南朝陳光大二年（568）析南安縣地建莆田縣，不久撤縣。隋開皇九年（589）置莆田縣，不久即廢。唐武德五年（622）再置莆田縣，屬豐州（州治今南安豐州）。圣歷二年（699）析莆田縣西部置清源縣。天寶元年（742）清源縣改名仙游縣，莆田、仙游2縣均屬清源郡（郡治今泉州）。宋太平興國四年（979）析莆田、仙游、福清、永泰縣地置興化縣，建太平軍（后改興化軍，治所興化縣），領興化、莆田、仙游3縣；八年（983）治所遷莆田縣。景炎二年（1277）興化軍改為興安州。元至元十五年（1278）為興化路。明洪武二年（1369）為興化府，正統十三年（1448）裁興化縣。清沿明制，清末屬興泉永道。

1912年廢府，屬南路道（1914年改廈門道）。1925年廢道，直屬福建省。1933年“中華共和國人民革命政府”即“福建政府”成立時屬“興泉（泉海）省”。1934年7月屬第四行政督察區（駐仙游，領仙游、永春、德化、大田、惠安、莆田6縣）。1949年8月21日后屬第五專區，1950年屬泉州專區，1955年屬晉江專區。1970年6月，莆田、仙游兩縣由晉江專區劃歸閩侯專區，同時把閩侯專區改為莆田專區。1971年5月改為莆田地區，轄莆田、仙游、福清、平潭、長樂、閩侯、閩清、永泰8縣。1973年7月劃閩侯縣歸福州市。

1983年4月28日，國務院批準撤銷莆田地區，將閩清、永泰、福清、長樂、平潭5縣劃歸福州市，將莆田、仙游2縣劃歸晉江地區。1983年9月9日，國務院批準設立地級莆田市，以莆田縣部分行政區域為該市行政區域，將晉江地區的莆田、仙游二縣劃歸莆田市管轄。析莆田縣地置城廂、涵江2區。將莆田縣的城廂鎮、城郊公社成立城廂區，將莆田縣的涵江鎮、涵江公社成立涵江區。

1984年11月16日，市政府同意設立城廂區荔城街道，轄城廂鎮的六個居委會等；11月29日，市政府同意設立涵江區撤銷涵江鎮，設立涵江街道；11月，省政府同意莆田縣江口、黃石、笏石三個公社，仙游縣楓亭、郊尾二個公社改設鎮的建制，同時撤銷五個公社（鄉）的建制。

1985年1月，省政府同意莆田縣華亭、梧塘二個鄉改設鎮的建制，撤銷四個鄉的建制。1986年12月，省政府同意莆田縣西天尾鄉、埭頭鄉改為鎮建制。1988年8月，省政府同意莆田縣忠門、靈川、白沙三鄉改為鎮建制。1990年9月，省政府同意城廂區增設城南鄉和鳳凰山街道。

1992年6月8日，省民政廳同意仙游縣賴店、鐘山、蓋尾、城東四個鄉改為鎮建制。6月29日，省民政廳同意莆田縣渠橋、北高、東嶠、常太、莊邊和新縣六個鄉改為鎮建制。8月12日，省民政廳同意仙游縣大濟、游洋、龍華三個鄉改為鎮建制。8月12日，省民政廳同意仙游縣園莊改為鎮建制。9月14日，省民政廳同意莆田縣湄洲鄉改為鎮建制。

1993年1月6日，省民政廳同意撤銷涵江區涵江鄉和涵江街道，設立三江口鎮、白塘鎮、國歡鎮、涵東街道、涵西街道。8月6日，省民政廳同意莆田縣渠橋鎮更名為新度鎮。12月15日，省民政廳同意莆田縣平海、南日、萩蘆三個鄉改為鎮建制。

1997年10月27日，省民政廳批復同意莆田縣從忠門鎮劃出文甲、東仙、莆禧、西前、蔣山、利山、山亭、港里、山柄、烏垞、東店、西埔、西埔口13個村委會設立山亭鄉；從忠門鎮劃出何山、前范、東坑、東埔、度下、梯吳、西山、塔林、崠嶼9個村委會設立東埔鄉；從忠門鎮劃出聯星、坂尾、霞塘、月埔、西園、礪山、岱前、前康、洋埭、雙筶山、東潘11個村委會設立月塘鄉。

1999年7月28日，省民政廳批復同意莆田縣從靈川鎮劃出蔡亭、西黃、蔡厝、西厝、東朱、坪洋、海頭、上亭、利角、上圖、大埔、東海、東沙13個村委會設立東海鎮，鎮政府駐海頭村。2000年5月10日，省民政廳同意莆田縣撤銷東埔鄉，設立東埔鎮；12月14日，省民政廳同意莆田縣秀嶼鎮更名為東莊鎮。至此，全市轄2個區、2個縣，4個街道、39個鎮、11個鄉；其中莆田縣轄23個鎮、3個鄉。