旺鄉、王城鄉、青龍鄉、費集鄉、龍山鄉、牌坊回族滿族鄉。

2004年底，肥東縣面積2211平方千米，人口106.7萬人，轄14個鎮、22個鄉、2個開發區：店埠鎮、龍崗鎮、撮鎮鎮、龍塘鎮、橋頭集鎮、古城鎮、元疃鎮、護城鄉、響導鄉、六家畈鎮、西山驛鎮、長臨河鎮、八斗鎮、梁園鎮、白龍鎮、石塘鎮、龍山鄉、青龍鄉、王城鄉、富旺鄉、馬湖鄉、眾興鄉、陳集鄉、楊店鄉、草廟鄉、楊塘鄉、高亮鄉、張集鄉、廣興鄉、解集鄉、費集鄉、路口鄉、牌坊回族滿族鄉、王鐵鄉、復興鄉、長樂鄉。店埠鎮常住人口12萬人左右，加上流動人口等達15萬多人。

2005年底，肥東縣面積2211平方千米，人口106.4萬人，轄14個鎮、21個鄉、1個民族鄉、2個開發區：店埠鎮、撮鎮鎮、梁園鎮、橋頭集鎮、長臨河鎮、西山驛鎮、石塘鎮、古城鎮、八斗鎮、元疃鎮、白龍鎮、龍崗鎮、六家畈鎮、龍塘鎮、復興鄉、長樂鄉、眾興鄉、王鐵鄉、解集鄉、高亮鄉、護城鄉、路口鄉、張集鄉、草廟鄉、楊塘鄉、馬湖鄉、陳集鄉、廣興鄉、響導鄉、楊店鄉、富旺鄉、王城鄉、青龍鄉、費集鄉、牌坊回族滿族鄉、龍山鄉。

2006年9月28日，安徽省民政廳《關于同意肥東縣鄉鎮行政區劃調整的批復》同意肥東縣將36個鄉鎮調整為18個鄉鎮。具體為：（1）撤銷西山驛、龍崗、六家畈、龍塘、王鐵、高亮、長樂、解集、楊塘、復興、草廟、青龍、路口、富旺、王城、護城、龍山、費集、廣興等19個鄉（鎮）。（2）調整店埠、撮鎮、梁園、八斗、白龍、古城、石塘、橋頭集、長臨河、牌坊回族滿族鄉等10個鄉（鎮）的行政區域。將西山驛鎮、龍崗鎮整建制并入店埠鎮；將龍塘鎮、長樂鄉整建制并入撮鎮鎮；將護城鄉、路口鄉整建制并入梁園鎮；將王城鄉、富旺鄉整建制并入八斗鎮；將青龍鄉、費集鄉整建制并入白龍鎮；將廣興鄉、楊塘鄉、龍山鄉整建制并入古城鎮；將王鐵鄉整建制并入石塘鎮；將復興鄉整建制并入橋頭集鎮；將長臨河鎮、六家畈鎮合并，設立新的長臨河鎮；將草廟鄉整建制并入牌坊回族滿族鄉。（3）元疃、響導、楊店、眾興、張集、馬湖、陳集等7個鄉（鎮）原建制不變。（4）新設立包公鎮。將原解集鄉、高亮鄉整建制合并，設立包公鎮。2006年底，全縣面積2211平方千米，人口108.7萬人，轄18個鄉鎮、2個開發區。

2008年末，全縣戶籍人口110.9萬人。其中非農業人口14.3萬人。轄11個鎮、6個鄉、1個民族鄉：店埠鎮、撮鎮鎮、梁園鎮、橋頭集鎮、長臨河鎮、石塘鎮、古城鎮、八斗鎮、元疃鎮、白龍鎮、包公鎮、眾興鄉、張集鄉、馬湖鄉、陳集鄉、響導鄉、楊店鄉、牌坊回族滿族鄉。

2010年第六次人口普查，肥東縣常住總人口861960人，其中：店埠鎮225808人，撮鎮鎮87613人，梁園鎮56131人，橋頭集鎮34447人，長臨河鎮28706人，石塘鎮41356人，古城鎮44639人，八斗鎮48049人，元疃鎮18563人，白龍鎮49374人，包公鎮38889人，眾興鄉16671人，張集鄉21593人，馬湖鄉17142人，陳集鄉18399人，響導鄉23375人，楊店鄉21685人，牌坊回族滿族鄉29748人，肥東新城開發區28472人，合肥循環經濟示范園11300人。

2011年3月，撤銷陳集鄉，設立陳集鎮。調整后，全縣轄12個鎮、5個鄉、1個民族鄉：店埠鎮、撮鎮鎮、梁園鎮、橋頭集鎮、長臨河鎮、石塘鎮、古城鎮、八斗鎮、元疃鎮、白龍鎮、包公鎮、陳集鎮、眾興鄉、張集鄉、馬湖鄉、響導鄉、楊店鄉、牌坊回族滿族鄉。