清康熙三十四年（1695）清廷授予彝族首領安永長土千戶之職，駐防檜溪。雍正五年（1727），云貴總督鄂爾泰平定烏蒙（今昭通），改隸云南，設烏蒙府。
　　清雍正六年（1728）2月，定縣名為“永善”，于米貼設一知縣、教諭、典史，分駐昭通鎮標右營游擊，撫馭烏西一帶，于副官村設縣丞署。縣界東至大關廳，西至四川寧遠府，南至昭通府恩安縣，西南轄魯甸巡檢司和東川府巧家廳接界，北至四川敘州府（今宜賓），東西廣220里，南北袤長1160里，俗稱“三千米高山上下，八百里江水往還”。軍事上采取關、汛、塘管轄制，行政上采取鄉、村（里）、保、甲、閶、鄰制。
　　雍正八年（1731）8月，將四川轄地夾在縣域的吞都一帶地方劃歸永善，并于吞都設汛防。雍正九年（1731）10月，“移永善縣魯甸巡檢駐副官村”，撤古寨巡檢，并將古寨劃出另建魯甸廳，建分防于副官村。同年，縣城從米貼遷蓮峰。雍正十年（1732），以金沙江為界，新增四川屏山縣之一部分，劃歸永善副官村。同年，于副官村（今綏江縣城）設分縣。時“永善在府（昭通府）西北230里；東至大關廳界65里；西至四川寧遠府280里；南至恩安縣80里；西南至魯甸廳和東川府巧家廳以牛欄江隔江接界；北至四川敘州府屏山縣界240里；東南至恩安縣界130里；西南至恩安縣界90里；東北至四川敘府700里（東北水路至敘州府界）；西北至寧遠府界130里；東西平距345里，南北縱距320里”。全縣戶口共計2586戶。
　　嘉慶八年（1730）永善縣有41鄉21里（副官村所轄的鄉稱為里），即：補伍、馬旺溝、野雞箐、犀牛坡、勒魁、木瓜箐、猓目臺、龍門寨、勒米寨、溜筒江、涼山、黃坪寨、小田壩、打拐、鶯哥嘴、濫田壩、魯機、米羅、冷水孔、青崗嶺、結野寨、楊義箐、雙風嶺、小田壩、雞爪屯、務露、黑鐵關、小毛灘、大毛灘、大井壩、那鄉、三關、簸箕峽、黃荊壩、楠木坪、洗馬溪、洗腳溪、摩訶崖、大石盤、那哈坪、紅崖、副官里、近林里、新灘里、三星里、大興里、永興里、梁村里、回望里、鐘灘里、德化里、小土里、馬村里、大沙里、元亨里、石塔里、寶墩里、古遠里、炎光里、大窩里、火盆里、鹽井里。
　　光緒十八年（1892），將分縣副官村所轄21里中的石塔、寶墩、古遠、炎光等里劃入正縣的檜溪；光緒三十四年（1908）將分縣副官村裁撤，改為靖江縣（今綏江、水富等地），與永善縣分地而治，同時在井底設置彈壓公署分管永善下半縣（后改為分縣，1946年撤）。

　　民國元年（1912）12月，撤鄉設區，下轄鄉鎮間鄰，區名以順金沙江而下標明區序。計全縣轄5區94鄉。同時改清朝的井底彈壓公署為井檜行政公署，彈壓委員為行政委員，轄第四區和第五區。
　　第一區轄21鄉：黃坪寨、大水溝、雙河口、黑伍寨、煙坪廣、黃荊坪、吊臺、新廠溝、濫田壩、小田壩、大風灣、大井壩、老街、魯機、驛馬溝、后龍山、回龍村、金沙廠、官房、核桃坪、德享，區駐地大井壩。
　　第二區轄11鄉：本城堡、補伍、馬二黃、黃坪、小河潭、萬和場、新店子、董家營、橫店子、墨石驛，區駐地本城堡。
　　第三區轄20鄉：黃葛場、上玉露鄉、下玉露鄉、青水朝、楊義鄉、冷水孔、魯溪、上壩、干田壩、沙河、八角廟、務基、大小二壩、九角彎、黃草坪、丁家坳、鄉丁倦、回龍壩、米貼、埡口，區駐地黃葛場。
　　第四區轄20鄉：大雪柏、井田堡、大瀑溝、花槽門、堰塘灣、下新場、雞爪屯、普石屯、老新場、拉鄉、吞都、后山、明子山，鍋圈灘、牛腳龍、瓦店子，大花地、飛來石、甜酒灣、黃龍灘，區駐地井田堡。
　　第五區轄22鄉：大毛里外地、大毛里西面、長平子、丁家坪、花蛇溪、上廠、洗馬里、木魚山、扇子坪、新街、大石盤、細沙溪、涼水井、那哈坪、二十四崗、檜溪、八仗地、簸箕峽、小毛里、水星壩、河壩街，區駐地檜溪。

　　民國2年（1913），永善縣屬滇中道。民國8年（1919）改井檜行政地區為井（井底）檜（檜溪）分縣，添置縣佐，駐地井底。民國17年（1928），改縣知事公署為縣政府。民國18年（1929）撤滇中道，永善縣直屬省管。
　　民國21年（1932）改原來的5區94鄉為9區19鎮77鄉，下轄480閭2400鄰。將原第一區改為第二區和第三區，第二區改為第一區。第三區改為第四區和第五區，第四區改為第六區和第七區，第五區改為第八區和第九區。
　　第一區駐永陽鎮，轄5鎮7鄉：永陽鎮、普伍鄉、三合鄉、慕陽鎮、文潭鄉、萬和鎮、新店鎮、崇學鄉、文山鄉、風鳴鄉、墨林鎮、樂善鄉。
　　第二區駐富泉鎮，轄2鎮8鄉：鐘靈鄉、富泉鎮、白云鄉、自強鄉、荊田鄉、仁壽鄉、新文鎮、仁里鄉、長平鄉、靖邊鄉。
　　第三區駐大興鎮，轄2鎮9鄉：埠財鄉、大興鎮、映月鄉、金田鄉、大馬鄉、興云鄉、回龍鄉、金沙鎮、玉庫鄉、敦厚鄉、德亨鄉。
　　第四區駐黃華鎮，轄1鎮9鄉：黃華鎮、上玉露鄉、下玉露鄉、仁和鄉、楊義鄉、涌泉鄉、宗圣鄉、玉粟鄉、舜田鄉、孝弟卑。
　　第五區駐務基鎮，轄2鎮9鄉：崇仁鄉、務基鎮、玉田鄉、文曲鄉、白勝鄉、向榮鄉、江望鄉、義勇幸、積慶鄉、米陽鎮、向陽鄉。
　　第六區駐井田鎮，轄2鎮8鄉：積玉鄉、井田鎮、雙流鄉、玉門鄉、海堰鄉、玉筍鎮、飛鳳鄉、點金鄉、慶云鄉、富民鄉。
　　第七區駐古都鎮，轄2鎮8鄉：古都鎮、玉屏鄉、金鏡鄉、津灘鎮、天麟鄉、金屋鄉、鳴蟬鄉、瑞石鄉、天民鄉、黃龍鄉。
　　第八區駐雙河鎮，轄1鎮9鄉：漢鼎東卑、漢鼎西鄉、中和鄉、多福每、神龍鄉、金盛鄉、雙河鎮、來福鄉、迎恩鄉、玉梅鄉。
　　第九區駐檜溪鎮，轄2鎮10鄉：玉盤卑、廉溪鄉、文水鄉、元生鄉、楠木鎮、平安鄉、檜溪鎮、八仗地、光祥鄉、得勝鄉、鄰水鄉、清平鄉。

　　民國29年（1940）廢區改為鄉、鎮，原鄉鎮為保，保下設甲。一般以10保為1鄉，10甲為1保劃分，全縣共分為9鄉7鎮156保1370甲，以后保甲稍有變動。鄉鎮保甲一覽表，括號內分別為保、甲數：蓮峰鎮（17、121）駐縣城，墨翰鎮（13、107）駐墨石驛，大興鎮（10、85）駐大井壩，黃華鎮（11、101）駐黃葛樹，務基鎮（11、95）駐務基街，井田鎮（10、114）駐井底壩，檜溪鎮（10、98）駐檜溪街，茂林鄉（10、65）駐新店子，新民鄉（10、80）駐黃荊坪，崇德鄉（7、58）駐大水溝，自強鄉（6、59）駐楠木坪，玉筍鄉（8、52）駐下新場，雙河鄉（8、65）駐雙河口，中和鄉（7、92）駐黃坪，慶云鄉（10、84）駐魯溪，佛灘鄉（14、112）駐鍋圈灘
　　民國31年（1942），永善縣屬云南省第一行政督察區（駐昭通縣）。
　　民國35年（1946）裁撤井（井底）檜（檜溪）分縣，改為行轅。