曹縣因曹叔所封之地，故名。據《史記》：周武王封曹叔振鐸于曹。周為曹國，北齊置曹州。明洪武二年（1369年），曹州州治因水患遷盤（磐）石鎮（今縣城），四年降州為縣，始有曹縣之名。1949年8月，齊（賓縣）曹（縣）合并。1948年8月至1952年11月隸屬平原省，1952年11月歸屬山東省。1956年3月復程縣1—5區并入曹縣。
1988年11月24日，撤銷城郊、侯集、青堌集、魏灣、孫老家、閻店樓、梁堤頭、普連集、韓集、莊寨10個區；撤銷東李集鄉，將其行政區域分別劃歸曹城鎮、侯集鎮、孫老家鎮和王集鄉；撤銷溫莊鄉，將其行政區域分別劃歸曹城鎮、普連集鎮和莘冢集鄉；撤銷王呂集鄉，將其行政區域分別劃歸魏灣鎮、倪集鄉和鄭莊鄉；撤銷劉崗鄉，將其行政區域分別劃歸韓集鎮和桃源鄉；撤銷王莊寨鄉，將其行政區域分別劃歸普連集鎮、青崗集鄉和莘冢集鄉；撤銷秦莊鄉，將其行政區域分別劃歸古營集鄉和安仁集鄉；撤銷孟樓鄉，將其行政區域并入蘇集鎮；撤銷袁辛樓鄉，將其行政區域分別劃歸青堌集鎮、龔樓鄉和安蔡樓鄉；撤銷紅廟莊鄉，將其行政區域分別劃歸青堌集鎮、蘇集鎮和龔樓鄉；撤銷祝口鄉，將其行政區域并入梁堤頭鎮；撤銷北青山鄉，將其行政區域分別劃歸鄭莊鄉和邵莊鄉；撤銷魏莊寨鄉，將其行政區域分別劃歸閻店樓鎮、鄭莊鄉和大集鄉；撤銷火神臺鄉，將其行政區域分別劃歸閻店樓鎮、安蔡樓鄉、仵樓鄉和大集鄉；撤銷望魯集鄉，將其行政區域分別劃歸青堌集鎮、安蔡樓鄉和仵樓鄉；撤銷仲堤圈鄉，將其行政區域分別劃歸閻店樓鎮、朱洪廟鄉和邵莊鄉；撤銷劉尚玉鄉，將其行政區域分別劃歸魏灣鎮、樓莊鄉和常樂集鄉；撤銷西田集鄉，將其行政區域分別劃歸磚廟鎮、魏灣鎮和常樂集鄉；撤銷白茅鄉，將其行政區域分別劃歸莊寨鎮、桃源集鄉和大寨集鄉。
1996年，曹縣面積1974平方千米，人口136萬人。轄12鎮19鄉：曹城鎮、莊寨鎮、韓集鎮、磚廟鎮、魏灣鎮、普連集鎮、 侯集回族鎮、蘇集鎮、孫老家鎮、閻店樓鎮、梁堤頭鎮、青堌集鎮、莘冢集鄉、倪集鄉、鄭莊鄉、桃源集鄉、大寨集鄉、常樂集鄉、申樓鄉、樓莊鄉、青崗集鄉、古營集鄉、安仁集鄉、王集鄉、龔樓鄉、安蔡樓鄉、大集鄉、邵莊鄉、朱洪廟鄉、仵樓鄉、南李集鄉。縣政府駐曹城鎮。
1996年12月29日，撤銷古營集鄉、桃源集鄉，設立古營集鎮、桃源集鎮（魯政函民字[1996]67號）。1999年12月22日，撤銷邵莊鄉，設立邵莊鎮（魯政函民字[1999]37號）。2000年6月21日，撤銷安蔡樓鄉，設立安蔡樓鎮（魯政函民字[2000]50號）。至此，曹縣轄16個鎮、15個鄉。
2000年第五次人口普查，曹縣常住總人口1335422人，其中：曹城鎮127500人，莊寨鎮56329人，桃源集鎮41351人，韓集鎮43437人，磚廟鎮32749人，古營集鎮46211人，普連集鎮52901人，魏灣鎮60535人，侯集回族鎮36304人，蘇集鎮44594人，孫老家鎮45025人，閻店樓鎮51557人，邵莊鎮49783人，青堌集鎮51535人，梁堤頭鎮39173人，安蔡樓鎮53843人，申樓鄉25498人，青崗集鄉33601人，常樂集鄉39884人，大寨集鄉19811人，莘冢集鄉30441人，安仁集鄉26670人，倪集鄉44561人，樓莊鄉31800人，王集鄉31155人，鄭莊鄉55027人，龔樓鄉29604人，大集鄉37552人，朱洪廟鄉30523人，南李集鄉33305人，仵樓鄉33163人。
2001年，撤銷莘冢集鄉并入普連集鎮，撤銷南李集鄉并入青堌集鎮，撤銷大寨集鄉并入桃源集鎮，撤銷安仁集鄉并入古營集鎮，撤銷龔樓鄉并入蘇集鎮，撤銷申樓鄉并入青崗集鄉。調整后，曹縣轄16個鎮、9個鄉：曹城鎮、磚廟鎮、韓集鎮、桃源集鎮、莊寨鎮、位灣鎮、邵莊鎮、梁堤頭鎮、閻店樓鎮、安蔡樓鎮、青堌集鎮、蘇集鎮、普連集鎮、古營集鎮、孫老家鎮、侯集回族鎮、王集鄉、鄭莊鄉、倪集鄉、大義集鄉、樓莊鄉、常樂集鄉、朱興廟鄉、仵樓鄉、青崗集鄉。
2002年5月14日，省政府批復同意：撤銷王集鄉，設立王集鎮，其行政區域和人民政府駐地不變。調整后，全縣轄17個鎮、8個鄉：曹城鎮、莊寨鎮、普連集鎮、青堌集鎮、桃源集鎮、韓集鎮、磚廟鎮、古營集鎮、位灣鎮、侯集回族鎮、蘇集鎮、孫老家鎮、閻店樓鎮、梁堤頭鎮、安蔡樓鎮、邵莊鎮、王集鎮、青崗集鄉、常樂集鄉、倪集鄉、樓莊鄉、鄭莊鄉、大集鄉、朱洪廟鄉、仵樓鄉。
2006年12月，撤銷曹城鎮，設立曹城、磐石、青菏3個街道；同時將倪集鄉八里廟等3個行政村劃歸曹城街道管轄；將普連集鎮張泗莊等43個行政村和倪集鄉袁樓等3個行政村劃歸青菏街道管轄。2006年末，全縣總面積1974平方千米，總人口144.6萬人，其中城鎮人口28.60萬人，少數民族3.62萬人。
2010年，撤銷青崗集鄉、鄭莊鄉，設立青崗集鎮、鄭莊鎮。2011年10月9日，經省政府批復同意：撤銷倪集鄉，以其原行政區域設立倪集鎮，鎮政府駐倪集村。調整后，全縣轄3個街道、19個鎮、5個鄉：曹城街道、磐石街道、青菏街道、莊寨鎮、普連集鎮、青堌集鎮、桃源集鎮、韓集鎮、磚廟鎮、古營集鎮、位灣鎮、侯集回族鎮、蘇集鎮、孫老家鎮、閻店樓鎮、梁堤頭鎮、安蔡樓鎮、邵莊鎮、王集鎮、青崗集鎮、鄭莊鎮、倪集鎮、常樂集鄉、樓莊鄉、大集鄉、朱洪廟鄉、仵樓鄉。縣政府駐曹城街道城隍廟后街。
2010年第六次人口普查，曹縣常住總人口1365675人，其中：城關街道88001人，磐石街道89295人，青菏辦事處62860人，莊寨鎮68544人，普連集鎮33914人，青固集鎮84437人，桃源集鎮68842人，韓集鎮48622人，磚廟鎮32359人，古營集鎮72807人，魏灣鎮59661人，侯集回族鎮34698人，蘇集鎮68498人，孫老家鎮44338人，閻店樓鎮48146人，梁堤頭鎮38240人，安才樓鎮50254人，邵莊鎮47120人，王集鎮28718人，青崗集鎮45875人，鄭莊鎮50728人，常樂集鄉37712人，倪集鎮37888人，樓莊鄉33528人，大集鄉35190人，朱洪廟鄉25897人，忤樓鄉29503人。
2013年12月，《山東省人民政府關于同意調整曹縣部分行政區劃的批復》（魯政函民字[2013]40號）同意：撤銷常樂集鄉，以其原行政區域設立常樂集鎮，鎮政府駐原鄉政府駐地；撤銷鄭莊鎮，以其原行政區域設立鄭莊街道辦事處，辦事處機關駐原鎮政府駐地；撤銷倪集鎮，以其原行政區域設立倪集街道辦事處，辦事處機關駐原鎮政府駐地。將青菏街道辦事處鐘口、趙菜園、前尹樓、后尹樓、李樓寨、寇集、徐集、晏莊、張堂、任莊10個行政村劃歸普連集鎮管轄；將磐石街道辦事處的盧寨、張崗、前武新莊3個行政村劃歸青菏街道辦事處管轄；磐石街道辦事處的孫樓村劃歸孫老家鎮管轄。調整后，全縣轄5個街道、18個鎮、4個鄉：曹城街道、磐石街道、青菏街道、鄭莊街道、倪集街道、莊寨鎮、普連集鎮、青堌集鎮、桃源集鎮、韓集鎮、磚廟鎮、古營集鎮、位灣鎮、侯集回族鎮、蘇集鎮、孫老家鎮、閻店樓鎮、梁堤頭鎮、安蔡樓鎮、邵莊鎮、王集鎮、青崗集鎮、常樂集鎮、樓莊鄉、大集鄉、朱洪廟鄉、仵樓鄉。