“額濟納”系西夏語，意為“黑水”。1753年始設額濟納土爾扈特旗，直屬清理藩院。1949年改額濟納旗。

1996年?，額濟納旗面積11.5萬平方千米，人口1.6萬人，其中蒙古族占32.5%。轄1個鎮、7個蘇木：達來呼布鎮、賽漢陶來蘇木、馬鬃山蘇木、溫圖高勒蘇木、蘇泊淖爾蘇木、古日乃蘇木、吉日嘎郎圖蘇木、巴彥寶格德蘇木。旗政府駐達來呼布鎮。

2000年第五次人口普查，額濟納旗總人口22326人，其中：達來呼布鎮11278人，賽漢陶來蘇木1237人，蘇泊淖爾蘇木877人，吉日嘎郎圖蘇木1466人，巴彥寶格德蘇木619人，溫圖高勒蘇木381人，古日乃蘇木436人，馬鬃山蘇木447人，東風場區5585人。

2001年，撤銷吉日嘎郎圖蘇木，并入達來呼布鎮。2005年1月設立東風鎮。

2006年，額旗將原有的8個蘇木鎮調整為5個蘇木鎮，撤銷合并蘇木鎮3個。其中，將溫圖高勒蘇木并入達來呼布鎮；撤銷古日乃蘇木和巴彥寶格德蘇木并入新建的東風鎮。此外，原蘇泊淖爾蘇木、賽漢桃來蘇木、馬鬃山蘇木保留，行政區域不變。

2009年末，額濟納旗總面積11.46萬平方千米，總人口17108人，其中非農業人口11738人，農業人口5370人；漢族11312人，蒙古族5512人，回族141人，滿族56人，其他少數民族87人。轄2個鎮、3個蘇木、1個農牧業產業化示范園區（下設8個農業生產隊），13個嘎查、5個居委會。（內蒙古年鑒數據）

2009年，自治區民政廳《關于阿拉善盟額濟納旗設置哈日布日格德音烏拉（黑鷹山）鎮的批復》（內民政批[2009]105號）同意將馬鬃山蘇木的烏蘭烏拉嘎查從馬鬃山蘇木分離出來，設置哈日布日格德音烏拉（黑鷹山）鎮。2012年初，從達來呼布鎮劃出部分區域設立巴彥陶來蘇木、溫圖高勒蘇木。

全旗現轄3個鎮、5個蘇木：達來呼布鎮、東風鎮、哈日布日格德音烏拉（黑鷹山）鎮、賽漢陶來蘇木、馬鬃山蘇木、蘇泊淖爾蘇木、巴彥陶來蘇木、溫圖高勒蘇木。