1945年11月初，中共嫩江地區工作委員會派干部到達黑河，成立黑河地區行政辦事處，始冠“嫩江省”，同年12月4日正式改為黑龍江省政府黑河地區行政辦事處，駐璦琿縣黑河鎮。1946年8月12日，黑龍江省政府決定，改為黑河行政督察專員公署，駐黑河鎮，領導璦琿、呼瑪、鷗浦、漠河、孫吳、遜克、烏云7縣。1947年2月，黑龍江、嫩江兩省合并成立黑嫩聯合省，全省劃分為5個專區。第五專區設在黑河，管轄原黑河行政區所屬各縣。之后，鷗浦、漠河、烏云3縣相繼撤銷。同年9月，黑嫩聯合省重新劃分為黑龍江省和嫩江省，原黑嫩聯合省第五專區改為黑河專區，隸屬黑龍江省，管轄璦琿、呼瑪、遜克、孫吳4縣。1949年5月，省市建制調整時，將松江省的佛山縣劃歸黑龍江省后，隸屬黑河專區管轄，全專區共轄5縣，黑龍江省俗稱“北五縣”。
1949年12月，東北行政委員會根據佛山縣系金礦地區的特點，為便于領導金礦生產，決定將佛山縣劃歸松江省管轄，于1950年3月正式辦理移交手續。是年，按照中央人民政府政務院的規定，將黑河行政督察專員公署改為黑河專員公署，為黑龍江省人民政府的派出機關。由于佛山縣距松江省政府所在地較遠，領導不便，經兩省協商，并經東北人民政府層報中央人民政府政務院于1952年12月核準，1953年3月又將松江省的佛山縣劃歸黑龍江省管轄，仍隸黑河專區。1954年8月，松江、黑龍江兩省合并為黑龍江省后，仍保留黑河專區，管轄范圍不變。1955年和1956年，佛山縣更名為嘉蔭縣，璦琿縣改為愛輝縣。1960年1月，將新設置的北安市劃歸黑河專區管轄。1963年6月，撤銷北安市，恢復北安、德都兩縣。是時，全專區共轄愛輝、呼瑪、遜克、孫吳、嘉蔭、北安、德都7縣。
1967年4月，黑龍江省革命委員會批準，成立黑河地區革命委員會，黑河專員公署正式撤銷，黑河專區遂改為黑河地區，地區革委會駐愛輝縣黑河鎮。1969年10月，為適應戰備形勢的需要，黑河地區革委會遷駐北安縣北安鎮。1970年4月，將嘉蔭縣劃歸伊春地區管轄，將呼瑪縣劃歸大興安嶺地區管轄，將嫩江地區所屬的嫩江縣劃歸黑河地區管轄。翌年7年，黑河地區革委會遷駐嫩江縣嫩江鎮，1972年7月遷回愛輝縣黑河鎮。1979年2月，根據新《憲法》的規定，將黑河地區革命委員會改為黑河地區行政公署，“由實變虛”，為省政府的派出機關，行政公署駐愛輝縣黑河鎮。1980年11月，將愛輝縣黑河鎮等劃出設置黑河市。1983年4月，撤銷愛輝縣，并入黑河市；撤銷北安縣，設置北安市。同年10月，以德都縣五大連池鎮設置五大連池市，由黑河地區管轄。至此，黑河地區共轄3市、4縣，即黑河、北安、五大連池市，嫩江、德都、遜克、孫吳縣。（以上摘自《黑龍江省志·地名錄》，有改動）
1993年2月8日，《國務院關于黑龍江省撤銷黑河地區設立黑河市（地級）的批復》（國函[1993]12號）：同意撤銷黑河地區，設立黑河市（地級）；撤銷黑河市，設立黑河市愛輝區，新設的黑河市和愛輝區人民政府均駐原黑河市市區內。將愛輝區和原黑河地區的嫩江、德都、孫吳、遜克4縣劃歸黑河市領導，原黑河地區所轄的北安市、五大連池市由省直轄。3月15日，黑龍江省人民政府《關于轉發國務院〈國函[1993]12號〉文件的通知》（黑政函[1993]28號）決定撤銷黑河地區，設立黑河市（地級）。原黑河市（縣級）改設愛輝區。北安市和五大連池市改由省直轄，由黑河市（地級）代管。黑河市轄愛輝區、孫吳縣、德都縣、遜克縣和嫩江縣。上述決定自本年4月1日起施行。
1996年1月31日，民政部批復（民行批[1996]19號）：撤銷德都縣，將其行政區域并入五大連池市，五大連池市人民政府駐地遷至原德都縣政府駐地青山鎮。
1999年末，黑河市總人口168.3萬人，其中，城鎮人口51.0萬人，農村人口117.3萬人，分別占總人口的30.3%和69.7%。轄1市轄區、2縣級市、3縣，23鎮、56鄉、7民族鄉。（根據《黑河年鑒2000》，原出處缺愛輝區4個街道、北安市6個街道）
2000年第五次人口普查，黑河市總人口1671811人。其中：愛輝區192764人、嫩江縣500201人、遜克縣101816人、孫吳縣95867人、北安市442474人、五大連池市338689人。
2001年上半年，黑河市進行了撤鄉并村工作。全市鄉鎮總數由原來的86個精簡到64個，調整比例為25.5%；行政村總數由原來的859個減少到650個，調整比例為24.4%。
2001年末，黑河市全市人口172.9萬人，其中城鎮人口61.1萬人，占總人口比重35.4%，鄉村人口111.8萬人，占總人口的64.6%。有36個少數民族62611人，占人口總數的3.75%。轄1個區、2個縣級市、3個縣，21個鎮、43個鄉（其中7個民族鄉），625個行政村、139個社區。（根據《黑河年鑒2002》，原出處缺愛輝區4個街道、北安市6個街道、五大連池市1個街道）
2002年7月26日完成了嫩江縣長福鄉、科洛鄉撤鄉建鎮翻牌工作。全市6個縣（市）區都按社區要素，重新劃分了社區，調整和擴大了社區居委會規模，全市由原來的328個居委會重新調整為143個社區居委會，調整后的社區居委會平均戶數由原來的500戶左右擴大為1200-1500戶。
2002年末，黑河市全市人口173.8萬人，其中城鎮人口63.2萬人，占總人口比重36.4%，鄉村人口110.6萬人，占總人口的63.6%。有39個少數民族63493人，占人口總數的3.65%。轄1個區、2個縣級市、3個縣，23個鎮、41個鄉（其中7個民族鄉），625個行政村、139個社區。（根據《黑河年鑒2003》，原出處缺愛輝區4個街道、北安市6個街道、五大連池市1個街道）