宋置羈縻泗城土州。清改泗城府，乾隆三年（1738）置凌云縣。1951年與樂業(yè)縣合并設(shè)凌樂縣。1961年復置凌云縣。

1996年，凌云縣面積2037平方千米，人口約17萬人。轄2個鎮(zhèn)、8個鄉(xiāng)（其中5個民族鄉(xiāng)）：泗城鎮(zhèn)、邏樓鎮(zhèn)、下甲鄉(xiāng)、伶站瑤族鄉(xiāng)、朝里瑤族鄉(xiāng)、沙里瑤族鄉(xiāng)、東和鄉(xiāng)、加尤鄉(xiāng)、玉洪瑤族鄉(xiāng)、力洪瑤族鄉(xiāng)。縣政府駐泗城鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，凌云縣總?cè)丝?75573人。其中：泗城鎮(zhèn)36742人，邏樓鎮(zhèn)25442人，下甲鄉(xiāng)18138人，伶站瑤族鄉(xiāng)14887人，朝里瑤族鄉(xiāng)7442人，沙里瑤族鄉(xiāng)16722人，東和鄉(xiāng)10944人，加尤鄉(xiāng)24749人，玉洪瑤族鄉(xiāng)15613人，力洪瑤族鄉(xiāng)4894人。

2001年1月19日，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2001]10號）同意加尤鄉(xiāng)改為鎮(zhèn)建制，所轄行政區(qū)域不變。調(diào)整后，凌云縣轄3個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)（其中5個民族鄉(xiāng)）：泗城鎮(zhèn)、邏樓鎮(zhèn)、加尤鎮(zhèn)、下甲鄉(xiāng)、伶站瑤族鄉(xiāng)、朝里瑤族鄉(xiāng)、沙里瑤族鄉(xiāng)、東和鄉(xiāng)、玉洪瑤族鄉(xiāng)、力洪瑤族鄉(xiāng)。

2005年6月21日，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2005]176號）同意調(diào)整凌云縣部分鄉(xiāng)鎮(zhèn)的行政區(qū)劃：撤銷東和鄉(xiāng)，原東和鄉(xiāng)隴雅、白馬、教村3個村劃歸泗城鎮(zhèn)管轄，原東和鄉(xiāng)安水、敏村、新洞、洞新、瓢村5個村劃歸邏樓鎮(zhèn)管轄；撤銷力洪瑤族鄉(xiāng)，整建制并入玉洪瑤族鄉(xiāng)，玉洪瑤族鄉(xiāng)政府駐地不變。調(diào)整后，全縣轄3個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)（其中4個民族鄉(xiāng)）：泗城鎮(zhèn)、邏樓鎮(zhèn)、加尤鎮(zhèn)、下甲鄉(xiāng)、伶站瑤族鄉(xiāng)、朝里瑤族鄉(xiāng)、沙里瑤族鄉(xiāng)、玉洪瑤族鄉(xiāng)。

附：2003年凌云縣行政區(qū)劃（根據(jù)當年廣西行政區(qū)劃代碼整理）
　　100　泗城鎮(zhèn)　轄解放、勝利、東風、前進、新秀5個居委會；鎮(zhèn)洪、上蒙、那合、腰馬、西秀、旦村、覽沙、金保、平林、洋妹、官倉、隴浩、隴照、品村、后龍15個行政村。
　　101　邏樓鎮(zhèn)　轄山邏、弄棍、大洞、祥福、林塘、介福、布林、歌頂、磨村、濫村、新洛、降村、仰村、快村、隴郎15個行政村。
　　102　加尤鎮(zhèn)　轄加尤、案相、央里、偉八、雜福、隴槐、磨賢、上傘、東哈、下傘、百隴、上巖12個行政村。
　　200　下甲鄉(xiāng)　轄河洲、水陸、峰洋、雙達、加西、平懷、彩架、弄福、坪山、隴鳳10個行政村。
　　201　伶站瑤族鄉(xiāng)　轄伶興、袍亭、均亭、平蘭、那留、九民、陶化、浩坤、初化9個行政村。
　　202　朝里瑤族鄉(xiāng)　轄六作、九聯(lián)、平塘、百朝、蘭臺、羊襄6個行政村。
　　203　沙里瑤族鄉(xiāng)　轄沙里、那伏、浪伏、果卜、那壩、龍化、弄丁、八洞、各樓、弄壙、弄谷、那仰12個行政村。
　　204　東和鄉(xiāng)　轄安水、瓢村、敏村、隴雅、白馬、教村、洞新、新洞8個行政村。
　　205　玉洪瑤族鄉(xiāng)　轄玉保、上謀、下謀、蓮燈、樂鳳、巖佃、八里、樂里、合祥、江更、九江、盤賢12個行政村。
　　206　力洪瑤族鄉(xiāng)　轄那力、那洪、偉達、東蘭、偉利、汪田6個行政村。