1995年10月27日，國務院（國函[1995]96號）批準同意貴港市升格為地級市，設立港南區、港北區。港南區轄原縣級貴港市的東津、橋圩、湛江、木格、木梓5個鎮和八塘、新塘、瓦塘、橫嶺、平悅、思懷6個鄉和貴城鎮南江村公所、木松嶺居委會，區政府駐江南大道。【注：1995年，撤銷八塘鄉，設立八塘鎮；港南區實際管轄東津、橋圩、湛江、木格、木梓、八塘6個鎮和新塘、瓦塘、橫嶺、平悅、思懷5個鄉及貴城鎮南江村公所、木松嶺居委會】

1996年6月18日，自治區政府批復將港南區南江村公所、木松嶺居委會，八塘鎮的高北、大新，新塘鄉的大鄭、西村、榪桕、山邊、三平、三岸、陳村，橫嶺鄉的新陸、蘇灣、新蒙、湴村等15個村公所（居委會）劃歸（港北區）貴城鎮管轄；港南區政府駐橋圩鎮。

1996年，港南區面積1028平方千米，人口約50萬人。轄6個鎮、5個鄉：橋圩鎮、八塘鎮、木格鎮、木梓鎮、湛江鎮、東津鎮、平悅鄉、瓦塘鄉、思懷鄉、橫嶺鄉、新塘鄉。區政府駐橋圩鎮。

2000年第五次人口普查，港南區總人口392427人。其中：橋圩鎮79445人，木格鎮50934人，木梓鎮39030人，湛江鎮46320人，東津鎮52581人，八塘鎮25898人，新塘鄉24224人，瓦塘鄉25861人，平悅鄉18346人，橫嶺鄉16182人，思懷鄉13606人。

2001年2月28日，廣西壯族自治區政府（桂政函[2001]26號）同意將港北區貴城鎮的木松嶺居委會、南江、三平、山邊、大鄭、烏桕、三岸、新陸、新蒙、蘇灣、高北、大新、陳村、西村、湴村村委會劃歸港南區管轄，以上15個村（居）委會劃歸街道辦事處或鄉鎮管理的問題由貴港市政府研究決定；港南區與港北區以郁江為界；將港南區政府駐地由橋圩鎮遷回市區江南大道。

2003年，港南區轄1個街道、6個鎮、5個鄉：江南街道、橋圩鎮、木格鎮、木梓鎮、湛江鎮、東津鎮、八塘鎮、新塘鄉、瓦塘鄉、平悅鄉、橫嶺鄉、思懷鄉。

2005年7月19日，廣西壯族自治區政府（桂政函[2005]206號）同意調整港南區部分鄉鎮的行政區劃：撤銷思懷鄉，整建制并入瓦塘鎮，瓦塘鎮政府駐地不變；撤銷橫嶺鄉，整建制并入八塘鎮，八塘鎮政府駐地不變；撤銷平悅鄉，整建制并入木格鎮，木格鎮政府駐地不變。

調整后，全區轄1個街道、6個鎮、2個鄉：江南街道、橋圩鎮、木格鎮、木梓鎮、湛江鎮、東津鎮、八塘鎮、新塘鄉、瓦塘鄉。區政府駐江南街道。