“阿巴嘎”系蒙古語譯音，意為“叔叔”。金為蒙古汪古部地。元屬烏良哈萬戶地。明屬察哈爾萬戶地。清崇德六年（1641年）置阿巴嘎左翼旗。清順治八年（1651年）置阿巴嘎右翼旗。1952年二旗合并為西部聯合旗，1956年改阿巴嘎旗。

1996年?，阿巴嘎旗面積2.7萬平方千米，人口4萬人，其中蒙古族2.2萬人，占54.5%。轄1個鎮、13個蘇木：新浩特鎮、德力格爾蘇木、渾迪烏素蘇木、巴彥查干蘇木、洪格爾高勒蘇木、寶格達烏拉蘇木、查干淖爾蘇木、那仁寶拉格蘇木、額爾敦高畢蘇木、吉爾嘎郎圖蘇木、巴彥德力格爾蘇木、巴彥圖嘎蘇木、青格勒寶拉格蘇木、伊和高勒蘇木。旗政府駐新浩特鎮。

2000年第五次人口普查，阿巴嘎旗總人口46975人，其中：新浩特鎮21097人，那仁寶拉格蘇木2467人，青格勒寶拉格蘇木1491人，巴彥圖嘎蘇木1940人，吉爾嘎郎圖蘇木1495人，伊和高勒蘇木1754人，額爾敦高畢蘇木1457人，巴彥查干蘇木1710人，寶格達烏拉蘇木1549人，查干淖爾蘇木3992人，巴彥德力格爾蘇木1547人，洪格爾高勒蘇術3161人，德勒格爾蘇木1476人，渾迪烏蘇蘇木771人，瑪尼圖煤礦1068人。

2000年，全旗總面積27495平方千米。總人口42867人，其中牧業人口22262人。轄1個鎮、13個蘇木，71個嘎查，1295個浩特；煤礦、林場、漁場各1處。

2001年4月24日，撤銷巴彥查干蘇木、渾迪烏素蘇木和新浩特鎮，合并設立巴彥查干鎮。調整后，全旗轄1個鎮、11個蘇木：巴彥查干鎮、那仁寶拉格蘇木、青格勒寶拉格蘇木、巴彥圖嘎蘇木、吉爾嘎郎圖蘇木、伊和高勒蘇木、額爾敦高畢蘇木、寶格達烏拉蘇木、查干淖爾蘇木、巴彥德勒格爾蘇木、洪格爾高勒蘇木、德勒格爾蘇木。旗政府駐巴彥查干鎮。

2001年，全旗總面積27495平方千米。總人口43212人，其中牧業人口20989人，占總人口的48.6%。轄1個鎮、11個蘇木，71個嘎查；煤礦、林場、漁場各1處。

2006年，阿旗將原有的12個蘇木鎮調整為6個，即那仁寶拉格蘇木、吉爾嘎朗圖蘇木、伊和高勒蘇木和別力古臺鎮、查干淖爾鎮、洪格爾高勒鎮；其中，撤銷巴彥查干鎮、寶格達烏拉蘇木，將其所轄區域整建制合并設立別力古臺鎮，為旗政府所在地。

2006年，全旗總面積27495平方千米。總人口43021人，其中城鎮人口21880人，牧業人口21141人；蒙古族23446人，漢族18787人。轄3個鎮、3個蘇木，71個嘎查；煤礦、林場、漁場各1處。

2009年，全旗總面積27495平方千米。總人口44778人，其中蒙古族24618人，其他少數民族人口796人。轄3個鎮、3個蘇木，71個嘎查。

2012年，恢復巴彥圖嘎蘇木。調整后，全旗轄3個鎮、4個蘇木：別力古臺鎮、查干淖爾鎮、洪格爾高勒鎮，那仁寶拉格蘇木、吉爾嘎朗圖蘇木、伊和高勒蘇木、巴彥圖嘎蘇木。