紹興歷史悠久，相傳于四千多年前，“禹會諸侯于江南，計功而崩，因葬焉，命曰會稽”。會稽之稱始于此。夏少康中興后，封庶子無余于會稽，奉守禹杞，號曰“於越”。春秋時為越國。戰國時為楚所敗，遂并入楚國。秦始皇二十五年（前221）置會稽郡，漢襲秦制。隋開皇九年（589）更名為吳州，大業元年（605）置越州，三年（607）復為會稽郡，唐因之。

五代梁開平二年（908）改為東府，宋太平興國三年（908）改為東府，宋太平興國三年（978）復置越州，南宋建炎四年（1130）宋高宗趙構題“紹祚中興”四字，翌年改年號為“紹興”并以年號名府，升越州為紹興府，元為紹興路，明復置紹興府。清襲明制。民國元年（1912）為會稽道。1936年為第三專員公署。1949年改屬寧波專區，1964年復置紹興專區。

1983年7月27日，國務院（國函字145號）批復：撤銷紹興地區行政公署，紹興市設立城區，恢復紹興縣建制，紹興縣人民政府駐紹興市。將原紹興地區的上虞、諸暨、嵊縣、新昌和紹興縣劃歸紹興市管轄。9月20日，浙江省人民政府（浙政辦56號）通知：紹興市市區設立越城區人民政府，轄府山、塔山、莪山、北海4個街道和亭山、東湖、禹陵、靈芝、城東、梅山6個公社。紹興縣轄鑒湖、皋埠、馬山、齊賢、錢清、柯橋、浬渚、平水、越南、海涂10個區，安昌、柯橋2個鎮和61個公社（鄉）。

1989年諸暨撤縣設市，1992年上虞撤縣設市，1995年嵊縣撤縣改設嵊州市。3市均為省轄縣級市，由紹興市代管。

2000年第五次全國人口普查，紹興市總人口4304241人。其中：越城區633118人、紹興縣791797人、新昌縣414907人、諸暨市1070675人、上虞市722523人、嵊州市671221人。

2001年1月13日，國務院批準（國函[2001]5號）：（1）將紹興縣的斗門鎮（不含新馬山村、新合作村、新黃甫村、新孫端村、新豆姜村和新斗門村）、東浦鎮、鑒湖鎮、皋埠鎮和馬山鎮劃歸紹興市越城區管轄。（2）紹興縣人民政府駐地由紹興市越城區遷至紹興縣柯橋鎮。2月1日《浙江省人民政府關于紹興市部分行政區劃調整及紹興縣人民政府駐地遷移的通知》（浙政發[2001]3號）同意上述調整。

2003年1月30日，浙政函[2003]12號批復同意紹興縣齊賢鎮七里江等15個村劃歸越城區靈芝鎮管轄。是年，紹興市6個縣（市、區）鄉鎮行政區劃調整方案全部獲省政府批準實施。縣（市、區）的城區面積由447平方千米擴大到950.25平方千米；全市中心鎮規模相應擴大，鄉鎮數從135個減少到98個，街道數從6個增加到20個。

2003年末，紹興市總人口433.84萬人，總面積8255.73平方千米，轄80鎮、18個鄉、20街道。越城區人口63.86萬人，面積336.91平方千米，轄7個鎮、6個街道。紹興縣人口70.16萬人，面積1202.54平方千米，轄15個鎮、4個街道。諸暨市人口105.49萬人，面積2311.33平方千米，轄23個鎮、2個鄉、3個街道。上虞市人口77.41萬人，面積1402.53平方千米，轄15個鎮、3個鄉、3個街道。嵊州市人口73.54萬人，面積1789.62平方千米，轄11個鎮、6個鄉、4個街道。新昌縣人口43.38萬，面積1212.80平方千米，轄9個鎮、7個鄉。

2005年末，紹興市面積8256平方千米，人口433萬人，轄1個市轄區、2個縣，代管3個縣級市，共有20個街道、80個鎮、17個鄉。

2009年12月29日，紹興市政府駐地由勝利西路163號遷至鏡湖新區曲屯路286號市行政中心新址（原新建布廠廠區內）。

2012年末，紹興市總面積8256平方千米，總人口440.83萬人。轄1個市轄區、2個縣，代管3個縣級市，共有24個街道、79個鎮和15個鄉。越城區面積362平方千米，人口65.55萬人，轄塔山、府山、蕺山、北海、城南、稽山、迪蕩7個街道和東湖、靈芝、東浦、鑒湖、皋埠、馬山、斗門7個鎮，區政府駐塔山街道。紹興縣面積1177平方千米，人口72.72萬人，轄柯橋、柯巖、華舍、湖塘4個街道和齊賢、錢清、孫端、福全、馬鞍、平水、安昌、王壇、蘭亭、稽東、楊汛橋、漓渚、富盛、陶堰、夏履15個鎮，縣政府駐柯橋街道。新昌縣面積1213平方千米，人口43.91萬人，轄羽林、南明、七星3個街道，澄潭、梅渚、回山、大市聚、小將、沙溪、鏡嶺、儒岙8個鎮和城南、東茗、雙彩、新林、巧英5個鄉，縣政府駐南明街道。諸暨市面積2311平方千米，人口107.35萬人，轄暨陽、浣東、陶朱3個街道，大唐、應店街、次塢、店口、阮市、直埠、江藻、山下湖、楓橋、趙家、馬劍、五泄、草塔、王家井、牌頭、同山、安華、街亭、璜山、陳宅、嶺北、浬浦、東白湖23個鎮和東和鄉，市政府駐暨陽街道。上虞市面積1403平方千米，人口77.85萬人，轄百官、曹娥、東關3個街道，道墟、長塘、上浦、湯浦、章鎮、下管、豐惠、永和、梁湖、驛亭、小越、謝塘、蓋北、崧廈、瀝海15個鎮和嶺南、陳溪、丁宅3個鄉，市政府駐百官街道。嵊州市面積1790平方千米，人口73.46萬人，轄剡湖、三江、鹿山、浦口4個街道，甘霖、長樂、崇仁、黃澤、三界、石璜、谷來、仙巖、金庭、北漳、下王11個鎮和貴門、里南、竹溪、雅璜、王院、通源6個鄉，市政府駐剡湖街道。（面積人口數據根據浙江省統計年鑒）

2013年10月，《國務院關于同意浙江省調整紹興市部分行政區劃的批復》（國函[2013]112號）：一、同意撤銷紹興縣，設立紹興市柯橋區，以原紹興縣（不含孫端鎮、陶堰鎮、富盛鎮）的行政區域為柯橋區的行政區域，柯橋區人民政府駐柯橋街道群賢路1661號。二、撤銷縣級上虞市，設立紹興市上虞區，以原上虞市的行政區域為上虞區的行政區域，上虞區人民政府駐百官街道市民大道987號。三、將原紹興縣的孫端鎮、陶堰鎮、富盛鎮劃歸紹興市越城區管轄。【2013年10月31日《浙江省人民政府關于調整紹興市部分行政區劃的通知》（浙政發[2013]52號）】