漢至隋為毋斂縣地，宋置南丹州。元改南丹安撫司，明再復南丹州，1919年改南丹縣。

1996年，南丹縣面積3917平方千米，人口約26.5萬人。轄7個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉）：城關鎮、大廠鎮、車河鎮、小場鎮、六寨鎮、芒場鎮、月里鎮、羅富鄉、吾隘鄉、巴定鄉、中堡苗族鄉、八圩瑤族鄉、里湖瑤族鄉。縣政府駐城關鎮。

1999年12月28日，廣西壯族自治區人民政府同意吾隘鄉改為鎮建制，原轄行政區域不變（桂政函[1999]216號）。調整后，南丹縣轄8個鎮、5個鄉（其中3個民族鄉）。

2000年第五次人口普查，南丹縣總人口318844人。其中：城關鎮37083人，大廠鎮58636人，車河鎮28983人，小場鎮22797人，芒場鎮24313人，六寨鎮27757人，月里鎮21774人，吾隘鎮15936人，羅富鄉24179人，巴定鄉13272人，中堡苗族鄉6673人，八圩瑤族鄉19782人，里湖瑤族鄉17659人。

2001年3月14日，廣西壯族自治區人民政府（桂政函[2001]41號）同意南丹縣城關鎮和小場鎮合并組建新的城關鎮。將羅富鄉蓮花村委會，坡旁村的拉么、上巴牙、下巴牙、莫德、林屯、旁高自然屯，雍里村的必弄、拉路自然屯和大廠鎮揚州村的納必、拉岜、新田、簡索、田洞自然屯劃歸城關鎮管轄。

2003年，南丹縣轄7個鎮、5個鄉（其中3個民族鄉）：城關鎮、大廠鎮、車河鎮、芒場鎮、六寨鎮、月里鎮、吾隘鎮、羅富鄉、巴定鄉、中堡苗族鄉、八圩瑤族鄉、里湖瑤族鄉。

2005年6月13日，廣西壯族自治區政府（桂政函[2005]169號）同意撤銷巴定鄉，整建制并入六寨鎮，六寨鎮政府駐地不變。調整后，全縣轄7個鎮、4個鄉（其中3個民族鄉）：城關鎮、大廠鎮、車河鎮、芒場鎮、六寨鎮、月里鎮、吾隘鎮、羅富鄉、中堡苗族鄉、八圩瑤族鄉、里湖瑤族鄉。