春秋戰國時期屬越國地；秦時屬閩中郡；漢武帝至三國時屬會稽郡、建安郡；晉時屬晉安郡；南北朝時為梁所屬，隸屬南安郡；陳光大二年（568年）起，屬莆田縣；隋開皇九年（589年）改豐州為泉州，仙游隸屬泉州；大業三年（607年）起，屬建安郡南安縣，唐武德五年（622年）復屬莆田縣。圣歷二年（699年），析莆田縣西部地設清源縣，歷屬武榮洲，這是仙游置縣之始。

天寶元年（742年）改為仙游縣，歷屬閩泉州、南唐清源軍；宋代仙游歷屬清源軍、平海軍、興化軍和興安州。景炎二年（1277年）10月后，仙游隸屬興化路，明、清時期隸屬興化府，民國時期歷屬福建南路、廈門道、興泉省和第四行政督察區。1949年8月25日后，歷屬第五行政督察專員公署、晉江專區、晉江地區、閩候專區、閩候地區，1970年后，隸屬莆田地區。1983年9月至今，隸屬莆田市。

1996年，仙游縣面積1824.7平方千米，人口約93萬人，轄13個鎮、6個鄉：鯉城鎮、榜頭鎮、楓亭鎮、郊尾鎮、度尾鎮、城東鎮、大濟鎮、龍華鎮、賴店鎮、蓋尾鎮、鐘山鎮、游洋鎮、園莊鎮、西苑鄉、鳳山鄉、石蒼鄉、社硎鄉、書峰鄉、象溪鄉。縣政府駐鯉城鎮。

2000年第五次人口普查，仙游縣常住總人口855439人，其中：鯉城鎮56598人，楓亭鎮94771人，榜頭鎮116958人，郊尾鎮80421人，度尾鎮70121人，城東鎮31903人，賴店鎮68259人，蓋尾鎮69504人，園莊鎮37735人，大濟鎮71439人，龍華鎮55142人，鐘山鎮20969人，游洋鎮27396人，西苑鄉9197人，鳳山鄉5218人，石蒼鄉12278人，社硎鄉9370人，書峰鄉11131人，象溪鄉7029人。

2002年9月，省政府（閩政文[2002]270號）批復同意仙游縣調整部分行政區劃：（1）撤銷風山鄉，并入西苑鄉，調整后西苑鄉轄西苑、嶺峰、廣橋、前洋、西土乾、半嶺、仙山、仙東、仙西、鳳頂、鳳山、前縣、前溪、柳園、白巖、頂東湖16個行政村，鄉政府駐西苑村。（2）撤銷鯉城鎮，設立鯉城街道。轄原鯉城鎮的木蘭、十字、洪橋、城內、南橋、仙糖6個居委會，以及原城東鎮的壩壟、龍泉、玉井、來洋、蜚山、東門、萬福、北寶峰、富洋9個行政村（其中壩壟、壟泉、東門、北寶峰4個行政村改為居委會）和大濟鎮的金井、白塔2個行政村，辦事處駐洪橋居委會（原鯉城鎮政府駐地）。（3）城東鎮政府駐地從東門村遷移到仙安村，更名為鯉南鎮，同時調整行政區域。調整后，鯉南鎮轄原鯉城鎮的柳坑居委會，原城東鎮的仙安、霞苑、下樓、涵井4個行政村，以及原龍華鎮的大坂、平原、象運、象林、象坂5個行政村和賴店鎮的西埔、溫泉、圣泉、玉田、玉塔、橫塘、東山7個行政村。（4）郊尾鎮的芹林、蓋南和新窯3個行政村劃歸蓋尾鎮管轄。

2003年末，仙游縣戶籍人口100.20萬人，其中非農業人口18.59萬人。轄1個街道、12個鎮、5個鄉：鯉城街道、鯉南鎮、榜頭鎮、楓亭鎮、郊尾鎮、度尾鎮、大濟鎮、龍華鎮、賴店鎮、蓋尾鎮、鐘山鎮、游洋鎮、園莊鎮、西苑鄉、石蒼鄉、社硎鄉、書峰鄉、象溪鄉。

2008年12月31日，省政府（閩政文[2008]448號）批復同意象溪鄉更名為菜溪鄉。

2010年第六次人口普查，仙游縣常住總人口824707人，其中：鯉城街道102394人，楓亭鎮101006人，榜頭鎮126539人，郊尾鎮71109人，度尾鎮60640人，鯉南鎮49021人，賴店鎮53711人，蓋尾鎮71460人，園莊鎮28254人，大濟鎮61537人，龍華鎮38170人，鐘山鎮14103人，游洋鎮14454人，西苑鄉11061人，石蒼鄉5465人，社硎鄉3768人，書峰鄉8350人，菜溪鄉3665人。