1996年撤縣設市,全市共轄城鎮、崇興、新華橋、磁窯堡、馬家灘等5鎮和臨河、梧桐樹、東塔、杜木橋、郝家橋、郭家橋、大泉、白土崗、五里坡等9鄉。
2000年,靈武市轄5個鎮、9個鄉?側丝249890人,各鄉鎮人口: 城鎮 30986 新華橋鎮 23753 崇興鎮 17325 磁窯堡鎮 30079 馬家灘鎮 11199 東塔鄉 18271 梧桐樹鄉 20464 杜木橋鄉 16257 郝家橋鄉 19651 郭家橋鄉 17230 大泉鄉 7545 臨河鄉 7366 五里坡鄉 4755 白土崗鄉 9275 羊泉墩虛擬鄉 4251 靈武農場虛擬鄉 10064 長慶局油氣處虛擬鄉 1419 (根據第五次人口普查數據;單位:人)
2004年9月,原靈武市臨河鎮橫城村已正式劃歸興慶區掌政鎮管轄。橫城村東靠水洞溝,西靠黃河,南靠臨河鎮十八村,北靠明長城,南北寬3.5千米,東西長15千米,總面積約50多平方千米,人口547人。
2005年8月18日,磁窯堡鎮正式更名為寧東鎮。