新浦得名于清嘉慶三年，因其在板浦、卞家浦形成以后，故名新浦。民國十四年，隴海鐵路修到大浦港，新浦商業日趨興旺，名副其實之商埠。民國二十七年后，日本侵略軍兩次轟炸海州，海州城幾成廢墟，許多居民搬遷至新浦，人口驟增，居民達5萬。1961年更名為連云港市，新浦區是市政府所在地。

2000年第五次人口普查，新浦區（轄8個街道）總人口260628人，其中：浦東街道22229人，浦西街道19451人，市東街道23139人，新東街道59864人，新南街道44469人，路南街道34531人，新海街道40431人，臨洪街道16514人。

2001年10月1日，國務院批準，撤銷云臺區，將云臺區的南城鎮、花果山鄉、云臺鄉和猴嘴街道劃歸新浦區管轄。

2004年末，南城鎮面積3.80平方千米，人口7765人。云臺鄉面積58.12平方千米，人口32971人。花果山鄉面積33.30平方千米，人口15014人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》，缺街道數據）

2005年，將新浦區猴嘴街道及其轄區范圍內的海域和灘涂劃歸連云區管轄。行政區劃調整后，新浦區行政區域面積214.1平方千米，人口30萬人，轄6個街道、1個鎮、2個鄉。【江蘇省政府《關于同意調整連云港市區部分行政區劃的批復》（蘇政復[2005]20號）和連云港市政府《關于將新浦區猴嘴街道辦事處劃歸連云區管轄的通知》（連政發[2005]76號 4月26日）】

2005年，根據江蘇省政府《關于同意調整連云港市部分行政區劃的批復》（蘇政復[2005]37號）和連云港市政府《關于將灌云縣寧海鄉劃歸新浦區管轄的通知》（連政發[2005]111號），將灌云縣寧海鄉整建制劃歸新浦區管轄。行政區劃調整后，新浦區行政區域面積259.54平方千米，人口32.45萬人，轄6個街道、1個鎮、3個鄉：浦東街道、浦西街道、新東街道、新南街道、路南街道、新海街道、南城鎮、云臺鄉、花果山鄉、寧海鄉。境內還有云臺農場、南云臺林場。

2008年，將東海縣浦南鎮劃歸連云港市新浦區管轄，并將江蘇省國營崗埠農場劃入新浦區行政區域（2007年末江蘇省政府批準）。行政區劃調整后，新浦區行政區域面積461.1平方千米，人口43.9萬人，轄6個街道、2個鎮、3個鄉。

2009年，將新浦區寧海鄉劃歸海州區管轄。行政區劃調整后，新浦區行政區域面積415.19平方千米，人口43.78萬人，轄2個鎮、2個鄉、6個街道。

2009年末，新浦區總面積462平方千米、總人口45.03萬人。轄6個街道、2個鎮、2個鄉：浦東街道、浦西街道、新東街道、新南街道、路南街道、新海街道、南城鎮、浦南鎮、云臺鄉、花果山鄉；云臺農場、南云臺林場、崗埠農場。區政府駐民主路343號。其中，南城鎮面積3.8平方千米、人口7690人，浦南鎮面積108.5平方千米、人口48325人，云臺鄉面積58.12平方千米、人口30017人，花果山鄉面積33.3平方千米、人口16463人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）

2010年第六次人口普查，新浦區常住總人口587380人，其中：浦東街道62543人，浦西街道58226人，新東街道107350人，新南街道82793人，路南街道60833人，新海街道61177人，南城鎮6996人，浦南鎮48774人，云臺鄉28603人，花果山鄉31437人，云臺農場4971人，南云臺林場4219人，崗埠農場21864人，新浦經濟開發區7594人。

2013年1月6日，省政府批準撤銷花果山鄉、南城鎮、云臺鄉，設立花果山街道、南城街道、云臺街道（蘇政復[2013]5號）。花果山街道辦事處駐大村居委會花果山北路26號，面積33.3平方千米，人口1.8萬人，管理1個居委會、7個村委會；南城街道辦事處駐鳳凰居委會新大街156號，面積3.8平方千米，人口7299人，管理3個居委會；云臺街道辦事處駐凌州居委會云善路1號，面積68.12平方千米，人口3.1萬人，管理1個居委會、9個村委會。