古名蜴子溝。清康熙年間創業功臣豐安東將其祖墳遷至此地，故得名“南墳”。1942年取諧音更名“南芬”。1948年設立南芬郊區，屬本溪市。1956年屬本溪縣。1959年屬本溪市牛心臺區。1968年屬立新區。1984年復設本溪市南芬區。
　　1997年，南芬區面積616平方千米，人口8.9萬人。轄2個街道、1個鎮、1個鄉、1個民族鄉：鐵山街道、南芬街道、下馬塘滿族鎮、南芬鄉、思山嶺滿族鄉。區政府駐南芬街東端。
　　2000年第五次全國人口普查，南芬區總人口88289人，其中：南芬街道31006人，鐵山街道19733人，下馬塘滿族鎮13770人，南芬鄉12521人，思山嶺滿族鄉11259人。
　　2002年1月10日，遼寧省人民政府（遼政[2002]15號）批復同意撤銷下馬塘滿族鎮，設立下馬塘鎮。
　　2005年底，南芬區轄2個街道、1個鎮、1個鄉、1個民族鄉：南芬街道、鐵山街道、下馬塘鎮、南芬鄉、思山嶺滿族鄉。
　　2006年5月8日，遼寧省人民政府《關于同意調整本溪市部分鄉鎮行政區劃的批復》（遼政[2006]94號）批準，撤銷南芬鄉，設立郭家街道辦事處，其行政區域不變，實行街道管村體制。