1996年4月22日，國務院批準（國函[1996]29號）同意調整長沙市行政區劃；行政區劃調整后，雨花區轄原南區的左家塘、候家塘、井灣子、圭塘、南大路5個街道辦事處，原郊區的的黎托、洞井、雨花亭3個鄉，區人民政府駐人民路4號。

1996年6月19日，長沙市人民政府《關于調整市轄區行政區劃的通知》：雨花區轄原南區左家塘、候家塘、井灣子、圭搪4個街道辦事處，原郊區黎托、洞井、雨花亭3個鄉（不含石人、新開、漁場3個村）和馬王堆鄉的五一、火焰、友誼、高橋4個村。區人民政府駐人民路4號。行政區域四至范圍：東面以黎托鄉與長沙縣聚梨鎮、黃興鎮、跳馬鄉鄉界為界；南面以洞井鄉與長沙縣跳馬鄉、暮云鎮鄉界為界，西面以芙蓉路（識字嶺起）至新中路、韶山路、中意路至洞井鄉與大托鄉鄉界為界，與天心區接壤；北面以人民路（識字嶺起）至花橋及瀏陽河為界，與芙蓉區毗鄰。

2000年第五次人口普查，雨花區總人口502388人，其中（7個街道、1個鎮、1個鄉）：侯家塘街道53679人，左家塘街道102766人，奎塘街道34345人，砂子塘街道57762人，東塘街道42690人，雨花亭街道111933人，高橋街道38576人，洞井鎮32373人，黎托鄉28264人。

2005年底，雨花區轄8個街道、1個鎮、1個鄉：侯家塘街道、左家塘街道、圭塘街道、砂子塘街道、東塘街道、雨花亭街道、高橋街道、井灣子街道、洞井鎮、黎托鄉。區政府駐人民路4號。

2010年，經省民政廳和長沙市政府批準，雨花區撤銷洞井鎮、黎托鄉，設立洞井街道、黎托街道。12月31日，洞井、黎托2個街道辦事處正式掛牌成立。至此，雨花區轄9個街道：侯家塘街道、左家塘街道、圭塘街道、砂子塘街道、東塘街道、雨花亭街道、高橋街道、洞井街道、黎托街道。

2011年，將洞井街道析置為洞井、同升兩個街道，將黎托街道析置為黎托、東山兩個街道；同時啟用原與雨花亭街道合署辦公的井灣子街道，將雨花亭街道拆分為雨花亭、井灣子兩個街道（2012年元旦，三個新成立的街道辦事處掛牌成立）。

2011年末，雨花區轄12個街道：侯家塘街道、左家塘街道、圭塘街道、砂子塘街道、東塘街道、雨花亭街道、高橋街道、洞井街道、黎托街道、井灣子街道、同升街道、東山街道。區政府駐圭塘街道萬家麗路。

2015年，省民政廳（湘民行發[2015]1號）批復同意將長沙縣跳馬鎮調入到長沙市雨花區。調整后，雨花區轄雨花亭、左家塘、侯家塘、東塘、砂子塘、高橋、圭塘、井灣子、洞井、黎托、同升、東山12個街道和跳馬1個鎮。總面積304.9平方千米，總人口76.47萬人，區政府駐地不變（圭塘街道）。1月14日，長沙市政府下發通知，將長沙縣的跳馬鎮正式劃入長沙市雨花區。