福貢因縣西有高黎貢山，取“幸福的高黎貢山”意命名。西漢屬越崔郡地。東漢屬永昌郡地。三國兩晉屬云南郡地。唐南詔屬謀統(今鶴慶)鐵橋節度地。宋大理國屬麗江臨西縣(今維西縣)地。清康熙早間分屬鶴慶府地、麗江府維西守備廳。

民國元年（1912年），怒俅殖邊隊第一小隊進駐上帕（今縣城）設立上帕殖邊公署，福貢開始設治。民國五年（1916年）改為上帕行政公署，民國十七年（1928年）改稱康樂設治局，民國二十四年（1935年）改稱福貢設治局。

1949年6月和平解放。新中國成立后改為福貢縣，屬麗江專區；1952年改設福貢傈僳族自治區；1954年改縣。1956年隸屬怒江傈僳族自治州。1986年碧江縣建制撤消，其地北部架科底區、子里卡區、匹河區并入北邊的福貢縣，南部古登區、洛本區并入瀘水縣。

1996年，福貢縣面積2725平方千米，人口約8.7萬人，傈僳族占71.2%，怒族占20%。轄1個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉）：上帕鎮、馬吉鄉、利沙底鄉、鹿馬登鄉、架科底鄉、子里甲鄉、匹河怒族鄉。縣政府駐上帕鎮。

2000年第五次人口普查，福貢縣常住總人口88127人，其中：上帕鎮26075人、匹河鄉9864人、子里甲鄉8801人、架科底鄉10520人、鹿馬登鄉12977人、利沙底鄉11214人、馬吉鄉8676人。

2004年9月30日，《關于福貢縣利沙底鄉更名為石月亮鄉的批復》（云政復[2004]96號）同意福貢縣利沙底鄉更名為石月亮鄉。

2006年，福貢縣面積2804平方千米，人口9.3萬人。轄1個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉）：上帕鎮、匹河怒族鄉、子里甲鄉、架科底鄉、鹿馬登鄉、石月亮鄉、馬吉鄉。共有57個行政村。

2010年第六次人口普查，福貢縣常住總人口98616人，其中：上帕鎮30129人，匹河鄉10434人，子里甲鄉10513人，架科底鄉13414人，鹿馬登鄉13895人，石月亮鄉11533人，馬吉鄉8698人。

2014年，上帕鎮被列為全國重點鎮。