1987年12月23日，國務院批準（國函[1987]185號）：設立大化瑤族自治縣，以都安瑤族自治縣的大化、六也、百馬、江南、都陽、雅龍、七百弄、板升八個鄉和巴馬瑤族自治縣的板蘭鄉全部，東山、鳳凰、羌圩三個鄉的十七個村以及馬山縣的古感（鎮）、貢川、永州三個鄉鎮的二十二個村為大化瑤族自治縣的行政區域，縣人民政府駐大化鎮。

1988年3月30日，《廣西壯族自治區辦公廳關于大化瑤族自治縣行政區域范圍的補充通知》確定的行政區域：都安瑤族自治縣的大化、六也、百馬、江南、都陽、雅龍、七百弄、板升八個鄉，棉山鄉的棉山、下皇、吉發、六說、平方、協和、加城等7村；巴馬瑤族自治縣的板蘭鄉全部，鳳凰鄉的那色、京屯、巴、追、巴巖等4村，東山鄉的弄冠村，羌圩鄉的羌圩、坡馬、艾圩、洪籌、那良、古龍、東杠、健康等8村，乙圩鄉的乙圩、常吉、常懷、果好等4村；馬山縣的古感鎮的古感、坡了2村，貢川鄉的龍口、龍馬、城內、等宦、龍眼、貢川、清坡（波）、什隴、龍江、龍勒、紅柳等11村，永州鄉的共和、中良、龍樂、頒桃、皂江、龍亮、水力、古喬等9村。

1996年，大化瑤族自治縣面積2716平方千米，人口約40萬人。轄3個鎮、16個鄉：大化鎮、巖灘鎮、都陽鎮、共和鄉、貢川鄉、百馬鄉、古河鄉、古文鄉、江南鄉、羌圩鄉、乙圩鄉、北景鄉、板蘭鄉、板升鄉、七百弄鄉、鎮西鄉、雅龍鄉、六也鄉、流水鄉。縣政府駐大化鎮。

2000年第五次人口普查，大化瑤族自治縣總人口367970人。其中：大化鎮51959人，都陽鎮22142人，巖灘鎮27721人，共和鄉18612人，貢川鄉23028人，百馬鄉17433人，古河鄉5962人，古文鄉7943人，江南鄉28311人，羌圩鄉18090人，乙圩鄉13782人，北景鄉14875人，板蘭鄉5576人，板升鄉22193人，七百弄鄉14351人，鎮西鄉12044人，雅龍鄉13715人，六也鄉24529人，流水鄉25704人。

2003年，大化瑤族自治縣轄3個鎮、16個鄉：大化鎮、都陽鎮、巖灘鎮、共和鄉、貢川鄉、百馬鄉、古河鄉、古文鄉、江南鄉、羌圩鄉、乙圩鄉、北景鄉、板蘭鄉、板升鄉、七百弄鄉、鎮西鄉、雅龍鄉、六也鄉、流水鄉。

2005年6月13日，廣西壯族自治區政府（桂政函[2005]169號）同意調整大化瑤族自治縣部分鄉鎮的行政區劃：撤銷流水鄉，整建制并入大化鎮，大化鎮政府駐地不變；撤銷鎮西鄉，整建制并入雅龍鄉，雅龍鄉政府駐地不變；撤銷板蘭鄉，整建制并入北景鄉，北景鄉政府駐地不變；將貢川鄉龍口、龍馬、城內3個村劃歸大化鎮管轄。

全縣現轄3個鎮、13個鄉：大化鎮、都陽鎮、巖灘鎮、共和鄉、貢川鄉、百馬鄉、古河鄉、古文鄉、江南鄉、羌圩鄉、乙圩鄉、北景鄉、板升鄉、七百弄鄉、雅龍鄉、六也鄉。縣政府駐大化鎮。