平潭縣別稱嵐。因主島海壇島適中有一平坦的巨石，俗稱“平潭”，古稱海壇，唐代為牧馬場。宋初設牧馬監，屬福清縣。清康熙十九年（1680）福清縣海口東城的援剿鎮改為海壇鎮，二十二年（1683）移鎮駐平潭（今潭城），雍正八年（1730）設縣丞，嘉慶三年（1798）置平潭海防廳，屬福州府。民國元年（1912）置平潭縣，后屬東路道、閩海道。1950年屬閩侯專區，1956年屬晉江專區，1959年屬閩侯專區（1971年閩侯專區改稱莆田地區）。1983年起劃歸福州市管轄。

民國25年（1936年）劃為3個區，民國33年區署撤銷，下設鄉，民國35年劃為潭城、蘇澳2鎮和中正、龍泉、中心、潭南、復興5鄉。1958年實行人民公社化，1961年劃為12個公社，1983年劃為14個公社。1984年實行政社分開，各公社分別改為鄉（鎮），共設3個鎮12個鄉。后陸續將2個鄉改鎮，設5鎮10鄉。

1996年，平潭縣陸地面積321.4平方千米，其中有灘涂44.5平方千米，人口約36萬人，轄5鎮10鄉：潭城鎮、蘇澳鎮、流水鎮、澳前鎮、北厝鎮、嶼頭鄉、大練鄉、白青鄉、平原鄉、蘆洋鄉、中樓鄉、嵐城鄉、敖東鄉、南海鄉、東庠鄉，縣政府駐潭城鎮。

2000年，撤銷平原鄉，設立平原鎮；撤銷敖東鄉，設立敖東鎮。2000年第五次人口普查，平潭縣常住總人口371922人，其中：潭城鎮65728人，蘇澳鎮31053人，流水鎮47231人，澳前鎮39975人，北厝鎮31026人，平原鎮22257人，敖東鎮29857人，白青鄉16628人，嶼頭鄉15130人，大練鄉6043人，蘆洋鄉5292人，中樓鄉20587人，東庠鄉9264人，嵐城鄉22512人，南海鄉9339人。

2000年末，平潭縣轄7鎮8鄉：潭城鎮、蘇澳鎮、澳前鎮、北厝鎮、流水鎮、平原鎮、敖東鎮、嵐城鄉、中樓鄉、白青鄉、南海鄉、嶼頭鄉、大練鄉、東庠鄉、蘆洋鄉，8個居委會、192個行政村。

2003年末，平潭縣戶籍人口38.61萬人，其中非農業人口5.82萬人。轄7個鎮、8個鄉：潭城鎮、蘇澳鎮、澳前鎮、北厝鎮、流水鎮、平原鎮、敖東鎮、嵐城鄉、中樓鄉、白青鄉、南海鄉、嶼頭鄉、大練鄉、東庠鄉、蘆洋鄉。

2010年第六次人口普查，平潭縣常住總人口357760人，其中：潭城鎮111447人，蘇澳鎮17834人，流水鎮41001人，澳前鎮42856人，北厝鎮21915人，平原鎮15041人，敖東鎮20453人，白青鄉12271人，嶼頭鄉13852人，大練鄉4505人，蘆洋鄉3786人，中樓鄉16333人，東庠鄉6391人，嵐城鄉23741人，南海鄉6334人。