呼倫貝爾，得名于境內的呼倫湖（亦稱達賚湖）和貝爾湖（一說，“呼倫”系突厥語，意為“海、湖”，“貝爾”系蒙古語譯音，意為“雄水獺”）。今所轄區域西部，中華民國前期為黑龍江省下設之呼倫道；東部屬黑龍江省龍江道。東北淪陷時期，被劃為興安北分省和興安東分省。

1949年設立呼納盟，隸屬內蒙古自治區管轄。1954年5月，由呼納盟和興安盟合并設立呼倫貝爾盟，共轄3市、13旗、1縣。盟人民政府駐海拉爾市。1958年6月，改為盟公署，為內蒙古自治區人民委員會的派出機關。1967年12月，盟公署被盟革命委員會所取代。

1969年7月5日，中共中央、國務院決定，將內蒙古自治區所屬的呼倫貝爾盟（突泉縣、科爾沁右翼中旗除外）劃歸黑龍江省管轄，共2市、12縣，即：海拉爾市、滿洲里市、扎賚特旗、阿榮旗、布特哈旗、喜桂圖旗、陳巴爾虎旗、額爾古納左旗、額爾古納右旗、新巴爾虎左旗、新巴爾虎右旗、鄂溫克族自治旗、鄂倫春自治旗、莫力達瓦達斡爾族自治旗。

1970年4月，將鄂倫春自治旗和莫力達瓦達斡爾族自治旗劃歸大興安嶺地區管轄。1979年5月30日，中共中央、國務院決定，恢復內蒙古自治區1969年7月的原行政區劃，將呼倫貝爾盟及大興安嶺地區的鄂倫春自治旗、莫力達瓦達斡爾族自治旗從7月1日起正式劃歸內蒙古自治區。

1996年?，呼盟面積25.3萬平方千米，人口267.4萬人，蒙古族占7%。有漢、蒙古、回、滿、達斡爾、朝鮮、鄂溫克、鄂倫春等35個民族。行政公署駐海拉爾市。轄海拉爾、滿洲里、扎蘭屯、牙克石、額爾古納、根河6市，莫力達瓦達斡爾族、鄂倫春、鄂溫克族3自治旗，新巴爾虎右、新巴爾虎左、陳巴爾虎、阿榮4旗。

2000年第五次人口普查，呼倫貝爾盟總人口2687228人；其中：海拉爾市262184人、滿洲里市181112人、扎蘭屯市409051人、牙克石市405806人、根河市157337人、額爾古納市87829人、阿榮旗304210人、莫力達瓦族自治旗294501人、鄂倫春自治旗292097人、鄂溫克族自治旗146808人、新巴爾虎右旗36764人、新巴爾虎左旗41647人、陳巴爾虎旗67882人。

2001年10月10日，《國務院關于同意內蒙古自治區撤銷呼倫貝爾盟設立地級呼倫貝爾市的批復》（國函[2001]130號）同意撤銷呼倫貝爾盟和縣級海拉爾市，設立地級呼倫貝爾市，市人民政府駐新設立的海拉爾區。10月25日，自治區人民政府下發內政發[2001]122號文件《內蒙古自治區人民政府關于撤銷呼倫貝盟設立地級呼倫貝爾市的通知》。2002年3月，呼倫貝爾盟正式撤銷，呼倫貝爾市掛牌成立，實行市管縣的行政管理體制。

2006年末，全市總面積25.3萬平方千米，總人口269.96萬人。轄13個旗市區，其中1個區、5個市、7個旗；49個鎮（含1個礦區），15個鄉（其中13個民族鄉），9個蘇木（其中1個民族蘇木），38個街道。市政府駐海拉爾區。

2009年，呼倫貝爾市總面積25.3萬平方千米。轄13個旗市區，其中有1個區（海拉爾區），5個市（滿洲里市、扎蘭屯市、牙克石市、根河市、額爾古納市），7個旗（阿榮旗、莫力達瓦達斡爾族自治旗、鄂倫春自治旗、鄂溫克族自治旗、新巴爾虎左旗、新巴爾虎右旗、陳巴爾虎旗）；49個鎮（含1個礦區），15個鄉（其中13個民族鄉），9個蘇木（其中1個民族蘇木），38個街道。市政府駐海拉爾區。

2011年，內蒙古自治區人民政府下發《關于調整呼倫貝爾市海拉爾區等十旗區部分蘇木鄉鎮行政區劃的批復》、《關于呼倫貝爾市分設部分蘇木鄉鎮的批復》兩文件。