2006年，瓊山區轄1個街道、8個鎮：國興街道、府城鎮、龍塘鎮、云龍鎮、紅旗鎮、三門坡鎮、大坡鎮、甲子鎮、舊州鎮。共有18個社區、72個行政村。
　　國興街道　轄4個社區：巴倫社區、攀丹社區、米鋪社區、道客社區。
　　府城鎮　轄10個社區、6個行政村：府城社區、城東社區、忠介社區、云露社區、文莊社區、下坎社區、桂林社區、高登社區、大園社區、北官社區、那央村、五岳村、鐵橋村、儒逢村、紅星村、石塔村。
　　龍塘鎮　轄1個社區、10個行政村：龍塘社區、三橋村、龍富村、仁三村、潭口村、龍光村、新民村、龍新村、文道村、三聯村、仁莊村。
　　云龍鎮　轄1個社區、7個行政村：南區社區、儒林村、云龍村、長泰村、云閣村、云蛟村、云裕村、云嶺村。
　　紅旗鎮　轄1個社區、10個行政村：土橋社區、昌文村、大山村、龍榜村、合群村、道崇村、蘇尋三村、龍源村、龍發村、墨橋村、紅旗村。
　　三門坡鎮　轄1個社區、10個行政村：慶豐社區、新德村、文嶺村、美城村、龍馬村、譚文村、谷橋村、文蛟村、清泉村、友愛村、樂來村。
　　大坡鎮　轄5個行政村：大坡村、新瑞村、中稅村、福昌村、樹德村。
　　甲子鎮　轄14個行政村：甲子村、紅嶺村、群星村、昌西村、青云村、民昌村、瓊新村、瓊星村、益民村、仙民村、益新村、大同村、民興村、新昌村。
　　舊州鎮　轄10個行政村：舊州村、嶺南村、紅衛村、文新村、雅秀村、道美村、聯豐村、聯星村、池連村、光明村。
　　國營紅明農場、國營東昌農場、省嶺腳熱帶作物場、省長昌煤礦　　（根據《海南省行政區劃代碼（2006年4月）》整理）