今漢南區(qū)轄境，1949年5月前屬漢陽縣的新灘鄉(xiāng)和合成鄉(xiāng)，同年將兩鄉(xiāng)合并成立漢陽縣新灘區(qū)。1956年12月新灘區(qū)改稱鄧南區(qū)。1957年10月，孝感地區(qū)在鄧南區(qū)所轄東城垸圍堤墾荒，建立東城垸農(nóng)場。1966年9月，東西湖農(nóng)管局圍墾漢南垸，建立漢南農(nóng)場。

1978年3月，東城垸農(nóng)場劃屬武漢市，與漢南農(nóng)場組成武漢市漢水南部的農(nóng)場區(qū)，設立武漢市漢南農(nóng)場管理局，以長江北岸、東荊河以南，劃屬漢南農(nóng)場管理局管理。將原東城垸農(nóng)場東荊河北岸的長江分場（后更名為桐湖農(nóng)場）劃屬漢陽縣（現(xiàn)蔡甸區(qū)），將東荊河南岸的南豐、東荊、王家寨三個分場合并成東城垸農(nóng)場，將紗帽、烏金兩個分場合并為烏金農(nóng)場，將漢南農(nóng)場分為漢南農(nóng)場和銀蓮湖農(nóng)場。1979年（一說1977年冬），境內(nèi)的漢陽縣鄧南公社劃入代管，設陡埠、大咀、鄧南、水洪4個公社。

1984年1月設立漢南區(qū)（1985年2月18日湖北省政府正式批準），區(qū)政府駐地為紗帽，與漢南農(nóng)場管理局合署辦公，兩塊牌子一套班子。成立漢南區(qū)后，將烏金農(nóng)場的紗帽鎮(zhèn)（自然鎮(zhèn)）和程家山、朱家山兩個大隊合并設立紗帽鎮(zhèn)。1984年5月，陡埠、大咀、鄧南、水洪4個公社撤社建鄉(xiāng)。1985年在4個農(nóng)場設立區(qū)政府辦事處。1986年，撤銷陡埠鄉(xiāng)，所轄村劃入紗帽鎮(zhèn)；撤銷鄧南鄉(xiāng)，設立鄧家口鎮(zhèn)。1997年12月，撤銷紗帽鎮(zhèn)，設立紗帽街道。

2000年第五次人口普查，漢南區(qū)總人口98901人，其中：紗帽街道53956人，鄧家口鎮(zhèn)6819人，大咀鄉(xiāng)5636人，水洪鄉(xiāng)6938人，東城垸農(nóng)場7318人，烏金農(nóng)場4921人，漢南農(nóng)場8024人，銀蓮湖農(nóng)場5289人。

2001年6月，撤銷大咀鄉(xiāng)，并入紗帽街；撤銷水洪鄉(xiāng)，并入鄧家口鎮(zhèn)；調(diào)整后，漢南區(qū)轄東城垸、烏金、漢南、銀蓮湖4個國營農(nóng)場，1個街道、1個鎮(zhèn)，47個村（大隊）、8個居委會。2004年末（根據(jù)湖北地名網(wǎng)），漢南區(qū)面積287.0平方千米，總人口104400人，轄紗帽街道、鄧南鎮(zhèn)，以及銀蓮壩、漢南、東城垸、烏金4個辦事處，8個居委會、27個村委會。

2005年，設立湘口街道（管轄范圍為原漢南辦事處和銀蓮湖辦事處轄域范圍）、東荊街道（管轄范圍為原東城垸辦事處轄域及原烏金辦事處的部分區(qū)域），調(diào)整紗帽街道辦事處的管轄范圍（原烏金辦事處東至長江干堤，南到紗帽河，西至螞蟻河，北到漢南區(qū)與蔡甸區(qū)交界處的部分區(qū)域劃入）。2005年末，漢南區(qū)轄3個街道、1個鎮(zhèn)：紗帽街道、東荊街道、湘口街道、鄧南鎮(zhèn)。共有8個居委會、27個村委會。

2006年，撤銷鄧南鎮(zhèn)，設立鄧南街道。調(diào)整后，全區(qū)轄4個街道：紗帽街道、東荊街道、湘口街道、鄧南街道。

2010年第六次人口普查，漢南區(qū)常住總人口114970人，其中：紗帽街道71724人，鄧南街道13690人，東荊街道13963人，湘口街道15593人。

2011年末，全區(qū)總面積287平方千米，戶籍總人口109309人，其中非農(nóng)業(yè)人口28449人。轄4個街道，13個社區(qū)、53個行政村。（武漢年鑒2012數(shù)據(jù)）