春秋為楚番邑。秦始皇二十六年（公元前221年）置番（Po）縣，治今址，以處番水之北得名，屬九江郡。西漢改為番陽，因在鄱江之陽，屬豫章郡。據《漢書·地理志》：“鄱水西入湖漢是也，鄱陽湖在縣西，即古彭蠡。”東漢改鄱陽縣，屬豫章郡。建安十五年（210年）屬鄱陽郡，為郡治，郡縣均治今古縣渡。三國吳赤烏八年（245年）鄱陽縣還治今址。南朝齊鄱陽郡還治鄱陽縣。梁承圣二年（553年）分江州立吳州，領鄱陽郡，州郡同治鄱陽縣。
　　隋平陳屬饒州，為州治（“山有林麓之利，澤有蒲魚之饒”）。大業初復為鄱陽郡治。隋時始曰鄱陽湖，以接鄱陽山而名。唐武德五年為饒州治。天寶元年（742年）為鄱陽郡治。乾元元年（758年）復為饒州治。南唐為記平軍首縣。宋屬饒州。元為饒州路治。明、清為饒州府治。1912年廢府屬省，1914年屬潯陽道。1926年復屬省。1932年屬江西省第四行政區。1935年屬第五行政區。
　　1949年5月1日解放，屬鄱陽專區，6月改屬浮梁專區。1952年9月屬上饒專區（1971年改上饒地區）。1957年5月改名波陽縣。2003年12月17日經民政部批準，波陽縣恢復鄱陽縣名。

　　1983年7月，將波陽縣的漁山公社及荷塘墾殖場劃歸景德鎮市昌江區管轄（國函字[1983]146號）。1984年5月24日，墾殖場設立高家嶺鄉，響水灘公社分設為響水灘鄉、肖家嶺鄉，設置田畈街鎮（贛府字[1984]117號）。
　　1984年5月24日，波陽縣設置九個區建制。謝家灘區轄石門街鄉、謝家灘鄉、肖家嶺鄉；侯家崗區轄侯家崗鄉；油墩街區轄銀寶湖鄉、油墩街鄉、湖濱鄉、蓮山鄉、橋頭街鄉、響水灘鄉；田畈街區轄田畈街鎮、田畈街鄉、柘港鄉、金盤嶺鄉、枧田街鄉；高家嶺區轄游城鄉、珠湖鄉、站前鄉、高家嶺鄉；團林區轄四十里街鄉、團林鄉、磨刀石鄉、雙港鄉；古縣渡區轄古縣渡鄉、昌洲鄉、古南鄉；凰港區轄凰崗鄉、東溪鄉、太陽埠鄉、神山鄉；蘆田區轄蘆天鄉、饒埠鄉、桐山鄉。三廟前鄉、蓮湖鄉、水上鄉為縣直轄鄉（贛府字[1984]117號）。
　　1985年4月18日，設立蓮花山、蒔山、白沙洲、聶家、鴉鵲湖鄉（贛府廳字[1985]230號）。1986年2月23日，撤銷石門街鄉，設置石門街鎮（贛府廳字[1986]74號）。1992年7月27日，撤銷水上鄉（贛民字[1992]138號批復）。
　　1994年11月25日，撤銷油墩街鄉、謝家灘鄉、四十里街鄉、古縣渡鄉、雙港鄉、饒埠鄉，設立油墩街鎮、謝家灘鎮、四十里街鎮、古縣渡鎮、雙港鎮、饒埠鎮（贛民字[1994]238號批復）。至此，全縣轄9個鎮、32個鄉：鄱陽鎮、石門街鎮、謝家灘鎮、油墩街鎮、田畈街鎮、田十里街鎮、雙港鎮、古縣渡鎮、饒埠鎮、蓮花山鄉、肖家嶺鄉、侯家崗鄉、響水灘鄉、橋頭街鄉、蓮山鄉、枧田街鄉、蒔山鄉、湖濱鄉、碧山鄉、柘港鄉、金盤嶺鄉、鴉鵲湖鄉、銀寶湖鄉、游城鄉、珠湖鄉、高家嶺鄉、白沙洲鄉、站前鄉、凰崗鄉、東溪鄉、聶家鄉、太陽埠鄉、團林鄉、古南鄉、神山鄉、昌洲鄉、磨刀石鄉、蓮湖鄉、三廟前鄉、蘆田鄉、桐山鄉。　　1999年5月4日，饒豐綜合墾殖場改制設立饒豐鎮，鎮政府駐紅土山；樂豐良種繁殖場改制設立樂豐鎮，鎮政府駐包家（贛民字[1999]112號批復）。2000年6月27日，撤銷金盤嶺鄉、高家嶺鄉、凰崗鄉，設立金盤嶺鎮、高家嶺鎮、凰崗鎮（贛民字[2000]143號批復）。至此，全縣轄14個鎮、29個鄉。
　　2000年第五次人口普查，全縣總人口1191526人，其中：鄱陽鎮101313人、石門街鎮19576人、田畈街鎮26053人、謝家灘鎮54506人、四十里街鎮29645人、雙港鎮53468人、古縣渡鎮38577人、饒埠鎮42491人、油墩街鎮29393人、樂豐鎮9264人、饒豐鎮33734人、金盤嶺鎮30289人、高家嶺鎮10011人、凰崗鎮20408人、橋頭街鄉17128人、肖家嶺鄉14061人、候家崗鄉27797人、蓮花山鄉11159人、銀寶湖鄉18946人、湖濱鄉16319人、蓮山鄉11557人、響水灘鄉23658人、鴉鵲湖鄉11265人、碧山鄉18161人、柘港鄉37009人、枧田街鄉23340人、蒔山鄉10198人、游城鄉43136人、珠湖鄉25555人、站前鄉17550人、白沙洲鄉6992人、團林鄉34466人、磨刀石鄉46008人、聶家鄉8912人、昌洲鄉25382人、古南鄉35007人、東溪鄉13736人、太陽埠鄉10661人、神山鄉12480人、蘆田鄉44591人、桐山鄉16235人、豐廟前鄉54072人、蓮湖鄉57417人。
　　2001年12月3日，撤銷磨刀石鄉，劃歸鄱陽鎮；撤銷蒔山鄉，劃歸田畈街鎮；撤銷聶家鄉，劃歸雙港鎮；撤銷站前鄉，劃歸高家嶺鎮；撤銷湖濱鄉，劃歸油墩街鎮（贛民字[2001]570號批復）。
　　2002年底，波陽縣面積4215平方千米，人口135.5萬人，其中非農業人口23.0萬人。轄14個鎮、24個鄉，44個居委會、632個行政村。縣政府駐鄱陽鎮。
　　2003年10月21日，撤銷東溪鄉、太陽埠鄉、神山鄉，成建制劃歸凰崗鎮管轄；撤銷碧山鄉，成建制劃歸田畈街鎮管轄（贛民字[2003]273號批復）。2003年底，全縣總人口138萬人。
　　2004年底，全縣轄14鎮20鄉：鄱陽鎮、謝家灘鎮、石門街鎮、四十里街鎮、油墩街鎮、田畈街鎮、金盤嶺鎮、高家嶺鎮、凰崗鎮、雙港鎮、古縣渡鎮、饒豐鎮、樂豐鎮、饒埠鎮、肖家嶺鄉、侯家崗鄉、蓮花山鄉、響水灘鄉、橋頭街鄉、蓮山鄉、枧田街鄉、柘港鄉、鴉鵲湖鄉、銀寶湖鄉、游城鄉、珠湖鄉、白沙洲鄉、團林鄉、古南鄉、昌洲鄉、廟前鄉、蓮湖鄉、蘆田鄉、桐山鄉。
　　2006年1月20日，撤銷古南鄉，成建制劃歸古縣渡鎮管轄；撤銷桐山鄉，成建制劃歸樂豐鎮管轄；撤銷縣蓮山鄉、橋頭街鄉，成建制劃歸油墩街鎮管轄；撤銷肖家嶺鄉，成建制劃歸響水灘鄉管轄（贛民字[[2006]5號批復）。2006年末全縣戶籍總人口1459354人。