西周燕國曾設都于境內(nèi)，秦為上谷郡，漢為良鄉(xiāng)縣，金在良鄉(xiāng)西設萬寧縣，與良鄉(xiāng)縣分治，元改房山縣。1958年撤銷房、良兩縣并連同京西礦區(qū)并入周口店區(qū)，1960年改房山縣，1980年析設燕山區(qū)，與房山縣分治。1986年，撤銷房山縣、燕山區(qū)，設立房山區(qū)（1987年1月實施），以燕山區(qū)和房山縣的行政區(qū)域為房山區(qū)的行政區(qū)域。1997年11月17日，民政部（民行批[1997]25號）批復：經(jīng)國務院批準，同意將房山區(qū)人民政府駐地由現(xiàn)址遷至良鄉(xiāng)（1998年11月18日實施）。
1996年，房山區(qū)面積2019平方千米，人口約76.6萬人。轄6個街道、3個地區(qū)、11個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)：良鄉(xiāng)地區(qū)、周口店地區(qū)、琉璃河地區(qū)、迎風街道、向陽街道、栗園街道、東風街道、新鎮(zhèn)街道、房山街道、竇店鎮(zhèn)、石樓鎮(zhèn)、交道鎮(zhèn)、長溝鎮(zhèn)、張坊鎮(zhèn)、長陽鎮(zhèn)、閻村鎮(zhèn)、南尚樂鎮(zhèn)、坨里鎮(zhèn)、河北鎮(zhèn)、十渡鎮(zhèn)、東營鄉(xiāng)、東南召鄉(xiāng)、崇各莊鄉(xiāng)、官道鄉(xiāng)、葫蘆垡鄉(xiāng)、岳各莊鄉(xiāng)、窯上鄉(xiāng)、蒲洼鄉(xiāng)、南窖鄉(xiāng)、佛子莊鄉(xiāng)、霞云嶺鄉(xiāng)、大安山鄉(xiāng)、史家營鄉(xiāng)。
1996年，設立星城街道，由燕山辦事處統(tǒng)一管理，駐地設在新生活區(qū)乙區(qū)40號樓。1998年4月13日，經(jīng)市政府研究，決定將房山街道更名為城關街道。1999年，撤銷東營鄉(xiāng)，設立韓村河鎮(zhèn)；在良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處設立良鄉(xiāng)鎮(zhèn)，實行“兩塊牌子，一套人馬”。2000年，撤銷崇各莊鄉(xiāng)，設立青龍湖鎮(zhèn)；撤銷官道鄉(xiāng)、東南召鄉(xiāng)、岳各莊鄉(xiāng)，設立官道鎮(zhèn)、東南召鎮(zhèn)、岳各莊鎮(zhèn)；在周口店、琉璃河地區(qū)辦事處設立建制鎮(zhèn)，實行“一套人馬，兩塊牌子”。
2000年第五次人口普查，房山區(qū)總?cè)丝?14367人，其中：城關街道80746人、新鎮(zhèn)街道9794人、粟園街道3578人、向陽街道12397人、東風街道25786人、迎風街道33406人、星城街道21960人、良鄉(xiāng)鎮(zhèn)93486人、周口店鎮(zhèn)39877人、琉璃河鎮(zhèn)37936人、閆村鎮(zhèn)30679人、交道鎮(zhèn)20280人、竇店鎮(zhèn)25046人、石樓鎮(zhèn)29468人、長陽鎮(zhèn)28081人、坨里鎮(zhèn)22276人、河北鎮(zhèn)25267人、長溝鎮(zhèn)25452人、南尚樂鎮(zhèn)37919人、張坊鎮(zhèn)21043人、十渡鎮(zhèn)12072人、韓村河鎮(zhèn)16122人、青龍湖鎮(zhèn)21771人、官道鎮(zhèn)17459人、東南召鎮(zhèn)15844人、岳各莊鎮(zhèn)22901人、葫蘆垡鄉(xiāng)9457人、窯上鄉(xiāng)9056人、霞云嶺鄉(xiāng)10316人、南窖鄉(xiāng)5922人、佛子莊鄉(xiāng)13895人、大安山鄉(xiāng)12843人、史家營鄉(xiāng)17978人、蒲洼鄉(xiāng)4254人。
2001年11月13日，京民劃函[2001]475號批準同意撤銷葫蘆垡鄉(xiāng)，并入長陽鎮(zhèn)；撤銷官道鎮(zhèn)，并入良鄉(xiāng)鎮(zhèn)；撤銷交道鎮(zhèn)，并入竇店鎮(zhèn)；撤銷東南召鎮(zhèn)、窯上鄉(xiāng)，并入琉璃河鎮(zhèn)；撤銷坨里鎮(zhèn)，并入青龍湖鎮(zhèn)；撤銷岳各莊鎮(zhèn)，并入韓村河鎮(zhèn)；南尚樂鎮(zhèn)政府駐地由南尚樂村遷至石窩村，同時更名為大石窩鎮(zhèn)。2001年末，房山區(qū)面積1993.66平方千米，人口75.1萬人。
2002年9月11日，京民劃發(fā)[2002]324號同意將栗園街道并入向陽街道。2002年末，轄6個街道、3個地區(qū)、11個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)：城關街道、新鎮(zhèn)街道、向陽街道、東風街道、迎風街道、星城街道；良鄉(xiāng)地區(qū)、周口店地區(qū)、琉璃河地區(qū)；閆村鎮(zhèn)、竇店鎮(zhèn)、石樓鎮(zhèn)、長陽鎮(zhèn)、河北鎮(zhèn)、長溝鎮(zhèn)、大石窩鎮(zhèn)、張坊鎮(zhèn)、十渡鎮(zhèn)、青龍湖鎮(zhèn)、韓村河鎮(zhèn)；霞云嶺鄉(xiāng)、南窖鄉(xiāng)、佛子莊鄉(xiāng)、大安山鄉(xiāng)、史家營鄉(xiāng)、蒲洼鄉(xiāng)。共有115個社區(qū)和462個行政村。區(qū)政府駐良鄉(xiāng)通政路1號。
2005年，北京市政府第98次市長辦公會決定，將在房山區(qū)良鄉(xiāng)地區(qū)新設兩個街道辦事處——拱辰街道辦事處和西潞街道辦事處，良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處（鎮(zhèn)）剩余地區(qū)維持原建制不變。根據(jù)北京市民政局提出的規(guī)劃意見，房山區(qū)政府提出分步調(diào)整全區(qū)街鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃的計劃，其中第一步是2005年至2006年在良鄉(xiāng)地區(qū)設立2個街道辦事處，具體方案是：在良鄉(xiāng)地區(qū)北部設立拱辰街道辦事處，辦公地點設在良鄉(xiāng)中路39號。該辦事處轄區(qū)面積24.7平方千米，規(guī)劃居住人口12.6萬。在良鄉(xiāng)地區(qū)西北部西潞街道辦事處，辦公地點設在良鄉(xiāng)西路9號。該辦事處轄區(qū)面積10.4平方千米，規(guī)劃居住人口10.8萬。為加強農(nóng)村地區(qū)管理和有利于農(nóng)民集體資產(chǎn)的妥善處置，良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處（鎮(zhèn)）剩余地區(qū)維持原建制不變，辦公地點由良鄉(xiāng)中路39號遷至原官道辦公地址。調(diào)整后的良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處（鎮(zhèn)）轄區(qū)面積33.9平方千米，實際居住人口1.6萬人。2005年末全區(qū)戶籍人口75.4萬人。
2006年9月13日，北京市房山區(qū)人民政府《關于在良鄉(xiāng)地區(qū)設立拱辰西潞兩個街道辦事處的通知》（房政發(fā)[2006]33號）：經(jīng)2005年11月15日市政府第98次市長辦公會議批準，市民政局行文批復（京民劃函[2005]340號），同意在我區(qū)良鄉(xiāng)地區(qū)設立拱辰街道辦事處和西潞街道辦事處兩個街道辦事處，良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處（鎮(zhèn)）剩余地區(qū)維持原建制不變。現(xiàn)將有關事項通知如下： 一、設置拱辰街道辦事處 拱辰街道辦事處在良鄉(xiāng)地區(qū)北部，辦公地點設在良鄉(xiāng)中路39號。實際行政管轄范圍為：南至長虹路與良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處（鎮(zhèn)）為界；東至長于路與長陽鎮(zhèn)為界；北至良鄉(xiāng)機場北側(cè)與青龍湖鎮(zhèn)為界；西至良鄉(xiāng)西潞大街與西潞街道辦事處為界。 二、設置西潞街道辦事處 西潞街道辦事處在良鄉(xiāng)地區(qū)西北部，辦公地點設在月華南大街18號（原北京君利四方商貿(mào)綜合樓）。行政管轄范圍為：南至長虹路與良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處（鎮(zhèn)）接壤；東至西潞大街與拱辰街道辦事處接壤；北至安莊村村西與青龍湖鎮(zhèn)接壤；西至東閻村村西與閻村鎮(zhèn)接壤。 三、保留良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處（鎮(zhèn)） 良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處（鎮(zhèn)）在良鄉(xiāng)地區(qū)南部，辦公地點由良鄉(xiāng)中路39號遷至原官道鎮(zhèn)政府辦公地址。行政管轄為：南至張謝村村南與竇店鎮(zhèn)接壤；東至梨村村東與長陽鎮(zhèn)接壤；北至長虹路與拱辰街道辦事處接壤；西至劉丈村村西與閻村鎮(zhèn)接壤。
2008年2月22日，《北京市民政局關于調(diào)整房山區(qū)部分地區(qū)行政區(qū)劃的批復》（京民劃函[2008]83號）：一、將拱辰街道辦事處所轄的水碾屯一村、水碾屯二村所在區(qū)域劃歸長陽鎮(zhèn)管轄。調(diào)整后的拱辰街道辦事處四至范圍為：東至長于路與長陽鎮(zhèn)接壤；南至長虹路與良鄉(xiāng)地區(qū)辦事處接壤；西至西潞大街與西潞街道辦事處接壤；北至良鄉(xiāng)機場北側(cè)與青龍湖鎮(zhèn)接壤。調(diào)整后的長陽鎮(zhèn)四至范圍為：東至永定河，與豐臺區(qū)、大興區(qū)接壤；南至西場村南，與琉璃河地區(qū)辦事處接壤；西至長于路，與拱辰街道辦事處接壤；北至永定河，與豐臺區(qū)接壤。二、將“閆村鎮(zhèn)”更名為“閻村鎮(zhèn)”。