春秋時為古嘏國地。東漢永元三年設(shè)置漢昌縣。齊置巴州，明為巴縣，地居三巴之中，有中巴之號，故名。巴江源出大巴山，經(jīng)縣東南。一說巴江（今南江）環(huán)繞，縣在其中，故名。或謂取古巴國為名。民國二年改州為巴中縣，1993年7月撤縣設(shè)市。
1996年，巴中市面積2562平方千米，人口118萬人。轄21鎮(zhèn)47鄉(xiāng)：巴州鎮(zhèn)、清江鎮(zhèn)、水寧寺鎮(zhèn)、興文鎮(zhèn)、曾口鎮(zhèn)、梁永鎮(zhèn)、鼎山鎮(zhèn)、大羅鎮(zhèn)、玉山鎮(zhèn)、茶壩鎮(zhèn)、觀音井鎮(zhèn)、花叢鎮(zhèn)、柳林鎮(zhèn)、下八廟鎮(zhèn)、漁溪鎮(zhèn)、青木鎮(zhèn)、三河場鎮(zhèn)、恩陽鎮(zhèn)、化成鎮(zhèn)、三匯鎮(zhèn)、上八廟鎮(zhèn)、光輝鄉(xiāng)、花溪鄉(xiāng)、大和鄉(xiāng)、中興鄉(xiāng)、白廟鄉(xiāng)、關(guān)渡鄉(xiāng)、三江鄉(xiāng)、金碑鄉(xiāng)、店子鄉(xiāng)、甘泉鄉(xiāng)、白云鄉(xiāng)、果敢鄉(xiāng)、獨柏鄉(xiāng)、羊鳳鄉(xiāng)、關(guān)公鄉(xiāng)、舞鳳鄉(xiāng)、雙勝鄉(xiāng)、群樂鄉(xiāng)、萬安鄉(xiāng)、樂豐鄉(xiāng)、來龍鄉(xiāng)、鎮(zhèn)廟鄉(xiāng)、尹家鄉(xiāng)、磨子鄉(xiāng)、和平場鄉(xiāng)、九鎮(zhèn)鄉(xiāng)、石城鄉(xiāng)、興隆場鄉(xiāng)、明揚鄉(xiāng)、平梁鄉(xiāng)、東興場鄉(xiāng)、福星鄉(xiāng)、青山鄉(xiāng)、棗林鄉(xiāng)、凌云鄉(xiāng)、寺嶺鄉(xiāng)、南陽鄉(xiāng)、柳崗鄉(xiāng)、梓童廟鄉(xiāng)、玉井鄉(xiāng)、義興鄉(xiāng)、鳳溪鄉(xiāng)、龍背鄉(xiāng)、雙鳳鄉(xiāng)、三星鄉(xiāng)、同樂鄉(xiāng)、天官鄉(xiāng)。市政府駐巴州鎮(zhèn)。
2000年6月14日，國務(wù)院批準同意撤銷巴中地區(qū)和縣級巴中市，設(shè)立地級巴中市。市政府駐新設(shè)立的巴州區(qū)。巴中市設(shè)立巴州區(qū)，以原縣級巴中市的行政區(qū)域為巴州區(qū)的行政區(qū)域。區(qū)政府駐巴州鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，巴州區(qū)總?cè)丝?185862人，其中（21個鎮(zhèn)、55個鄉(xiāng)）：巴州鎮(zhèn)146684人，清江鎮(zhèn)21620人，興文鎮(zhèn)21056人，水寧寺鎮(zhèn)21944人，恩陽鎮(zhèn)46282人，曾口鎮(zhèn)17471人，梁永鎮(zhèn)22772人，漁溪鎮(zhèn)15862人，三河場鎮(zhèn)15194人，青木鎮(zhèn)20452人，鼎山鎮(zhèn)16541人，大羅鎮(zhèn)16995人，玉山鎮(zhèn)15318人，茶壩鎮(zhèn)19483人，觀音井鎮(zhèn)11101人，花叢鎮(zhèn)20230人，柳林鎮(zhèn)18636人，下八廟鎮(zhèn)12719人，化成鎮(zhèn)17434人，三匯鎮(zhèn)15219人，上八廟鎮(zhèn)17429人，玉堂鄉(xiāng)11730人，光輝鄉(xiāng)14903人，花溪鄉(xiāng)12857人，大和鄉(xiāng)12074人，中興鄉(xiāng)11988人，白廟鄉(xiāng)9177人，關(guān)渡鄉(xiāng)9023人，奇章鄉(xiāng)11322人，三江鄉(xiāng)17979人，白云鄉(xiāng)8840人，金碑鄉(xiāng)11429人，店子鄉(xiāng)11211人，甘泉鄉(xiāng)11186人，蘆山鄉(xiāng)8359人，果敢鄉(xiāng)12719人，羊風鄉(xiāng)11813人，風溪鄉(xiāng)17495人，龍背鄉(xiāng)9020人，獨柏鄉(xiāng)5855人，三星鄉(xiāng)12060人，同樂鄉(xiāng)9251人，天官鄉(xiāng)9930人，關(guān)公鄉(xiāng)13178人，舞鳳鄉(xiāng)7767人，雙鳳鄉(xiāng)11099人，金山鄉(xiāng)8013人，雙勝鄉(xiāng)18682人，群樂鄉(xiāng)14774人，萬安鄉(xiāng)13964人，樂豐鄉(xiāng)11702人，來龍鄉(xiāng)13620人，鎮(zhèn)廟鄉(xiāng)15262人，尹家鄉(xiāng)12004人，磨子鄉(xiāng)8999人，和平場鄉(xiāng)10833人，九鎮(zhèn)鄉(xiāng)11920人，酒店鄉(xiāng)12765人，明揚鄉(xiāng)13373人，興隆場鄉(xiāng)16742人，石城鄉(xiāng)18358人，司城鄉(xiāng)13876人，福星鄉(xiāng)10532人，青山鄉(xiāng)11411人，棗林鄉(xiāng)15884人，平粱鄉(xiāng)13686人，東興場鄉(xiāng)10846人，凌云鄉(xiāng)10596人，寺嶺鄉(xiāng)6928人，南陽鄉(xiāng)4661人，柳崗鄉(xiāng)7552人，石門鄉(xiāng)8348人，金光鄉(xiāng)9524人，梓桐廟鄉(xiāng)7843人，玉井鄉(xiāng)10176人，義興鄉(xiāng)13131人，江北管蠶會17150人。
2004年，巴州區(qū)轄巴州、清江、曾口、漁溪、恩陽、化成、梁永、鼎山、大羅、玉山、茶壩、花叢、柳林、青木、三匯、興文、三江、棗林、水寧寺、觀音井、下八廟、三河場、上八廟23個鎮(zhèn)和石城、光輝、花溪、中興、白廟、關(guān)渡、金碑、店子、甘泉、果敢、羊鳳、三星、同樂、天官、鳳溪、龍背、關(guān)公、來龍、鎮(zhèn)廟、尹家、雙勝、群樂、萬安、大和、福星、青山、凌云、寺嶺、南陽、柳崗、玉井、獨柏、樂豐、九鎮(zhèn)、磨子、雙鳳、明揚、舞鳳、玉堂、奇章、蘆山、金山、酒店、司城、金光、石門、義興、平梁、白云、興隆場、和平場、梓橦廟、東興場53個鄉(xiāng)。
2005年3月25日，省政府（川府民政[2005]4號）批復：撤銷清江、曾口、鼎山、玉山、茶壩、花叢、漁溪、恩陽、平梁、化成、雪山11個片區(qū)工委辦事處及巴州鎮(zhèn)東城、西城、宕梁、江北、城守5個辦事處，玉堂、奇章、中興、白云、甘泉、店子、蘆山、果敢、金山、獨柏、同樂、天官、雙鳳、樂豐、鎮(zhèn)廟、來龍、磨子、和平場、酒店、司城、明揚、青山、福星、東興場、金光、柳崗、石門、南陽28個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。將巴州鎮(zhèn)所轄的大東等13個社區(qū)和西華等10個行政村劃出設(shè)立4個街道；巴州鎮(zhèn)所轄剩余部分行政區(qū)域以及原石門、白云和玉堂3個鄉(xiāng)；將原奇章、中興2個鄉(xiāng)并入清江鎮(zhèn)；將原店子、蘆山、甘泉3個鄉(xiāng)并入曾口鎮(zhèn)；將原獨柏鄉(xiāng)并入梁永鎮(zhèn)；將原果敢鄉(xiāng)并入鼎山鎮(zhèn)；將原同樂、金山、雙鳳3個鄉(xiāng)并入玉山鎮(zhèn)；將原天官鄉(xiāng)并入關(guān)公鄉(xiāng)；將原樂豐鄉(xiāng)并入觀音井鎮(zhèn)；將原鎮(zhèn)廟鄉(xiāng)并入花叢鎮(zhèn)；將原來龍鄉(xiāng)并入柳林鎮(zhèn)；將原磨子鄉(xiāng)并入下八廟鎮(zhèn)；將原和平場、酒店2個鄉(xiāng)并入漁溪鎮(zhèn)；將原明揚、司城2個鄉(xiāng)并入恩陽鎮(zhèn)；將原青山、福星、東興場3個鄉(xiāng)并入平梁鄉(xiāng)；將原金光鄉(xiāng)并入化成鎮(zhèn)；將南陽鄉(xiāng)并入寺嶺鄉(xiāng)；將原柳崗鄉(xiāng)并入梓橦廟鄉(xiāng)。