《郡縣釋名》陜西卷上：“曰商南者，在商州之南也�！睗h為商縣地。北魏景明元年（500年）析商縣地于今皂角鋪置南商縣，并于縣置萇和郡。北周天和六年（571年）之前改萇和郡為慎政郡。隋開皇初撤銷郡、縣，為上洛縣地。

金為上洛縣地。元為商州地。明成化十三年（1477年）于舊址設(shè)商南縣，十七年治今城關(guān)鎮(zhèn)，屬商州。1914年屬關(guān)中道。1928年直屬省。1950年5月屬商洛專區(qū)。1969年屬商洛地區(qū)。2001年屬商洛市。

1996年，商南縣面積2307平方千米，人口23.3萬人。轄4鎮(zhèn)33鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、富水鎮(zhèn)、趙川鎮(zhèn)、試馬鎮(zhèn)、擋馬鄉(xiāng)、曹營鄉(xiāng)、張家崗鄉(xiāng)、五里鋪鄉(xiāng)、徐家店鄉(xiāng)、龍窩鄉(xiāng)、青山鄉(xiāng)、新廟鄉(xiāng)、湘河鄉(xiāng)、雙廟嶺鄉(xiāng)、魏家臺鄉(xiāng)、水溝鄉(xiāng)、文化坪鄉(xiāng)、汪家店鄉(xiāng)、店坊河鄉(xiāng)、三官廟鄉(xiāng)、石柱河鄉(xiāng)、余家棚鄉(xiāng)、十里坪鄉(xiāng)、梁家墳鄉(xiāng)、白魯?shù)A鄉(xiāng)、太吉河鄉(xiāng)、柳樹灣鄉(xiāng)、江西溝鄉(xiāng)、畢家灣鄉(xiāng)、太子坪鄉(xiāng)、耀嶺河鄉(xiāng)、開河鄉(xiāng)、梁家灣鄉(xiāng)、清油河鄉(xiāng)、清泉鄉(xiāng)、兩岔河鄉(xiāng)、沙坪鄉(xiāng)。縣政府駐城關(guān)鎮(zhèn)。

1997年，撤銷趙川區(qū)、湘河區(qū)、富水區(qū)、東崗區(qū)、永青區(qū)、白玉區(qū)6個區(qū)公所的建制，撤銷五里鋪鄉(xiāng)、曹營鄉(xiāng)、張家崗鄉(xiāng)并入城關(guān)鎮(zhèn)，撤銷店坊河鄉(xiāng)、三官廟鄉(xiāng)并入趙川鎮(zhèn)，撤銷龍窩鄉(xiāng)并入富水鎮(zhèn)，撤銷雙廟嶺鄉(xiāng)、湘河鄉(xiāng)合并設(shè)立湘河鎮(zhèn)，撤銷柳樹灣鄉(xiāng)、徐家店鄉(xiāng)合并設(shè)立過風(fēng)樓鎮(zhèn)，撤銷梁家灣鄉(xiāng)、開河鄉(xiāng)合并設(shè)立梁家灣鎮(zhèn)，撤銷太吉河鄉(xiāng)、太子坪鄉(xiāng)合并設(shè)立太吉河鎮(zhèn)，撤銷汪家店鄉(xiāng)設(shè)立白浪鎮(zhèn)，撤銷梁家墳鄉(xiāng)并入石柱河鄉(xiāng)，撤銷余家棚鄉(xiāng)并入十里坪鄉(xiāng)，撤銷文化坪鄉(xiāng)并入魏家臺鄉(xiāng)，撤銷耀嶺河鄉(xiāng)并入水溝鄉(xiāng)，撤銷新廟鄉(xiāng)并入青山鄉(xiāng)，撤銷沙坪鄉(xiāng)并入兩岔河鄉(xiāng)，撤銷江西溝鄉(xiāng)并入畢家坪鄉(xiāng)。調(diào)整后，商南縣轄9個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，全縣常住總?cè)丝?27636人，其中：城關(guān)鎮(zhèn)43310人，富水鎮(zhèn)21979人，湘河鎮(zhèn)13031人，白浪鎮(zhèn)6924人，趙川鎮(zhèn)12733人，粱家灣鎮(zhèn)9095人，太吉河鎮(zhèn)7445人，過風(fēng)樓鎮(zhèn)14804人，試馬鎮(zhèn)12678人，青山鄉(xiāng)11513人，魏家臺鄉(xiāng)6736人，十里坪鄉(xiāng)6562人，白魯?shù)A鄉(xiāng)6353人，石柱河鄉(xiāng)6872人，水溝鄉(xiāng)7410人，畢家灣鄉(xiāng)8589人，黨馬鄉(xiāng)11812人，清泉鄉(xiāng)6424人，清油河鄉(xiāng)8454人，兩岔河鄉(xiāng)4912人。

2001年，撤銷十里坪鄉(xiāng)、石柱河鄉(xiāng)設(shè)立十里坪鎮(zhèn)，撤銷畢家坪鄉(xiāng)并入太吉河鎮(zhèn)，撤銷清油河鄉(xiāng)、兩岔河鄉(xiāng)設(shè)立清油河鎮(zhèn)，撤銷清泉鄉(xiāng)并入試馬鎮(zhèn)。調(diào)整后，商南縣轄11個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、富水鎮(zhèn)、湘河鎮(zhèn)、白浪鎮(zhèn)、趙川鎮(zhèn)、梁家灣鎮(zhèn)、太吉河鎮(zhèn)、過風(fēng)樓鎮(zhèn)、試馬鎮(zhèn)、清油河鎮(zhèn)、十里坪鎮(zhèn)、青山鄉(xiāng)、魏家臺鄉(xiāng)、白魯?shù)A鄉(xiāng)、水溝鄉(xiāng)、黨馬鄉(xiāng)。

2011年，撤銷黨馬鄉(xiāng)并入城關(guān)鎮(zhèn)，撤銷白魯?shù)A鄉(xiāng)并入十里坪鎮(zhèn)，撤銷梁家灣鎮(zhèn)、太吉河鎮(zhèn)合并設(shè)立金絲峽鎮(zhèn)，撤銷青山鄉(xiāng)設(shè)立青山鎮(zhèn)，撤銷水溝鄉(xiāng)設(shè)立水溝鎮(zhèn)，撤銷魏家臺鄉(xiāng)設(shè)立魏家臺鎮(zhèn)。調(diào)整后，商南縣轄13個鎮(zhèn)：城關(guān)鎮(zhèn)、富水鎮(zhèn)、湘河鎮(zhèn)、白浪鎮(zhèn)、趙川鎮(zhèn)、金絲峽鎮(zhèn)、過風(fēng)樓鎮(zhèn)、試馬鎮(zhèn)、清油河鎮(zhèn)、十里坪鎮(zhèn)、青山鎮(zhèn)、魏家臺鎮(zhèn)、水溝鎮(zhèn)。

2012年末，商南縣面積2313.8平方千米，戶籍人口243699人，常住人口22.18萬人。

根據(jù)陜民發(fā)[2014]57號、陜民發(fā)[2015]9號、商政民發(fā)[2015]15號文件，撤銷城關(guān)鎮(zhèn)，設(shè)立城關(guān)街道，街道辦事處駐長新路社區(qū)；撤銷白浪鎮(zhèn)，并入湘河鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐湘河村；撤銷魏家臺鎮(zhèn)，并入趙川鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐前川村；撤銷水溝鎮(zhèn)，并入過風(fēng)樓鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐徐家店村；在原白浪鎮(zhèn)、魏家臺鎮(zhèn)、水溝鎮(zhèn)政府所在地分別設(shè)立便民服務(wù)中心；全縣撤并44個村，村改居委會19個，保留101個村、23個社區(qū)居委會。調(diào)整后，商南縣轄城關(guān)1個街道和清油河、試馬、金絲峽、十里坪、趙川、富水、湘河、過風(fēng)樓、青山9個鎮(zhèn)，共有101個行政村、23個社區(qū)。